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ial","sans-serif";color:#888888'>Trish <br style='text-align:-webkit-auto;word-spacing:0px'><br><o:p></o:p></span></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><o:p> </o:p></p><div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'>On Oct 16, 2013, at 10:29 AM, Paul R Alexander <<a href="mailto:palexander@stanford.edu" target="_blank">palexander@stanford.edu</a>> wrote:<o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><br><br><o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'>It does use a default list. We will add these to the documentation.<o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><o:p> </o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'>The Annotator was returning mappings by default due to a bug that has been fixed. The mappings (when included) come from the entire mapping data set. In the future there will be options to filter based on source.<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><o:p> </o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'>Paul<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><o:p> </o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><o:p> </o:p></p><div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'>On Oct 14, 2013, at 10:53 AM, Trish Whetzel <<a href="mailto:whetzel@ucsd.edu" target="_blank">whetzel@ucsd.edu</a>> wrote:<o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><br><br><o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'>With the new API release, does the Annotator still use a default list of stop words? I didn't notice these documented here: <a href="http://data.bioontology.org/documentation#nav_annotator" target="_blank">http://data.bioontology.org/documentation#nav_annotator</a>  However, for the previous API version a default list of stop words could be included and these were accessed with the call: <a href="http://rest.bioontology.org/obs/stopwords?apikey=%3CAPIKey%3E" target="_blank">http://rest.bioontology.org/obs/stopwords?apikey=<APIKey></a><o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><o:p> </o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'>Also, the BioPortal Annotator Web page returns results from term mappings without selecting a mapping parameter. What is the source of the mappings the Annotator Web service is using when called from the BioPortal Annotator Web page? I didn't see information on the mappings here: <a href="http://bioportal.bioontology.org/help?pop=true#Annotator_Tab" target="_blank">http://bioportal.bioontology.org/help?pop=true#Annotator_Tab</a> and links from here to the "REST API documentation" point to documentation for the previous API.<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><o:p> </o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'>Thanks for the help, <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'>Trish <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><o:p> </o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><o:p> </o:p></p></div><div><div><div><div><div><div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"'>DKnet Project Lead</span><span style='font-size:13.5pt;font-family:"Arial","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"'>Ph: (858) 255-0478</span><span style='font-size:13.5pt;font-family:"Arial","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><span style='font-size:13.5pt;font-family:"Arial","sans-serif"'><o:p> </o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"'>University of California, San Diego</span><span style='font-size:13.5pt;font-family:"Arial","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"'>9500 Gilman Drive, M/C 0608</span><span style='font-size:13.5pt;font-family:"Arial","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"'>La Jolla, CA 92093-0446</span><span style='font-size:13.5pt;font-family:"Arial","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div></div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><span style='font-size:13.5pt;font-family:"Arial","sans-serif"'><o:p> </o:p></span></p></div></div></div><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><span style='font-size:13.5pt;font-family:"Arial","sans-serif"'><br style='text-align:-webkit-auto;word-spacing:0px'><br><o:p></o:p></span></p></div></div><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><o:p> </o:p></p></div></div><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'>_______________________________________________<br>bioontology-support mailing list<br><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" target="_blank">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br><a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" target="_blank">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a><o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><o:p> </o:p></p></div></div></div><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><o:p> </o:p></p></div></div></div></div></div></div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:0in;margin-right:0in;margin-bottom:12.0pt;margin-left:.5in'><br>_______________________________________________<br>bioontology-support mailing list<br><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br><a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" target="_blank">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a><o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><o:p> </o:p></p></div></div></body></html>