<div dir="ltr"><div><div><div>Thanks Paul,<br><br></div>Could you please point me to the documentation about the API <a href="http://data.bioontology.org" target="_blank">data.bioontology.org</a>? In <a href="http://rest.bioontology.org" target="_blank">rest.bioontology.org</a>, the parameter for the text to be annotated used to be "textToAnnotate" but I saw it is now "text" in <a href="http://data.bioontology.org">data.bioontology.org</a>. I would like to check the rest of parameters to make sure I am using it in the proper way.<br>

<br></div>Thanks again,<br></div>Jael<br></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Oct 8, 2013 at 9:11 PM, Paul R Alexander <span dir="ltr"><<a href="mailto:palexander@stanford.edu" target="_blank">palexander@stanford.edu</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Jael,<div><br></div><div>The new API code is released at <a href="http://data.bioontology.org" target="_blank">data.bioontology.org</a>, so you should point there and not <a href="http://stagedata.bioontology.org" target="_blank">stagedata.bioontology.org</a> (this is our testing platform).</div>

<div><br></div><div><a href="http://rest.bioontology.org" target="_blank">rest.bioontology.org</a> is essentially deprecated as of now, so new fixes won't end up there.</div><div><br></div><div>There is indeed a bug on the xml output at <a href="http://data.bioontology.org" target="_blank">data.bioontology.org</a> that is causing the class information to not appear. This will be fixed later today. If you need to see the output now, you can try the json serialization. The xml will look different than the xml provided at <a href="http://rest.bioontology.org" target="_blank">rest.bioontology.org</a>, primarily because of the transition to our new API, which is now more uniform across individual NCBO APIs.</div>

<div><br></div><div>Please let me know if you have further questions.</div><div><br></div><div>Paul</div><div><br></div><div><br></div><div><div><div><div class="h5"><div>On Oct 8, 2013, at 1:04 PM, Jael GarcíaCastro <<a href="mailto:leyla.jael.garcia@gmail.com" target="_blank">leyla.jael.garcia@gmail.com</a>> wrote:</div>

<br></div></div><blockquote type="cite"><div><div class="h5"><div dir="ltr"><div><div><div><div>Dear Ryan, <br><br></div>I have managed to work with the URL <a href="http://rest.bioontology.org/obs/annotator" target="_blank">http://rest.bioontology.org/obs/annotator</a> from Java, it is working fine. However, the problem with MeSH and the Semantic types persist here. I get T999 as semantic type when annotating with MeSH (virtual id 1351) while with SNOMED-CT (virtual id 1353) I do get T109 and T124. When will it solved?<br>



<br></div>And the XML that I get in Java is different from the one that I get from the Annotator interface, the last one seems to be incomplete.<br><br></div>Thanks,<br></div>Jael<br></div><div class="gmail_extra"><br><br>



<div class="gmail_quote">On Tue, Oct 8, 2013 at 8:33 PM, Jael GarcíaCastro <span dir="ltr"><<a href="mailto:leyla.jael.garcia@gmail.com" target="_blank">leyla.jael.garcia@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div dir="ltr"><div><div><div><div>Dear Ray,<br><br></div>I have seen that Bioportal has been migrated now to the RDF platform. Now "serotonin" in MeSH indeed has types T109 and T124 as you mentioned in your previous mail, great!<br>




<br></div>However, I am not getting the information I used to with NCBO Annotator. Before the migration, I used this URL for the annotator <a href="http://rest.bioontology.org/obs/annotator" target="_blank">http://rest.bioontology.org/obs/annotator</a>, now, I saw in the documentation (<a href="http://stagedata.bioontology.org/documentation#nav_annotator" target="_blank">http://stagedata.bioontology.org/documentation#nav_annotator</a>) that it should be <a href="http://stagedata.bioontology.org/annotator" target="_blank">http://stagedata.bioontology.org/annotator</a>, is that right? In both cases I am getting an error saying that my API Key is not valid. I already re-registered myself in case it has expired or kind of, but still I get the same error with the new API Key. What am I doing wrong? Any suggestions?<br>




<br></div><div>Using the apikey used by the annotator interface when XML format is required (<a href="http://data.bioontology.org/annotator?text=serotonin&max_level=0&ontologies=MESH&format=xml&apikey=xxx" target="_blank">http://data.bioontology.org/annotator?text=serotonin&max_level=0&ontologies=MESH&format=xml&apikey=xxx</a>), with the URL <a href="http://rest.bioontology.org/obs/annotator" target="_blank">http://rest.bioontology.org/obs/annotator</a> I get a "Method Not Allowed", while with <a href="http://stagedata.bioontology.org/annotator" target="_blank">http://stagedata.bioontology.org/annotator</a> I get an "Internal Server Error". What could be the problem?<br>




</div><div><br></div><div>I tried to get the XML from the Annotator interface and the XML now is different from before, it has less information, is this a new response?<br><annotationCollection><annotation><annotatedClass/><hierarchyCollection/><annotationsCollection><annotations><from>1</from><to>9</to><matchType>PREF</matchType><text>SEROTONIN</text></annotations></annotationsCollection><mappingsCollection/></annotation></annotationCollection><br>




<br></div><div><br></div>Thanks so much in advance,<br></div>Jael<br></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote"><div>On Wed, Sep 25, 2013 at 3:19 AM, Ray Fergerson <span dir="ltr"><<a href="mailto:ray.fergerson@stanford.edu" target="_blank">ray.fergerson@stanford.edu</a>></span> wrote:<br>




</div><div><div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div link="blue" vlink="purple" lang="EN-US"><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Jael,<u></u><u></u></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">We may make the UMLS property URI’s that we generate resolvable but this is not a high priority at the moment.<u></u><u></u></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">There does seem to be something wrong with the sematic types and MeSH. They work fine for other ontologies (e.g. SNOMED). By the way, Serotonin has types T109 and T124 (not T016 has stated below). These types are returned in the XML for “working” ontologies.<u></u><u></u></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Whatever the problem with MeSH, we are about to replace this entire backend system in a couple of days. Thus we are not going to look into this problem. The new system should work correctly. If it doesn’t then we will fix it. Stay tuned.<u></u><u></u></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Ray<u></u><u></u></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> <a href="mailto:bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu" target="_blank">bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu</a> [mailto:<a href="mailto:bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu" target="_blank">bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu</a>] <b>On Behalf Of </b>Jael GarcíaCastro<br>




<b>Sent:</b> Tuesday, September 24, 2013 12:09 PM<br><b>To:</b> <a href="mailto:support@bioontology.org" target="_blank">support@bioontology.org</a><br><b>Subject:</b> [bioontology-support] UMLS semantic types in NCBO Annotator and SPARQL endpoint<u></u><u></u></span></p>




<div><p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><u></u> <u></u></p><div><div><div><p class="MsoNormal" style="margin-right:0in;margin-bottom:12.0pt;margin-left:.5in">Hi all, <u></u><u></u></p></div><p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in">




I tried DESCRIBE <<a href="http://purl.bioontology.org/ontology/MDDB/07224" target="_blank">http://purl.bioontology.org/ontology/MDDB/07224</a>> at <a href="http://sparql.bioontology.org/" target="_blank">http://sparql.bioontology.org</a>. The description includes the UMLS semantic type as <u></u><u></u></p>




<pre style="margin-left:.5in"><<a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/umls/hasSTY" target="_blank">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/umls/hasSTY</a>> <<a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/umls/sty/T121" target="_blank">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/umls/sty/T121</a>><u></u><u></u></pre>

<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal" style="margin-right:0in;margin-bottom:12.0pt;margin-left:.5in">I noticed that the URL <a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/umls/sty/T121" target="_blank">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/umls/sty/T121</a> does not resolve. Do you plan these UMLS semantic type URLs to be resolvable?<u></u><u></u></p>




</div><div><p class="MsoNormal" style="margin-right:0in;margin-bottom:12.0pt;margin-left:.5in">I also tried the NCBO Annotator <a href="http://bioportal.bioontology.org/annotator" target="_blank">http://bioportal.bioontology.org/annotator</a> with the term "serotonin" and the ontology MeSH. This term is associated to the UMLS semantic type T016. However, if I retrieve the annotation in the XML format using the  option "Format Result As", the semantic type retrieved is T999 "NCBO BioPortal concept". I was expecting T016, is not the semantic type reported by the annotator the UMLS one?<u></u><u></u></p>




</div><div><p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in">Thanks,<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in">Jael<u></u><u></u></p></div></div></div></div></blockquote></div></div>

</div><br></div>
</blockquote></div><br></div></div></div>
_______________________________________________<br>bioontology-support mailing list<br><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" target="_blank">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br><a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" target="_blank">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a><br>

</blockquote></div><br></div></div></blockquote></div><br></div>