<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40"><head><meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=utf-8"><meta name=Generator content="Microsoft Word 14 (filtered medium)"><!--[if !mso]><style>v\:* {behavior:url(#default#VML);}
o\:* {behavior:url(#default#VML);}
w\:* {behavior:url(#default#VML);}
.shape {behavior:url(#default#VML);}
</style><![endif]--><style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:"Arial Unicode MS";
        panose-1:2 11 6 4 2 2 2 2 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
@font-face
        {font-family:"\@Arial Unicode MS";
        panose-1:2 11 6 4 2 2 2 2 2 4;}
@font-face
        {font-family:inherit;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman","serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
p
        {mso-style-priority:99;
        mso-margin-top-alt:auto;
        margin-right:0in;
        mso-margin-bottom-alt:auto;
        margin-left:0in;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman","serif";}
span.EmailStyle18
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-family:"Calibri","sans-serif";}
@page WordSection1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]--></head><body lang=EN-US link=blue vlink=purple><div class=WordSection1><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Mark,<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>You should use the “tree” call instead. This is the call the UI uses to display the hierarchy. It is tuned to give exactly the necessary information.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><a href="http://data.bioontology.org/documentation#Class">http://data.bioontology.org/documentation#Class</a><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Ray<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><a name="_MailEndCompose"><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></a></p><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu [mailto:bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu] <b>On Behalf Of </b>Mark Gerard<br><b>Sent:</b> Tuesday, November 12, 2013 10:49 AM<br><b>To:</b> bioontology-support@lists.stanford.edu<br><b>Subject:</b> [bioontology-support] Extracting parent child relationships using the web service<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'>Hi all - <o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'>I have been trying to get the hierarchical information as displayed on the web interface @"<a href="http://bioportal.bioontology.org/">http://bioportal.bioontology.org/</a>" when a term is searched in a given ontology - <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>This is what I intend to achieve => <a href="https://trac.clinovo.com/clincapture/attachment/ticket/741/howTo.jpg">https://trac.clinovo.com/clincapture/attachment/ticket/741/howTo.jpg</a><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div><p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'>Context:<o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'>Given the information returned by the web service, we intend to programmatic-ally build this hierarchy (really, display the fields as shown in the screen shot above) in another system (open source application => clincapture) which is using bio-portal as the end point for medical coding.<o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'>What I have done so for:<o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'>1. I am able to use the old "<a href="http://rest.bioontology.org">http://rest.bioontology.org</a>" (I am yet to get acquainted with the new web service) to extract the coded term for a given verbatim term entered by the user in our system<o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'>2. I have tried to work with the view extraction service but it seems to me that it only returns one subclass of the concept (the immediate sub class) - I am looking for the entire hierarchy<o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'>3. I have also tinkered with the RDF term service but it would appear that the generated xml does not have the entire hierarchy - It would seem that the returned xml cannot allow me to walk back to the root element (as depicted on the UX) <o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'>I know I am missing something or have probably not looked somewhere, can anyone give me some leads as to how I can retrieve the information in the tree view (With the hierarchy)? I will really appreciate the help!<o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal>Mark<br clear=all><o:p></o:p></p><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><p class=MsoNormal><br>-- <o:p></o:p></p><div><table class=MsoNormalTable border=0 cellpadding=0 width=580 style='width:435.0pt'><tr><td width=286 valign=top style='width:214.5pt;padding:.75pt .75pt .75pt .75pt'><div><p class=MsoNormal style='line-height:170%'><b><span style='font-size:10.0pt;line-height:170%;font-family:"Arial Unicode MS","sans-serif"'>Mark Gerard</span></b><span style='font-size:10.0pt;line-height:170%;font-family:"Arial Unicode MS","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal style='line-height:170%'><span style='font-size:10.0pt;line-height:170%;font-family:"Arial Unicode MS","sans-serif"'>Software Developer<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal style='line-height:170%'><b><span style='font-size:10.0pt;line-height:170%;font-family:"Arial Unicode MS","sans-serif"'><a href="mailto:sophie.mccallum@clinovo.com" target="_blank"><span style='color:#893BC9'>mark.gerard@clinovo.com</span></a></span></b><span style='font-size:10.0pt;line-height:170%;font-family:"Arial Unicode MS","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div></td><td width=152 valign=top style='width:114.0pt;padding:.75pt .75pt .75pt .75pt'><div><p class=MsoNormal style='line-height:170%'><b><span style='font-size:10.0pt;line-height:170%;font-family:"Arial Unicode MS","sans-serif"'>Cell</span></b><span style='font-size:10.0pt;line-height:170%;font-family:"Arial Unicode MS","sans-serif"'>: <span style='color:#1155CC'>(256) 794323934</span><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal style='line-height:170%'><b><span style='font-size:10.0pt;line-height:170%;font-family:"Arial Unicode MS","sans-serif"'>Tel</span></b><span style='font-size:10.0pt;line-height:170%;font-family:"Arial Unicode MS","sans-serif"'>: </span><span style='font-size:10.0pt;line-height:170%;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1155CC'>(256) 794323934</span><span style='font-size:10.0pt;line-height:170%;font-family:"Arial Unicode MS","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal style='line-height:170%'><b><span style='font-size:10.0pt;line-height:170%;font-family:"Arial Unicode MS","sans-serif"'><a href="http://www.clinovo.com" target="_blank"><span style='color:#893BC9'>www.clinovo.com</span></a></span></b><span style='font-size:10.0pt;line-height:170%;font-family:"Arial Unicode MS","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div></td><td width=146 style='width:109.5pt;padding:.75pt .75pt .75pt .75pt'><p style='line-height:170%'><a href="http://www.clinovo.com/" target="_blank"><span style='font-size:10.5pt;line-height:170%;font-family:inherit;color:black;border:none windowtext 1.0pt;padding:0in;text-decoration:none'><img border=0 width=96 height=30 id="_x0000_i1025" src="cid:image001.jpg@01CEE611.60914A10" alt="Image removed by sender. Clinovo"></span></a><br><a href="http://www.facebook.com/clinovo" target="_blank"><span style='font-size:10.5pt;line-height:170%;border:solid windowtext 1.0pt;padding:0in;text-decoration:none'><img border=0 width=20 height=20 id="_x0000_i1026" src="cid:image002.jpg@01CEE611.60914A10" alt="Image removed by sender. Facebook"></span></a><a href="http://www.linkedin.com/company/890144?trk=NUS_CMPY_TWIT" target="_blank"><span style='font-size:10.5pt;line-height:170%;font-family:inherit;border:none windowtext 1.0pt;padding:0in;text-decoration:none'><img border=0 width=20 height=20 id="_x0000_i1027" src="cid:image002.jpg@01CEE611.60914A10" alt="Image removed by sender. Linkedin"></span></a><span style='font-size:10.5pt;line-height:170%'> </span><a href="http://twitter.com/Clinovo" target="_blank"><span style='font-size:10.5pt;line-height:170%;border:solid windowtext 1.0pt;padding:0in;text-decoration:none'><img border=0 width=20 height=20 id="_x0000_i1028" src="cid:image002.jpg@01CEE611.60914A10" alt="Image removed by sender. Twitter"></span></a><o:p></o:p></p></td></tr></table><p class=MsoNormal><i><span style='font-size:7.5pt;font-family:"Arial Unicode MS","sans-serif"'>Confidentiality Notice: Unless expressly stated otherwise, this message is confidential and may be privileged. It is intended for the addressee(s) only. Access to this e-mail by anyone else is unauthorized. If you are not an addressee, please inform the sender immediately.</span></i><o:p></o:p></p></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></body></html>