<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=windows-1252"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">Hi Clement,<div><br></div><div>I think some of your points here come from incomplete documentation that we need to fix. Thanks for pointing these out.</div><div><br></div><div>There are a couple of questions that need investigation, the ones with tickets created. I will respond to them once we learn what the solution is.</div><div><br></div><div><div>Find answers inlined below.</div></div><div><br></div><div>Manuel</div><div><br></div><div><br><div><div>On Nov 18, 2013, at 12:18 AM, Clement Jonquet <<a href="mailto:jonquet@lirmm.fr">jonquet@lirmm.fr</a>> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div lang="FR" link="#0563C1" vlink="#954F72" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;"><div class="WordSection1" style="page: WordSection1;"><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">Hi all,<o:p></o:p></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><o:p> </o:p></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><span lang="EN-US">Will the old NCBO Annotator parameters :<o:p></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><b>longestOnly</b></div></div></div></blockquote><div><br></div><div>This parameter was removed due to inability to perform longestOnly on a set of ontologies. mgrep does longest work across the entire dictionary.</div><br><blockquote type="cite"><div lang="FR" link="#0563C1" vlink="#954F72" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;"><div class="WordSection1" style="page: WordSection1;"><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><b><o:p></o:p></b></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><b>wholeWordOnly</b></div></div></div></blockquote><div><br></div><div>We do not have this flag at the moment and I am not sure of what the expected behavior is here. I have created a ticket to investigate this.</div><div><br></div><blockquote type="cite"><div lang="FR" link="#0563C1" vlink="#954F72" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;"><div class="WordSection1" style="page: WordSection1;"><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><b><o:p></o:p></b></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><b>filterNumber</b></div></div></div></blockquote><div><br></div><div>became exclude_numbers</div><div><br></div><blockquote type="cite"><div lang="FR" link="#0563C1" vlink="#954F72" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;"><div class="WordSection1" style="page: WordSection1;"><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><b><o:p></o:p></b></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><b>minTermSize</b></div></div></div></blockquote><div><br></div>became minimum_match_length</div><div><br><blockquote type="cite"><div lang="FR" link="#0563C1" vlink="#954F72" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;"><div class="WordSection1" style="page: WordSection1;"><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><b><o:p></o:p></b></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><b><span lang="EN-US">withSynonyms</span></b></div></div></div></blockquote><div><br></div><div>By default include synonyms but I believe we do not have a flag to disable this at the moment. I have created a ticket to address this issue.</div><div><br></div><div><br></div><blockquote type="cite"><div lang="FR" link="#0563C1" vlink="#954F72" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;"><div class="WordSection1" style="page: WordSection1;"><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><b><span lang="EN-US"><o:p></o:p></span></b></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><span lang="EN-US">come back sometime in the new implementation of the Annotator ?<o:p></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><span lang="EN-US"> </span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><span lang="EN-US">Also, what happen to the  <b>Scored<span class="Apple-converted-space"> </span></b>parameter, and more important, is there any more scoring ?</span></div></div></div></blockquote><div><br></div><div>The scoring was removed. I all ask Ray to comment on this.</div><br><blockquote type="cite"><div lang="FR" link="#0563C1" vlink="#954F72" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;"><div class="WordSection1" style="page: WordSection1;"><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><span lang="EN-US"><o:p></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><span lang="EN-US">This was quite important to distinguish annotations one another and to aggregate them all.<o:p></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><b><span lang="EN-US"> </span></b></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><span lang="EN-US">Also, is the meaning of the new ‘</span><span lang="EN-US">ontologies’ parameter<o:p></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><b><span lang="EN-US">ontologiesToExpand<span class="Apple-converted-space"> </span></span></b><span lang="EN-US">or  <b>ontologiesToKeepInResult ?</b></span></div></div></div></blockquote><div><br></div><div>The ontologies param aligns with the old ontologiesToKeepInResult. To expand one needs to use the class endpoints.</div><br><blockquote type="cite"><div lang="FR" link="#0563C1" vlink="#954F72" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;"><div class="WordSection1" style="page: WordSection1;"><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><span lang="EN-US"><b><o:p></o:p></b></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><span lang="EN-US">i.e., are you using all the ontologies to expand with mappings and then keep only the results in the ‘ontologies’ parameter ? (remember the “treatment” & “therapeutic procedure” example.<o:p></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><span lang="EN-US"> </span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><span lang="EN-US">Bye<o:p></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><span lang="EN-US">Clement<o:p></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><span lang="EN-US"> </span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><o:p> </o:p></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><span lang="EN-US">----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<o:p></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><span lang="EN-US">Dr.<span class="Apple-converted-space"> </span><b>Clement JONQUET</b>  - <span class="Apple-converted-space"> </span><i>PhD in Informatics  -  Assistant Professor<o:p></o:p></i></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><i><span lang="EN-US">PI of the<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="http://www.lirmm.fr/sifr/" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;"><span style="color: blue;">SIFR project</span></a>: Semantic Indexing of French Biomedical Data Resources (ANR, UM2, CNRS)</span></i><span lang="EN-US"><o:p></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><span lang="EN-US"> </span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><span lang="EN-US"><a href="mailto:jonquet@lirmm.fr" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;"><span style="color: blue;">jonquet@lirmm.fr</span></a><o:p></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><span lang="EN-US"><a href="http://www.lirmm.fr/~jonquet" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;"><span style="color: blue;">http://www.lirmm.fr/~jonquet</span></a><o:p></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><span lang="EN-US"> </span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><span lang="EN-US">               <span class="Apple-converted-space"> </span><b>University of Montpellier</b>                          Tel:                      +33/4 67 14 97 43<b><o:p></o:p></b></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><span lang="EN-US">                LIRMM                                                            Fax:                     +33/4 67  41 85 00          <o:p></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><span lang="EN-US">                161 rue Ada                                                   Skype:                 clementpro<br>                34095 Montpellier Cdx 5                            Twitter:              <span class="Apple-converted-space"> </span><a href="http://twitter.com/jonquet_lirmm" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;"><span style="color: blue;">@jonquet_lirmm</span></a><o:p></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><span lang="EN-US">                France                                                            Google:              <span class="Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:jonquet.lirmm@gmail.com" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;"><span style="color: blue;">jonquet.lirmm@gmail.com</span></a><o:p></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><span lang="EN-US">----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<o:p></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><span><table cellpadding="0" cellspacing="0" align="left"><tbody><tr><td width="19" height="102"></td></tr><tr><td></td><td><span><image001.png></span></td></tr></tbody></table></span><span lang="EN-US"> </span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><span> </span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><o:p> </o:p></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><span lang="EN-US"> </span></div></div>_______________________________________________<br>bioontology-support mailing list<br><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br><a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a></div></blockquote></div><br></div></body></html>