<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40"><head><meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=us-ascii"><meta name=Generator content="Microsoft Word 14 (filtered medium)"><style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
@font-face
        {font-family:"Trebuchet MS";
        panose-1:2 11 6 3 2 2 2 2 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri","sans-serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
p.MsoAcetate, li.MsoAcetate, div.MsoAcetate
        {mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Balloon Text Char";
        margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:8.0pt;
        font-family:"Tahoma","sans-serif";}
span.BalloonTextChar
        {mso-style-name:"Balloon Text Char";
        mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Balloon Text";
        font-family:"Tahoma","sans-serif";}
span.EmailStyle19
        {mso-style-type:personal;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:windowtext;}
span.EmailStyle20
        {mso-style-type:personal;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
span.EmailStyle21
        {mso-style-type:personal;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
span.EmailStyle22
        {mso-style-type:personal;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
span.EmailStyle23
        {mso-style-type:personal;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
span.EmailStyle24
        {mso-style-type:personal;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
span.EmailStyle25
        {mso-style-type:personal;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
span.EmailStyle26
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-size:10.0pt;}
@page WordSection1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]--></head><body lang=EN-US link=blue vlink=purple><div class=WordSection1><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'>The link below appears to work now and downloads a file (NDDF.ttl). Can you confirm? Have I misunderstood what you want?<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'>Ray<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><div><div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in'><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> Celeste, Michael [mailto:michael.celeste@pfizer.com] <br><b>Sent:</b> Thursday, October 24, 2013 3:10 PM<br><b>To:</b> Ray Fergerson; support@bioontology.org<br><b>Cc:</b> Manuel Salvadores<br><b>Subject:</b> RE: [bioontology-support] Java/Jena example 500 error<o:p></o:p></span></p></div></div><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><span style='color:#1F497D'>Here’s an example of one from this url: </span><a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/NDDF">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/NDDF</a><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'>Here’s the link with the API key: <a href="http://data.bioontology.org/ontologies/NDDF/submissions/1/download?apikey=81ac8eba-12ca-4b94-a80f-82e4cfd2291a">http://data.bioontology.org/ontologies/NDDF/submissions/1/download?apikey=81ac8eba-12ca-4b94-a80f-82e4cfd2291a</a><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'>Michael<span style='color:#1F497D'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><span style='color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><div><div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in'><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> Ray Fergerson [<a href="mailto:ray.fergerson@stanford.edu">mailto:ray.fergerson@stanford.edu</a>] <br><b>Sent:</b> Thursday, October 24, 2013 6:09 PM<br><b>To:</b> Celeste, Michael; <a href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a><br><b>Cc:</b> Manuel Salvadores<br><b>Subject:</b> RE: [bioontology-support] Java/Jena example 500 error<o:p></o:p></span></p></div></div><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><span style='color:#1F497D'>Sorry but I am still a bit lost. What keys are you referring to that are associated with the ontology download links? Where do you see these links? Are they in some sample code that we provide?<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><span style='color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><span style='color:#1F497D'>Ray<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><span style='color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><div><div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in'><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> Celeste, Michael [<a href="mailto:michael.celeste@pfizer.com">mailto:michael.celeste@pfizer.com</a>] <br><b>Sent:</b> Thursday, October 24, 2013 2:58 PM<br><b>To:</b> Ray Fergerson; <a href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a><br><b>Cc:</b> Manuel Salvadores<br><b>Subject:</b> RE: [bioontology-support] Java/Jena example 500 error<o:p></o:p></span></p></div></div><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'><span style='color:#1F497D'>Yes, there are keys associated to the ontology download links. If I use one of those then I get data using the sample java programs.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'><span style='color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'><span style='color:#1F497D'>Michael<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'><span style='color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><div><div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in'><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> Ray Fergerson [<a href="mailto:ray.fergerson@stanford.edu">mailto:ray.fergerson@stanford.edu</a>] <br><b>Sent:</b> Thursday, October 24, 2013 5:56 PM<br><b>To:</b> Celeste, Michael; <a href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a><br><b>Cc:</b> Manuel Salvadores<br><b>Subject:</b> RE: [bioontology-support] Java/Jena example 500 error<o:p></o:p></span></p></div></div><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'><span style='color:#1F497D'>Why do you say this? If you use someone else’s api key does it work?<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'><span style='color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'><span style='color:#1F497D'>Ray<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'><span style='color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><div><div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in'><p class=MsoNormal style='margin-left:1.5in'><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> Celeste, Michael [<a href="mailto:michael.celeste@pfizer.com">mailto:michael.celeste@pfizer.com</a>] <br><b>Sent:</b> Thursday, October 24, 2013 2:51 PM<br><b>To:</b> Ray Fergerson; <a href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a><br><b>Cc:</b> Manuel Salvadores<br><b>Subject:</b> RE: [bioontology-support] Java/Jena example 500 error<o:p></o:p></span></p></div></div><p class=MsoNormal style='margin-left:1.5in'><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:1.5in'><span style='color:#1F497D'>Ok, thank you for your reply.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:1.5in'><span style='color:#1F497D'><br>I actually think it’s my API key that is the problem:  </span><span style='font-family:"Trebuchet MS","sans-serif";color:black;background:white'>81ac8eba-12ca-4b94-a80f-82e4cfd2291a</span><span style='color:#1F497D'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:1.5in'><span style='color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:1.5in'><span style='color:#1F497D'>Michael<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:1.5in'><span style='color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><div><div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in'><p class=MsoNormal style='margin-left:1.5in'><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> Ray Fergerson [<a href="mailto:ray.fergerson@stanford.edu">mailto:ray.fergerson@stanford.edu</a>] <br><b>Sent:</b> Thursday, October 24, 2013 5:47 PM<br><b>To:</b> Celeste, Michael; <a href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a><br><b>Cc:</b> Manuel Salvadores<br><b>Subject:</b> RE: [bioontology-support] Java/Jena example 500 error<o:p></o:p></span></p></div></div><p class=MsoNormal style='margin-left:1.5in'><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:1.5in'><span style='color:#1F497D'>Our expert on this is half-way around the world this week. He should be able to respond next week.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:1.5in'><span style='color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:1.5in'><span style='color:#1F497D'>Ray<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:1.5in'><span style='color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><div><div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in'><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in'><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> <a href="mailto:bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu">bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu</a> [<a href="mailto:bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu">mailto:bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu</a>] <b>On Behalf Of </b>Celeste, Michael<br><b>Sent:</b> Friday, October 18, 2013 3:22 AM<br><b>To:</b> <a href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a><br><b>Subject:</b> [bioontology-support] Java/Jena example 500 error<o:p></o:p></span></p></div></div><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in'><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in'>Hello,<br><br>I am trying to run the java file using Jena below after supplying my apikey but I keep getting an HTTP 500 error. I also tried adding a query parameter but get the same error.<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in'><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in'>Thanks,<br>Michael<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in'><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#7F0055'>package</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'> businessdevelopment;</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#7F0055'>import</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'> com.hp.hpl.jena.query.Query;</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#7F0055'>import</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'> com.hp.hpl.jena.query.QueryExecutionFactory;</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#7F0055'>import</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'> com.hp.hpl.jena.query.QueryFactory;</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#7F0055'>import</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'> com.hp.hpl.jena.query.QuerySolution;</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#7F0055'>import</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'> com.hp.hpl.jena.query.ResultSet;</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#7F0055'>import</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'> com.hp.hpl.jena.rdf.model.Literal;</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#7F0055'>import</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'> com.hp.hpl.jena.rdf.model.RDFNode;</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#7F0055'>import</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'> com.hp.hpl.jena.sparql.engine.http.QueryEngineHTTP;</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#3F5FBF'>/**</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#3F5FBF'>* This is an example built on top of the <u>Jena</u> ARQ library.</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#3F5FBF'>* See: <a href="http://jena.sourceforge.net/ARQ/documentation.html">http://jena.sourceforge.net/ARQ/documentation.html</a></span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#3F5FBF'>*/</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#7F0055'>public</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'> </span><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#7F0055'>class</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'> JenaARQTest {</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>        </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>        </span><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#7F0055'>private</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'> String </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#0000C0'>service</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'> = </span><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#7F0055'>null</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>;</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>        </span><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#7F0055'>private</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'> String </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#0000C0'>apikey</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'> = </span><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#7F0055'>null</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>;</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>        </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>        </span><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#7F0055'>public</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'> JenaARQTest(String service, String apikey) {</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>                </span><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#7F0055'>this</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>.</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#0000C0'>service</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'> = service;</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>                </span><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#7F0055'>this</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>.</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#0000C0'>apikey</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'> = apikey;</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>        }</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>        </span><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#7F0055'>public</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'> ResultSet executeQuery(String queryString) </span><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#7F0055'>throws</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'> Exception {</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>                 Query query = QueryFactory.<i>create</i>(queryString) ;</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>                 QueryEngineHTTP qexec = QueryExecutionFactory.<i>createServiceRequest</i>(</span><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#7F0055'>this</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>.</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#0000C0'>service</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>, query);</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>                 qexec.addParam(</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#2A00FF'>"apikey"</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>, </span><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#7F0055'>this</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>.</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#0000C0'>apikey</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>);</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>                 </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#3F7F5F'>//qexec.addParam("query", queryString);                 </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>                 ResultSet results = qexec.execSelect() ;</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>                 </span><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#7F0055'>return</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'> results;</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>        }</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>        </span><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#7F0055'>public</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'> </span><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#7F0055'>static</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'> </span><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#7F0055'>void</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'> main(String[] args) </span><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#7F0055'>throws</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'> Exception {</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>                String sparqlService = </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#2A00FF'>"<a href="http://sparql.bioontology.org/sparql">http://sparql.bioontology.org/sparql</a>"</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>;</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>                String apikey = </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#2A00FF'>"81ac8eba-12ca-4b94-a80f-82e4cfd2291a"</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>;</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>                </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#3F7F5F'>/*</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#3F7F5F'>                 * More query examples here:</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#3F7F5F'>                 * <a href="http://sparql.bioontology.org/examples">http://sparql.bioontology.org/examples</a></span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#3F7F5F'>                 */</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>                String query = </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#2A00FF'>"PREFIX omv: <<a href="http://omv.ontoware.org/2005/05/ontology">http://omv.ontoware.org/2005/05/ontology#</a>> "</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'> +</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>                                           </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#2A00FF'>"SELECT ?ont ?name ?acr "</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'> +</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>                                           </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#2A00FF'>"WHERE { ?ont a omv:Ontology; "</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'> +</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>                                           </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#2A00FF'>"omv:acronym ?acr; "</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'> +</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>                                           </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#2A00FF'>"omv:name ?name . "</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'> +</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>                                           </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#2A00FF'>"}"</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>;</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>                </span><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#7F0055'>try</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'> {</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>                JenaARQTest test = </span><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#7F0055'>new</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'> JenaARQTest(sparqlService,apikey);</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>                ResultSet results = test.executeQuery(query);</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>                    </span><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#7F0055'>for</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'> ( ; results.hasNext() ; ) {</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>                      QuerySolution soln = results.nextSolution() ;</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>                      RDFNode ontUri = soln.get(</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#2A00FF'>"ont"</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>) ;</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>                      Literal name = soln.getLiteral(</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#2A00FF'>"name"</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>) ;</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>                      Literal acr = soln.getLiteral(</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#2A00FF'>"acr"</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>) ;</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>                      System.</span><i><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#0000C0'>out</span></i><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>.println(ontUri + </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#2A00FF'>" ---- "</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'> + name + </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#2A00FF'>" ---- "</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'> + acr);</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>                    }</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>                }</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>                </span><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#7F0055'>catch</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>(Exception e) {</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>                  System.</span><i><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#0000C0'>out</span></i><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>.println(e);</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>                }</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>        }</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in;text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>}</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='margin-left:2.0in'><o:p> </o:p></p></div></body></html>