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o;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:1.0in'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:1.0in'>For example, I'd like the service to annotate "Ca2+" with CHEBI:29108 (calcium(2+)). <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:1.0in'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:1.0in'>"Ca2+" is a RELATED SYNONYM for CHEBI:29108, but its not in the list of plain old Synonyms.<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:1.0in'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:1.0in'>I get no annotations for "Ca2+" with my current client parameter settings:<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:1.0in'> <o:p></o:p></p></div><blockquote style='margin-left:30.0pt;margin-top:5.0pt;margin-right:0in;margin-bottom:5.0pt'><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:1.0in'>longestOnly = false<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:1.0in'>wholeWordOnly = true<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:1.0in'>filterNumber = false<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:1.0in'>withDefaultStopWords = false<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:1.0in'>isStopWordsCaseSensitive = false<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:1.0in'>minTermSize = 2<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:1.0in'>scored = true<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:1.0in'>withSynonyms = true<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:1.0in'>ontologiesToKeepInResult = 1141, 1053, 1007, 1070, 1009<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:1.0in'>isVirtualOntologyId = true<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:1.0in'>levelMax = 0<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:1.0in'>mappingTypes = null<o:p></o:p></p></div></blockquote><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:1.0in'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:1.0in'>Many thanks for your help!<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:1.0in'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:1.0in'>M<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:1.0in'> <o:p></o:p></p><div><div><div><div><div><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:1.0in'>---------------------------------<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:1.0in'>Maxwell Neal<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:1.0in'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:1.0in'>Post-doctoral researcher<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:1.0in'>Department of Bioengineering<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:1.0in'>University of Washington<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:1.0in'><a href="mailto:mneal@uw.edu" target="_blank">mneal@uw.edu</a><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:1.0in'>---------------------------------<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:1.0in'> <o:p></o:p></p></div></div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:1.0in'> <o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:1.0in'> <o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:1.0in'> <o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:1.0in'> <o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;margin-bottom:12.0pt;margin-left:1.0in'> <o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:1.0in'> <o:p></o:p></p></div></div></div></div></div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:0in;margin-right:0in;margin-bottom:12.0pt;margin-left:.5in'><br>_______________________________________________<br>bioontology-support mailing list<br><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br><a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" target="_blank">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a><o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><o:p> </o:p></p></div></div></body></html>