<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>Hi Colin, </div><div><br></div><div>I've looped in Paul, who can help with the general issues about the import script and documentation of this step, and Lian for specific questions on loading the UMLS terminologies you mention below. </div><div><br></div><div>Trish </div><div><br></div><br><div><div>On Apr 3, 2013, at 8:49 AM, Colin Morris wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>We have an image of the Virtual Appliance running, and are trying to import ontologies. None of our attempts have been successful so far, namely:</div><div><br></div><div style="">1) We downloaded the MeSH ontology from <a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/1351">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/1351</a> using download link <a href="http://rest.bioontology.org/bioportal/ontologies/download/46836?apikey=4ea81d74-8960-4525-810b-fa1baab576ff&userapikey=">http://rest.bioontology.org/bioportal/ontologies/download/46836?apikey=4ea81d74-8960-4525-810b-fa1baab576ff&userapikey=</a> . </div>
<div style=""><br></div><div style="">We tried to submit it to our virtual appliance through the web interface, selecting the rrf format, and uploading a local copy of the zip file downloaded from the above link. This was successful, but the next day there's a note next to the ontology entry saying " parsing error" and it shows as having 0 terms etc.</div>
<div style=""><br></div><div style="">1b) We tried the same thing using the ICD9M ontology. This time, submitting gave a generic error message ("something went wrong - this has been logged", or something like that) after the file had uploaded.</div>
<div style=""><br></div><div style="">2) We've been trying to use the import script at /srv/ncbo/rails/BioPortal/current/util/import_ontologies/import_ontologies.rb. Running it without specifying $INCLUDE_ONTOLOGIES (i.e. trying to download all ontologies) continues to give a weird ruby error:</div>
<div style=""><br></div><div style=""><div>./bioportal/ontology_wrapper.rb:149:in `[]': can't convert String into Integer (TypeError)</div><div><br></div><div style="">2b) Setting $INCLUDE_ONTOLOGIES to [ 1352 ] (the id of the National Drug File), gives this output:</div>
<div style=""><br></div><div style=""><div>Total onts: 1</div><div>Retrieving ontology</div><div><a href="http://rest.bioontology.org/bioportal/ontologies/47101?apikey=">http://rest.bioontology.org/bioportal/ontologies/47101?apikey=</a><apikey></div>
<div>Problem: 403 Forbidden</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>errors</div><div>47101<span class="" style="white-space:pre">  </span>National Drug File<span class="" style="white-space:pre">        </span>403 Forbidden</div>
<div><br></div><div style="">This is truly bizarre, because if I copy-paste that url (without the api key being redacted) into my browser, I get the results fine. If I do wget on that url from the server running the appliance, I also get the expected output.</div>
<div style=""><br></div><div style=""><br></div><div style="">Do you have any suggestions for getting past any of the above issues? We'd like to import ontologies (just 5 of them) any way we can, and as soon as possible.</div>
<div style=""><br></div><div style="">Also, I'd be curious to read any error logs associated with 1) and 1b), but I'm not sure where they live on the file system.</div><div style=""><br></div><div style="">Thanks,</div><div style="">
Colin</div></div><div style=""><br></div><div style=""><br></div></div></div>
_______________________________________________<br>bioontology-support mailing list<br><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br>https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support<br></blockquote></div><br></body></html>