<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40"><head><meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=utf-8"><meta name=Generator content="Microsoft Word 14 (filtered medium)"><style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman","serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
p.MsoAcetate, li.MsoAcetate, div.MsoAcetate
        {mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Balloon Text Char";
        margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:8.0pt;
        font-family:"Tahoma","sans-serif";}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
span.EmailStyle18
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
span.BalloonTextChar
        {mso-style-name:"Balloon Text Char";
        mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Balloon Text";
        font-family:"Tahoma","sans-serif";}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-size:10.0pt;}
@page WordSection1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]--></head><body lang=EN-US link=blue vlink=purple><div class=WordSection1><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>The strange thing is that it appears to have worked before (judging by the old version). It broke in mid April. I don’t think that we have changed anything on our side.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Ray<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><div><div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in'><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> Lynn Schriml [mailto:lynn.schriml@gmail.com] <br><b>Sent:</b> Wednesday, August 21, 2013 3:46 PM<br><b>To:</b> Ray Fergerson<br><b>Cc:</b> support<br><b>Subject:</b> Re: [bioontology-support] [Diseaseontology-discussion] [BioPortal] Human Disease Ontology Parsing Failed<o:p></o:p></span></p></div></div><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><o:p> </o:p></p><div><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'>Thank you Ray!!<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'>How odd, any idea why this is happening ? <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'>I've been looking at the file and haven't been able to figure this out.<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'>Much appreciated !!<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'>Lynn <br><br>Sent from my iPhone<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:0in;margin-right:0in;margin-bottom:12.0pt;margin-left:.5in'><br>On Aug 21, 2013, at 6:32 PM, Ray Fergerson <<a href="mailto:ray.fergerson@stanford.edu">ray.fergerson@stanford.edu</a>> wrote:<o:p></o:p></p></div><blockquote style='margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt'><div><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Lynn,</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>The problem seems to be that the download link returns HTML rather than an OWL file. Perhaps it is using HTML to redirect, but this does not work. An excerpt of the text that we are seeing is given below. You can see the entire page that we retrieve if you download the ontology from the link on the bioportal page.</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Ray</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in;text-autospace:none'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Courier New"'><!DOCTYPE html></span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in;text-autospace:none'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Courier New"'><!-- Server: sfn-web-4 --></span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in;text-autospace:none'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Courier New"'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in;text-autospace:none'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Courier New"'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in;text-autospace:none'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Courier New"'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in;text-autospace:none'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Courier New"'><!--[if lt IE 7 ]> <html lang="en" class="no-js ie6"> <![endif]--></span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in;text-autospace:none'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Courier New"'><!--[if IE 7 ]>    <html lang="en" class="no-js ie7"> <![endif]--></span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in;text-autospace:none'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Courier New"'><!--[if IE 8 ]>    <html lang="en" class="no-js ie8"> <![endif]--></span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in;text-autospace:none'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Courier New"'><!--[if IE 9 ]>    <html lang="en" class="no-js ie9"> <![endif]--></span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in;text-autospace:none'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Courier New"'><!--[if (gt IE 9)|!(IE)]>--> <html lang="en" class="no-js"> <!--<![endif]--></span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in;text-autospace:none'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Courier New"'>  <head></span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in;text-autospace:none'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Courier New"'>    <meta content="text/html; charset=UTF-8" http-equiv="content-type"/></span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in;text-autospace:none'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Courier New"'>    <title></span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in;text-autospace:none'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Courier New"'>  Disease Ontology / Code</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in;text-autospace:none'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Courier New"'>    / [r2607] </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in;text-autospace:none'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Courier New"'></title></span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in;text-autospace:none'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Courier New"'>    </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in;text-autospace:none'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Courier New"'><meta id="webtracker" name="webtracker" content='{&#34;event_id&#34;: &#34;99b61464-09fd-11e3-a85e-0200ac1d2936&#34;, &#34;project&#34;: &#34;diseaseontology&#34;, &#34;action_type&#34;: &#34;svn&#34;}' /></span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> <a href="mailto:bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu">bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu</a> [<a href="mailto:bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu">mailto:bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu</a>] <b>On Behalf Of </b>Lynn Schriml<br><b>Sent:</b> Monday, August 19, 2013 7:27 AM<br><b>To:</b> support<br><b>Subject:</b> Re: [bioontology-support] [Diseaseontology-discussion] [BioPortal] Human Disease Ontology Parsing Failed</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'> <o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'>Hello,<o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'>   I see that the DO load has a parsing error. <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'>If you can send me the error, I can fix it today.<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'>Thank you,<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'>Lynn Schriml<o:p></o:p></p></div></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:0in;margin-right:0in;margin-bottom:12.0pt;margin-left:1.0in'> <o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'>On Sat, Aug 17, 2013 at 11:37 PM, <<a href="mailto:support@bioontology.org" target="_blank">support@bioontology.org</a>> wrote:<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:0in;margin-right:0in;margin-bottom:12.0pt;margin-left:1.0in'>Human Disease Ontology parsing failed. <br><br>The BioPortal team is investigating the issue. <br><br>Please contact <a href="mailto:support@bioontology.org" target="_blank">support@bioontology.org</a> if you have questions. <br><br>Thank you,<br>The BioPortal Team<br>------------------------------------------------------------------------------<br>Get 100% visibility into Java/.NET code with AppDynamics Lite!<br>It's a free troubleshooting tool designed for production.<br>Get down to code-level detail for bottlenecks, with <2% overhead.<br>Download for free and get started troubleshooting in minutes.<br><a href="http://pubads.g.doubleclick.net/gampad/clk?id=48897031&iu=/4140/ostg.clktrk" target="_blank">http://pubads.g.doubleclick.net/gampad/clk?id=48897031&iu=/4140/ostg.clktrk</a><br>_______________________________________________<br>Diseaseontology-discussion mailing list<br><a href="mailto:Diseaseontology-discussion@lists.sourceforge.net">Diseaseontology-discussion@lists.sourceforge.net</a><br><a href="https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/diseaseontology-discussion" target="_blank">https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/diseaseontology-discussion</a><o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'> <o:p></o:p></p></div></div></blockquote></div></body></html>