<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=us-ascii"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">Mona,<div><br></div><div>Did you mean HTTP Client rather than HTML Client? Any HTTP client should make an HTTP request, and then you would be able to read the body of the HTTP response as a string. You can see a Java example for working with the Annotator here:</div><div><a href="https://github.com/ncbo/ncbo_rest_sample_code/blob/master/java/src/AnnotateText.java">https://github.com/ncbo/ncbo_rest_sample_code/blob/master/java/src/AnnotateText.java</a></div><div><br></div><div>Paul</div><div><br></div><div><br><div><div>On Nov 19, 2013, at 9:57 AM, Mona Salem <<a href="mailto:monasalem123@gmail.com">monasalem123@gmail.com</a>> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">Hello Ray and all<br>I am a java developer and wish to call the NCBO annotator with a simple HTML<br>Client call, from my Java program.  (See earlier email below.) <br>I want the results to go to a filename.json or fname.xml, not dumped to the<br>screen.  Is this possible? I want to work with files not screen dumps.  <br><br>Or will I need to use the AnnotatorClient.java and all the Java classes in<br>the following link?  <br><br><a href="https://bmir-gforge.stanford.edu/gf/project/client_examples/scmsvn/?action=b">https://bmir-gforge.stanford.edu/gf/project/client_examples/scmsvn/?action=b</a><br>rowse&path=%2Ftrunk%2FJava%2FAnnotator%2Fsrc%2FAnnotatorClient.java&revision<br>=48&view=markup<br><br><br>I am using Eclipse.  What version of Maven is best:  the standard or the IAM<br>(aka Q)?<br><br>Thanks for all your help<br>Mona Salem<br><br>-----Original Message-----<br>From: bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu<br>[mailto:bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu] On Behalf Of<br>bioontology-support-request@lists.stanford.edu<br>Sent: Friday, November 15, 2013 12:08 PM<br>To: bioontology-support@lists.stanford.edu<br>Subject: bioontology-support Digest, Vol 67, Issue 24<br><br>Send bioontology-support mailing list submissions to<br><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">      </span>bioontology-support@lists.stanford.edu<br><br>To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">       </span>https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support<br>or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">   </span>bioontology-support-request@lists.stanford.edu<br><br>You can reach the person managing the list at<br><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">   </span>bioontology-support-owner@lists.stanford.edu<br><br>When replying, please edit your Subject line so it is more specific than<br>"Re: Contents of bioontology-support digest..."<br><br><br>Today's Topics:<br><br>   1. Re: bioontology-support Digest, Vol 67,<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>Issue 23 (Mona Salem)<br>   2. I need the json file output sent to an actual<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>file, not to<br>      the screen (Mona Salem)<br>   3. Bioportal down? (James Malone)<br><br><br>----------------------------------------------------------------------<br><br>Message: 1<br>Date: Thu, 14 Nov 2013 15:47:56 -0800<br>From: "Mona Salem" <monasalem123@gmail.com><br>To: <bioontology-support@lists.stanford.edu><br>Cc: 'Ray Fergerson' <ray.fergerson@stanford.edu><br>Subject: Re: [bioontology-support] bioontology-support Digest, Vol 67,<br><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">    </span>Issue 23<br>Message-ID: <001501cee193$f32148d0$d963da70$@com><br>Content-Type: text/plain;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>charset="US-ASCII"<br><br>Hello<br>I need help in retrieving results.<br><br>Using the following call:<br>http://data.bioontology.org/annotator?apikey=4ea81d74-8960-4525-810b-fa1baab<br>576ff&text=Melanoma%20is%20a%20malignant%20tumor%20of%20melanocytes%20which%<br>20are%20found%20predominantly%20in%20skin%20but%20also%20in%20the%20bowel%20<br>and%20the%20eye.&max_level=0&ontologies=NCIT<br><br>How can I get the json file sent to an actual file, and not dumped to the<br>screen?  I wish to capture the preferred names (for the project I am working<br>on).  <br><br>Thanks<br>Mona<br><br><blockquote type="cite">To: Beck, Tim (Dr.)<br>Cc: support@bioontology.org<br>Subject: Re: [bioontology-support] Form widget problem<br><br>Tim,<br><br>This is a (hopefully) temporary problem with HPO. We are reprocessing <br>the ontology today.<br><br>Also, Trish is no longer with NCBO. You can continue to email the <br>support list to get assistance.<br><br>Paul<br><br><br>On Oct 25, 2013, at 4:21 AM, Beck, Tim (Dr.) <tb143@leicester.ac.uk><br>wrote:<br><br><blockquote type="cite">Hi BioPortal team, hi Trish,<br><br>The "Term-selection field on a form" widget works fine for other<br></blockquote>ontologies I'm interested in, however I'm not seeing any terms from <br>the Human Phenotype Ontology when I attempt to list terms from all <br>ontologies<br>(class="bp_form_complete-all-uri") or specifically HPO.<br><blockquote type="cite"><br>Also, the "Form Autocomplete" demo on your website doesn't seem to be<br></blockquote>working: http://bioportal.bioontology.org/ontologies/HP/?p=widgets<br><blockquote type="cite"><br>Is this a temporary problem with HPO?<br><br>Thanks for your help.<br><br>Regards,<br>Tim<br>_______________________________________________<br>bioontology-support mailing list<br>bioontology-support@lists.stanford.edu<br>https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support<br></blockquote><br>_______________________________________________<br>bioontology-support mailing list<br>bioontology-support@lists.stanford.edu<br>https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support<br></blockquote><br><br><br>------------------------------<br><br>Message: 2<br>Date: Tue, 12 Nov 2013 21:49:14 +0300<br>From: Mark Gerard <mark.gerard@clinovo.com><br>To: bioontology-support@lists.stanford.edu<br>Subject: [bioontology-support] Extracting parent child relationships<br><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">     </span>using<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">       </span>the web service<br>Message-ID:<br><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">      </span><CALbVH61Jj7BAbUBz5OLEuwXvj5aYM7KD3fB_+iHUMR7iN9Lo6A@mail.gmail.com><br>Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br><br>Hi all -<br><br>I have been trying to get the hierarchical information as displayed on the<br>web interface @"http://bioportal.bioontology.org/" when a term is searched<br>in a given ontology -<br><br>This is what I intend to achieve =><br>https://trac.clinovo.com/clincapture/attachment/ticket/741/howTo.jpg<br><br>Context:<br><br>Given the information returned by the web service, we intend to<br>programmatic-ally build this hierarchy (really, display the fields as shown<br>in the screen shot above) in another system (open source application =><br>clincapture) which is using bio-portal as the end point for medical coding.<br><br>What I have done so for:<br><br>1. I am able to use the old "http://rest.bioontology.org" (I am yet to get<br>acquainted with the new web service) to extract the coded term for a given<br>verbatim term entered by the user in our system<br><br>2. I have tried to work with the view extraction service but it seems to me<br>that it only returns one subclass of the concept (the immediate sub class)<br>- I am looking for the entire hierarchy<br><br>3. I have also tinkered with the RDF term service but it would appear that<br>the generated xml does not have the entire hierarchy - It would seem that<br>the returned xml cannot allow me to walk back to the root element (as<br>depicted on the UX)<br><br>I know I am missing something or have probably not looked somewhere, can<br>anyone give me some leads as to how I can retrieve the information in the<br>tree view (With the hierarchy)? I will really appreciate the help!<br><br>Mark<br><br>--<br>*Mark Gerard*<br> Software Developer<br> *mark.gerard@clinovo.com <sophie.mccallum@clinovo.com>*<br>  *Cell*: (256) 794323934<br> *Tel*: (256) 794323934<br> *www.clinovo.com <http://www.clinovo.com>*<br><br>[image: Clinovo] <http://www.clinovo.com/><br>[image: Facebook] <http://www.facebook.com/clinovo> [image:<br>Linkedin]<http://www.linkedin.com/company/890144?trk=NUS_CMPY_TWIT><br> [image: Twitter] <http://twitter.com/Clinovo><br>  *Confidentiality Notice: Unless expressly stated otherwise, this message<br>is confidential and may be privileged. It is intended for the addressee(s)<br>only. Access to this e-mail by anyone else is unauthorized. If you are not<br>an addressee, please inform the sender immediately.*<br>-------------- next part --------------<br>An HTML attachment was scrubbed...<br>URL:<br><http://mailman.stanford.edu/pipermail/bioontology-support/attachments/20131<br>112/5ebd0659/attachment-0001.html><br><br>------------------------------<br><br>_______________________________________________<br>bioontology-support mailing list<br>bioontology-support@lists.stanford.edu<br>https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support<br><br><br>End of bioontology-support Digest, Vol 67, Issue 23<br>***************************************************<br><br><br><br>------------------------------<br><br>Message: 2<br>Date: Thu, 14 Nov 2013 15:50:15 -0800<br>From: "Mona Salem" <monasalem123@gmail.com><br>To: <bioontology-support@lists.stanford.edu><br>Cc: 'Ray Fergerson' <ray.fergerson@stanford.edu><br>Subject: [bioontology-support] I need the json file output sent to an<br><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">       </span>actual<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">      </span>file, not to the screen<br>Message-ID: <001601cee194$453c4430$cfb4cc90$@com><br>Content-Type: text/plain;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>charset="US-ASCII"<br><br><br>Hello<br>I need help in retrieving results.<br><br>Using the following call:<br>http://data.bioontology.org/annotator?apikey=4ea81d74-8960-4525-810b-fa1baab<br>576ff&text=Melanoma%20is%20a%20malignant%20tumor%20of%20melanocytes%20which%<br>20are%20found%20predominantly%20in%20skin%20but%20also%20in%20the%20bowel%20<br>and%20the%20eye.&max_level=0&ontologies=NCIT<br><br>How can I get the json file sent to an actual file, and not dumped to the<br>screen?  I wish to capture the preferred names (for the project I am working<br>on).  <br><br>Thanks<br>Mona<br><br>-----Original Message-----<br>From: bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu<br>[mailto:bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu] On Behalf Of<br>bioontology-support-request@lists.stanford.edu<br>Sent: Tuesday, November 12, 2013 12:08 PM<br>To: bioontology-support@lists.stanford.edu<br>Subject: bioontology-support Digest, Vol 67, Issue 23<br><br>Send bioontology-support mailing list submissions to<br><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>bioontology-support@lists.stanford.edu<br><br>To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">       </span>https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support<br>or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">   </span>bioontology-support-request@lists.stanford.edu<br><br>You can reach the person managing the list at<br><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">   </span>bioontology-support-owner@lists.stanford.edu<br><br>When replying, please edit your Subject line so it is more specific than<br>"Re: Contents of bioontology-support digest..."<br><br><br>Today's Topics:<br><br>   1. Re: Form widget problem (Beck, Tim  (Dr.))<br>   2. Extracting parent child relationships using<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">    </span>the web service<br>      (Mark Gerard)<br><br><br>----------------------------------------------------------------------<br><br>Message: 1<br>Date: Tue, 12 Nov 2013 12:16:09 +0000<br>From: "Beck, Tim  (Dr.)" <tb143@leicester.ac.uk><br>To: Ray Fergerson <ray.fergerson@stanford.edu><br>Cc: "support@bioontology.org" <support@bioontology.org><br>Subject: Re: [bioontology-support] Form widget problem<br>Message-ID: <7365B4E6-7B0B-46C9-948A-67725FE7FFC9@mail.cfs.le.ac.uk><br>Content-Type: text/plain; charset="us-ascii"<br><br>Thanks Ray.<br><br>Regarding the form widget again: I get the same values for both the<br>"a_bioportal_concept_id" and "a_bioportal_full_id" attributes.<br><br>For example, from<br>http://bioportal.bioontology.org/ontologies/MESH/?p=widgets if I type the<br>term "Neoplasms" into the "Example 3" box I get: <br><br><input id="c_bioportal_concept_id" type="hidden"<br>value="http://purl.bioontology.org/ontology/MSH/D009369"><br><input id="c_bioportal_full_id" type="hidden"<br>value="http://purl.bioontology.org/ontology/MSH/D009369"><br><br>However, I would expect the concept id to have a value of "D009369".<br><br>This duplication of values also seems to occur for the other ontologies I'm<br>interested in.<br><br>Is this a fault or have I misunderstood what the concept id relates to?<br><br>Thanks for your help.<br><br>Regards,<br>Tim<br><br><br>On 1 Nov 2013, at 18:57, Ray Fergerson <ray.fergerson@stanford.edu> wrote:<br><br><blockquote type="cite">This appears to be working now.<br><br>Ray<br><br>-----Original Message-----<br>From: bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu<br>[mailto:bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu] On Behalf Of <br>Paul R Alexander<br>Sent: Monday, October 28, 2013 11:15 AM<br>To: Beck, Tim (Dr.)<br>Cc: support@bioontology.org<br>Subject: Re: [bioontology-support] Form widget problem<br><br>Tim,<br><br>This is a (hopefully) temporary problem with HPO. We are reprocessing <br>the ontology today.<br><br>Also, Trish is no longer with NCBO. You can continue to email the <br>support list to get assistance.<br><br>Paul<br><br><br>On Oct 25, 2013, at 4:21 AM, Beck, Tim (Dr.) <tb143@leicester.ac.uk><br>wrote:<br><br><blockquote type="cite">Hi BioPortal team, hi Trish,<br><br>The "Term-selection field on a form" widget works fine for other<br></blockquote>ontologies I'm interested in, however I'm not seeing any terms from <br>the Human Phenotype Ontology when I attempt to list terms from all <br>ontologies<br>(class="bp_form_complete-all-uri") or specifically HPO.<br><blockquote type="cite"><br>Also, the "Form Autocomplete" demo on your website doesn't seem to be<br></blockquote>working: http://bioportal.bioontology.org/ontologies/HP/?p=widgets<br><blockquote type="cite"><br>Is this a temporary problem with HPO?<br><br>Thanks for your help.<br><br>Regards,<br>Tim<br>_______________________________________________<br>bioontology-support mailing list<br>bioontology-support@lists.stanford.edu<br>https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support<br></blockquote><br>_______________________________________________<br>bioontology-support mailing list<br>bioontology-support@lists.stanford.edu<br>https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support<br></blockquote><br><br><br>------------------------------<br><br>Message: 2<br>Date: Tue, 12 Nov 2013 21:49:14 +0300<br>From: Mark Gerard <mark.gerard@clinovo.com><br>To: bioontology-support@lists.stanford.edu<br>Subject: [bioontology-support] Extracting parent child relationships<br><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>using<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">       </span>the web service<br>Message-ID:<br><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">      </span><CALbVH61Jj7BAbUBz5OLEuwXvj5aYM7KD3fB_+iHUMR7iN9Lo6A@mail.gmail.com><br>Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br><br>Hi all -<br><br>I have been trying to get the hierarchical information as displayed on the<br>web interface @"http://bioportal.bioontology.org/" when a term is searched<br>in a given ontology -<br><br>This is what I intend to achieve =><br>https://trac.clinovo.com/clincapture/attachment/ticket/741/howTo.jpg<br><br>Context:<br><br>Given the information returned by the web service, we intend to<br>programmatic-ally build this hierarchy (really, display the fields as shown<br>in the screen shot above) in another system (open source application =><br>clincapture) which is using bio-portal as the end point for medical coding.<br><br>What I have done so for:<br><br>1. I am able to use the old "http://rest.bioontology.org" (I am yet to get<br>acquainted with the new web service) to extract the coded term for a given<br>verbatim term entered by the user in our system<br><br>2. I have tried to work with the view extraction service but it seems to me<br>that it only returns one subclass of the concept (the immediate sub class)<br>- I am looking for the entire hierarchy<br><br>3. I have also tinkered with the RDF term service but it would appear that<br>the generated xml does not have the entire hierarchy - It would seem that<br>the returned xml cannot allow me to walk back to the root element (as<br>depicted on the UX)<br><br>I know I am missing something or have probably not looked somewhere, can<br>anyone give me some leads as to how I can retrieve the information in the<br>tree view (With the hierarchy)? I will really appreciate the help!<br><br>Mark<br><br>--<br>*Mark Gerard*<br> Software Developer<br> *mark.gerard@clinovo.com <sophie.mccallum@clinovo.com>*<br>  *Cell*: (256) 794323934<br> *Tel*: (256) 794323934<br> *www.clinovo.com <http://www.clinovo.com>*<br><br>[image: Clinovo] <http://www.clinovo.com/><br>[image: Facebook] <http://www.facebook.com/clinovo> [image:<br>Linkedin]<http://www.linkedin.com/company/890144?trk=NUS_CMPY_TWIT><br> [image: Twitter] <http://twitter.com/Clinovo><br>  *Confidentiality Notice: Unless expressly stated otherwise, this message<br>is confidential and may be privileged. It is intended for the addressee(s)<br>only. Access to this e-mail by anyone else is unauthorized. If you are not<br>an addressee, please inform the sender immediately.*<br>-------------- next part --------------<br>An HTML attachment was scrubbed...<br>URL:<br><http://mailman.stanford.edu/pipermail/bioontology-support/attachments/20131<br>112/5ebd0659/attachment-0001.html><br><br>------------------------------<br><br>_______________________________________________<br>bioontology-support mailing list<br>bioontology-support@lists.stanford.edu<br>https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support<br><br><br>End of bioontology-support Digest, Vol 67, Issue 23<br>***************************************************<br><br><br><br>------------------------------<br><br>Message: 3<br>Date: Fri, 15 Nov 2013 13:16:52 +0000<br>From: James Malone <malone@ebi.ac.uk><br>To: "support@bioontology.org Support" <support@bioontology.org><br>Subject: [bioontology-support] Bioportal down?<br>Message-ID: <52861EC4.8020901@ebi.ac.uk><br>Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<br><br>Widgets aren't responding and I can't get to any ontology...<br><br>James<br><br>--<br>Blog: http://drjamesmalone.blogspot.co.uk/<br>Twitter: https://twitter.com/jamesmalone<br><br>European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) European Molecular Biology<br>Laboratory Wellcome Trust Genome Campus Hinxton Cambridge CB10 1SD United<br>Kingdom<br>Tel: + 44 (0) 1223 494 676<br><br><br><br>------------------------------<br><br>_______________________________________________<br>bioontology-support mailing list<br>bioontology-support@lists.stanford.edu<br>https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support<br><br><br>End of bioontology-support Digest, Vol 67, Issue 24<br>***************************************************<br><br>_______________________________________________<br>bioontology-support mailing list<br>bioontology-support@lists.stanford.edu<br>https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support<br></blockquote></div><br></div></body></html>