<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>We have an image of the Virtual Appliance running, and are trying to import ontologies. None of our attempts have been successful so far, namely:</div><div><br></div><div style>1) We downloaded the MeSH ontology from <a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/1351">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/1351</a> using download link <a href="http://rest.bioontology.org/bioportal/ontologies/download/46836?apikey=4ea81d74-8960-4525-810b-fa1baab576ff&userapikey=">http://rest.bioontology.org/bioportal/ontologies/download/46836?apikey=4ea81d74-8960-4525-810b-fa1baab576ff&userapikey=</a> . </div>
<div style><br></div><div style>We tried to submit it to our virtual appliance through the web interface, selecting the rrf format, and uploading a local copy of the zip file downloaded from the above link. This was successful, but the next day there's a note next to the ontology entry saying " parsing error" and it shows as having 0 terms etc.</div>
<div style><br></div><div style>1b) We tried the same thing using the ICD9M ontology. This time, submitting gave a generic error message ("something went wrong - this has been logged", or something like that) after the file had uploaded.</div>
<div style><br></div><div style>2) We've been trying to use the import script at /srv/ncbo/rails/BioPortal/current/util/import_ontologies/import_ontologies.rb. Running it without specifying $INCLUDE_ONTOLOGIES (i.e. trying to download all ontologies) continues to give a weird ruby error:</div>
<div style><br></div><div style><div>./bioportal/ontology_wrapper.rb:149:in `[]': can't convert String into Integer (TypeError)</div><div><br></div><div style>2b) Setting $INCLUDE_ONTOLOGIES to [ 1352 ] (the id of the National Drug File), gives this output:</div>
<div style><br></div><div style><div>Total onts: 1</div><div>Retrieving ontology</div><div><a href="http://rest.bioontology.org/bioportal/ontologies/47101?apikey=">http://rest.bioontology.org/bioportal/ontologies/47101?apikey=</a><apikey></div>
<div>Problem: 403 Forbidden</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>errors</div><div>47101<span class="" style="white-space:pre">  </span>National Drug File<span class="" style="white-space:pre">        </span>403 Forbidden</div>
<div><br></div><div style>This is truly bizarre, because if I copy-paste that url (without the api key being redacted) into my browser, I get the results fine. If I do wget on that url from the server running the appliance, I also get the expected output.</div>
<div style><br></div><div style><br></div><div style>Do you have any suggestions for getting past any of the above issues? We'd like to import ontologies (just 5 of them) any way we can, and as soon as possible.</div>
<div style><br></div><div style>Also, I'd be curious to read any error logs associated with 1) and 1b), but I'm not sure where they live on the file system.</div><div style><br></div><div style>Thanks,</div><div style>
Colin</div></div><div style><br></div><div style><br></div></div></div>