<html><head><base href="x-msg://63/"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>Yes, however I do not know if that was a one-time submit web service error or a general bug in the create new user function included in that release.</div><div><br></div><div>Trish </div><div><br></div><br><div><div>On Mar 8, 2013, at 9:05 AM, Stephen Granite wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; font-family: Arial; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div lang="EN-US" link="blue" vlink="purple"><div class="WordSection1" style="page: WordSection1; "><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); ">Trish and Paul,<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); "><o:p> </o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); ">On a tangential note, I had tried to make an account in the BioPortal instance, but the interface said there was an error.  However, when I tried to make the same account again, the interface came back saying that the account in error existed.  I was then able to sign in with the account.  Does that make sense?<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); "><o:p> </o:p></span></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 8pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); ">Stephen J. Granite, MS, MBA<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 8pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); ">Director of Database and Software Development<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 8pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); ">Center for Cardiovascular Bioinformatics and Modeling<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 8pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); ">Institute for Computational Medicine<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 8pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); ">The Johns Hopkins University<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 8pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); ">3400 North Charles Street<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 8pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); ">Hackerman Hall 312<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 8pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); ">Baltimore, MD 21218-2686<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 8pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); ">phone: 410-516-8849<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 8pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); ">fax: 410-516-5294<o:p></o:p></span></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); "><o:p> </o:p></span></div><div><div style="border-right-style: none; border-bottom-style: none; border-left-style: none; border-width: initial; border-color: initial; border-top-style: solid; border-top-color: rgb(181, 196, 223); border-top-width: 1pt; padding-top: 3pt; padding-right: 0in; padding-bottom: 0in; padding-left: 0in; "><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><b><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif; ">From:</span></b><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif; "><span class="Apple-converted-space"> </span>Trish Whetzel [mailto:whetzel@stanford.edu]<span class="Apple-converted-space"> </span><br><b>Sent:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Friday, March 08, 2013 11:58 AM<br><b>To:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Stephen Granite; Paul R Alexander<br><b>Cc:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>NCBO User Support;<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:ksr@jhu.edu" style="color: blue; text-decoration: underline; ">ksr@jhu.edu</a><br><b>Subject:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Re: Issues bringing up the NCBO Virtual Appliance: mgrep does not start<o:p></o:p></span></div></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><o:p> </o:p></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">Mgrep is used by the Annotator, however I do not know if having this start successfully is dependent on having ontologies populated in the Annotator database. Have you also populated ontologies in the Annotator database? As for the dependency, Paul can you comment on this?<o:p></o:p></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><o:p> </o:p></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">Trish <o:p></o:p></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><o:p> </o:p></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><o:p> </o:p></div><div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">On Mar 8, 2013, at 5:57 AM, Stephen Granite wrote:<o:p></o:p></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><br><br><o:p></o:p></div><div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">In the CVRG, we are interested in bringing up an instance of the NCBO applicance, to serve as a sandbox for ontologies we develop, to harden them prior to submission to NCBO.  We downloaded a copy of the version 1.0 OVF and were able to get the BioPortal web interface to come up without much effort.  However, in the startup, one service fails to start properly: mgrep.  mgrep is supposed to start from init.d, but when we execute “service mgrep status,” the response says the service is dead and the subsystem is locked.  We don’t see anything showing up in logs about mgrep.  What would you advise that we do?  Thanks.<o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "> <o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 8pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">Stephen J. Granite, MS, MBA</span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 8pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">Director of Database and Software Development</span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 8pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">Center for Cardiovascular Bioinformatics and Modeling</span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 8pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">Institute for Computational Medicine</span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 8pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">The Johns Hopkins University</span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 8pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">3400 North Charles Street</span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 8pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">Hackerman Hall 312</span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 8pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">Baltimore, MD 21218-2686</span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 8pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">phone: 410-516-8849</span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 8pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">fax: 410-516-5294</span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "> <o:p></o:p></span></div></div></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><o:p> </o:p></div></div></div></span></blockquote></div><br></body></html>