<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=windows-1252"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>(Hong Sun kindly agreed to have this response sent to the support list)</div><div><br></div>Hi Hong,<div><br></div><div>See inlined answers below ...</div><div><br><div><div>On Feb 18, 2013, at 8:53 AM, Hong Sun <<a href="mailto:hong.sun@agfa.com">hong.sun@agfa.com</a>> wrote:</div><br><blockquote type="cite"><font size="2" face="sans-serif">This is Hong Sun, I am a researcher
working on AGFA healthcare researching the semantic web in clinical domain.</font>
<br><font size="2" face="sans-serif">I have read your paper: BioPortal as
a Dataset of Linked Biomedical Ontologies and Terminologies in RDF, </font>
<br><font size="2" face="sans-serif">and practiced your BioPortal SPARQL
endpoint. It is great to have such a place where you can query different
terminology and the mappings among them. </font>
<br></blockquote><div><br></div><div>Thanks!</div><br><blockquote type="cite">
<br><font size="2" face="sans-serif">I have three questions would like to
check with you:</font>
<br><font size="2" face="sans-serif">1. As most properties in the endpoint
uses SKOS properties, why do you chose the rdfs:subClassOf, instead of
skos:broader, to represent the hierarchy?</font><br></blockquote><div><br></div><div>The ontologies that BioPortal hosts have been mostly developed by other institutions.  It is the author's choice to use rdfs:subClassOf to represent the hierarchy. At the moment BioPortal only supports rdfs:subClassOf and that is why you probably will not see that many SKOS relations in the SPARQL endpoint. We are going to support SKOS very soon and that will probably change.</div><br><blockquote type="cite"><font size="2" face="sans-serif">2. As the typed literals for skos:notation
are stated as "best practice" of SKOS, is it possible to use
typed literal to represent notation?</font>
<br></blockquote><div><br></div><div>We generate some skos:notation predicates but not all of them. The ones we generate are typed, we do not have control over the literals generated by others.</div><div><br></div><div>Our Web frontend (<a href="http://sparql.bioontology.org">sparql.bioontology.org</a>) hides the literal types, so probably you cannot see them there. If you query the endpoint programmatically you'll be able to see the literal typed.</div><div><br></div><div>Some example here: <a href="https://github.com/ncbo/sparql-code-examples">https://github.com/ncbo/sparql-code-examples</a></div><br><blockquote type="cite">
<br><font size="2" face="sans-serif">3. As the mappings between different
terminologies are submitted by different people, to which extent can I
trust the mapping?</font>
<br></blockquote><div><br></div><div>Every mapping has its process/provenance information. You can look at that metadata and decide how much you can trust a single mapping or a collection of mappings--it is up to you or the application. Here there is a table with the types of mappings we host (<a href="http://www.bioontology.org/wiki/index.php/SPARQL_BioPortal#mappings">http://www.bioontology.org/wiki/index.php/SPARQL_BioPortal#mappings</a>) .  REST mappings are submitted by users, CUI mappings are released with the UMLS database and are human-curated, LOOM are lexical mappings (terms with equals labels/synonyms), ...</div><br><blockquote type="cite">
<br><font size="2" face="sans-serif">4. Is it possible to add skos:inScheme
for instances like below? </font>
<br><a href="http://sparql.bioontology.org/?query=PREFIX+maps%3A+%3Chttp%3A%2F%2Fprotege.stanford.edu%2Fontologies%2Fmappings%2Fmappings.rdfs%23%3E%0D%0ASELECT+*+%0D%0AFROM+%3Chttp%3A%2F%2Fbioportal.bioontology.org%2Fontologies%2FICD10%3E%0D%0AWHERE+%7B%0D%0A+++%3Chttp%3A%2F%2Fpurl.bioontology.org%2Fontology%2FICD10%2FI21%3E+%3Fp+%3Fo+%7D&kboption=ontologies&csrfmiddlewaretoken=3d749d07c0ac5d0a0bff52fdcae2c04e"><font size="2" face="sans-serif">http://sparql.bioontology.org/?query=PREFIX+maps%3A+%3Chttp%3A%2F%2Fprotege.stanford.edu%2Fontologies%2Fmappings%2Fmappings.rdfs%23%3E%0D%0ASELECT+*+%0D%0AFROM+%3Chttp%3A%2F%2Fbioportal.bioontology.org%2Fontologies%2FICD10%3E%0D%0AWHERE+%7B%0D%0A+++%3Chttp%3A%2F%2Fpurl.bioontology.org%2Fontology%2FICD10%2FI21%3E+%3Fp+%3Fo+%7D&kboption=ontologies&csrfmiddlewaretoken=3d749d07c0ac5d0a0bff52fdcae2c04e</font></a>
<br>
<br></blockquote><div><br></div><div>Sorry I cannot see the query there  can you copy & paste the query in an email.</div><div><br></div><div>Good questions! and thanks for the feedback.</div><div><br></div><div>Manuel</div><div><br></div><br><blockquote type="cite"><font size="2" face="sans-serif">Thank you very much in advance!</font>
<br><font size="2" face="sans-serif"><br>
Kind Regards,<br>
</font><font size="2" face="Verdana"><b><br>
Hong Sun | </b></font><font size="2" color="red" face="Verdana"><b>Agfa HealthCare</b></font><font size="1" face="Verdana"><br>
Researcher | HE/Advanced Clinical Applications Research<br>
T  +32 3444 8108<br>
</font><font size="1" color="#8f8f8f" face="Verdana"><br>
</font><a href="http://www.agfahealthcare.com/"><font size="1" color="#8f8f8f" face="Verdana">http://www.agfahealthcare.com</font></a><font size="1" color="#8f8f8f" face="Verdana"><br>
</font><a href="http://blog.agfahealthcare.com/"><font size="1" color="#8f8f8f" face="Verdana">http://blog.agfahealthcare.com</font></a><font size="1" face="Verdana"><br>
</font>
<hr><font size="1" face="Verdana">Click on link to read important disclaimer:
</font><a href="http://www.agfahealthcare.com/maildisclaimer"><font size="1" color="#8f8f8f" face="Verdana">http://www.agfahealthcare.com/maildisclaimer</font></a><font size="3">
</font></blockquote></div><br></div></body></html>