<div dir="ltr">Hi Bioportal Support -- <div><br></div><div>How might we download and install Bioportal locally on our system?</div><div><br></div><div>Also, were we to use this in our app, is there any way that we can pay for something, such as support and/or development?   We're primarily seeking to use the search and annotation APIs, and in so doing, (a) reduce internet latency and (b) avoid being both dependent on and abusive of servers that others provide freely.  </div>
<div><br></div><div>Specifically, we're exploring using this within Sermo, which is commercial but provided free of charge to MDs.</div><div><br></div><div>All the best, </div><div>Pieter</div><div>m 617 645 4524 <br>
<br><div class="gmail_quote">---------- Forwarded message ----------<br>From: <b class="gmail_sendername">Ray Fergerson</b> <span dir="ltr"><<a href="mailto:ray.fergerson@stanford.edu">ray.fergerson@stanford.edu</a>></span><br>
Date: Wed, Apr 24, 2013 at 6:12 PM<br>Subject: RE: [bioontology-support] Newbie question on annotator<br>To: Pieter Sheth-Voss <<a href="mailto:pieter@provenanalytics.com">pieter@provenanalytics.com</a>><br><br><br>
<div lang="EN-US" link="blue" vlink="purple"><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Peiter,<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal">
<span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">On Q1, We provide a virtual machine with the Bioportal software. Send a message to <a href="mailto:support@bioontology.org" target="_blank">support@bioontology.org</a> and ask for the VM. We provide both VMWare and Amazon EC2 instances. There is a link for download but we want to collect information from people before we give it to them. This helps with our funders…<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">On Q2, there is no such org that I am aware of.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Ray<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> Pieter Sheth-Voss [mailto:<a href="mailto:pieter@provenanalytics.com" target="_blank">pieter@provenanalytics.com</a>] <br>
<b>Sent:</b> Wednesday, April 24, 2013 7:34 AM</span></p><div class="im"><br><b>To:</b> Ray Fergerson<br><b>Subject:</b> Re: [bioontology-support] Newbie question on annotator<u></u><u></u></div><p></p><p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in">
<u></u> <u></u></p><div><p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in">Hi Ray -- <u></u><u></u></p><div><div class="h5"><div><p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in">
Thanks so much.   We're hoping to use annotation and search within Sermo, a free but commercial-quality online community by and for MDs.  Our goal with Bioportal is to improve the clinical utility and search capability.  In the US as well as globally.   <u></u><u></u></p>
</div><div><p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in">The Bioportal REST APIs for search and annotation seem just perfect.  But presumably calling the Bioportal webservice via the net would both entail high latency and abuse your servers.  <u></u><u></u></p>
</div><div><p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in">So I think it'd be better to install this locally on our servers.<u></u><u></u></p></div>
<div><p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><b>Q1.   </b>At the risk of exposing my poor search skills, is the Bioportal software available for download?  I see the reference to most of it being available under BSD and/or Eclipse licenses.   <u></u><u></u></p>
</div><div><p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><b>Q2.  </b>As we'd probably be interested if that exists, do you know of any one who provides professional support services around this, anything from, say, a small cohort of key contributors who consult on the side, to a boutique firm that explicitly centered around the Bioportal software?<u></u><u></u></p>
</div><div><p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><u></u> <u></u></p></div><div><div><p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in">Managing the content licensing for the third party vocabularies is fine for us, and we can see funding work to support extensions for other languages.<u></u><u></u></p>
</div></div><div><p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in">Sincerely, <br>Pieter<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in">
<u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in">Pieter Sheth-Voss, PhD<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in">m. <a href="tel:617%20645%204524" value="+16176454524" target="_blank">617 645 4524</a><u></u><u></u></p>
</div><div><p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><u></u> <u></u></p></div><div><div><p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><u></u> <u></u></p><div><p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in">On Thu, Apr 11, 2013 at 4:22 PM, Ray Fergerson <<a href="mailto:ray.fergerson@stanford.edu" target="_blank">ray.fergerson@stanford.edu</a>> wrote:<u></u><u></u></p>
<div><p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"> </span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">BioPortal itself is open-source and free. The license is quite non-restrictive (BSD 2-clause). This information is available in the “Use of Software” section of our terms: <a href="http://www.bioontology.org/terms" target="_blank">http://www.bioontology.org//terms</a> </span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"> </span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">The availability of BioPortal content varies. Most is completely useable for anything. To be safe you should check with the ontology owners. Of particular note are both SNOMED and MeDDra which have much more restrictive user licenses for commercial uses.</span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"> </span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Ray</span><u></u><u></u></p>
</div></div></div></div></div></div></div></div></div></div><br></div></div>