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tyle='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div></div></blockquote><div><p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span lang=EN-US>We do not have this flag at the moment and I am not sure of what the expected behavior is here. I have created a </span>ticket to investigate this.<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:Wingdings;color:#70AD47'></span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#70AD47'> <span lang=EN-US>Not documented at : <a href="http://data.bioontology.org/documentation#nav_annotator"><span style='color:#70AD47'>http://data.bioontology.org/documentation#nav_annotator</span></a> <o:p></o:p></span></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p></div><blockquote style='margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt'><div><div><p class=MsoNormal><b><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>filterNumber</span></b><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div></div></blockquote><div><p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal>became exclude_numbers<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:Wingdings;color:#70AD47'></span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#70AD47'> <span lang=EN-US>Not documented at : <a href="http://data.bioontology.org/documentation#nav_annotator"><span style='color:#70AD47'>http://data.bioontology.org/documentation#nav_annotator</span></a> <o:p></o:p></span></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p></div><blockquote style='margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt'><div><div><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>minTermSize</span></b><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div></div></blockquote><div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div><p class=MsoNormal>became minimum_match_length<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:Wingdings;color:#70AD47'></span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#70AD47'> <span lang=EN-US>Yep, sorry I forgot to remove this one when wrote the email ;)<o:p></o:p></span></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><blockquote style='margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt'><div><div><p class=MsoNormal><b><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>withSynonyms</span></b><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div></div></blockquote><div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>By default include synonyms but I believe we do not have a flag to disable this at the moment. I have created a ticket to address this issue.<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:Wingdings;color:#70AD47'></span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#70AD47'> <span lang=EN-US>Ok, thanks Could be useful maybe. <o:p></o:p></span></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p></div><blockquote style='margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt'><div><div><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>come back sometime in the new implementation of the Annotator ?</span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> </span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>Also, what happen to the  <b>Scored<span class=apple-converted-space> </span></b>parameter, and more important, is there any more scoring ?</span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div></div></blockquote><div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>The scoring was removed. I all ask Ray to comment on this.<o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal><br><span style='font-size:11.0pt;font-family:Wingdings;color:#70AD47'></span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#70AD47'> <span lang=EN-US>Ok. If you can provide more information about this then I am interested. By the way, I a am working with Juan a student of mine using an NLP measure that I am thinking about using to enhance scoring (based on the term embedded in longer terms and frequency). I can discuss this off list you you like.<o:p></o:p></span></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p> </o:p></span></p><blockquote style='margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt'><div><div><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>This was quite important to distinguish annotations one another and to aggregate them all.</span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><b><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> </span></b><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>Also, is the meaning of the new ‘ontologies’ parameter</span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><b><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>ontologiesToExpand<span class=apple-converted-space> </span></span></b><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>or  <b>ontologiesToKeepInResult ?</b></span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div></div></blockquote><div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>The ontologies param aligns with the old ontologiesToKeepInResult. To expand one needs to use the class endpoints.<o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#70AD47'>I don’t understand the second part of the response, could you elaborate a bit more ? <o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-US><br><br><o:p></o:p></span></p><blockquote style='margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt'><div><div><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>i.e., are you using all the ontologies to expand with mappings and then keep only the results in the ‘ontologies’ parameter ? (remember the “treatment” & “therapeutic procedure” example.</span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> </span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>Bye</span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>Clement</span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> </span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> <o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------</span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>Dr.<span class=apple-converted-space> </span><b>Clement JONQUET</b>  - <span class=apple-converted-space> </span><i>PhD in Informatics  -  Assistant Professor</i></span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><i><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>PI of the<span class=apple-converted-space> </span><a href="http://www.lirmm.fr/sifr/">SIFR project</a>: Semantic Indexing of French Biomedical Data Resources (ANR, UM2, CNRS)</span></i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> </span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><a href="mailto:jonquet@lirmm.fr">jonquet@lirmm.fr</a></span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><a href="http://www.lirmm.fr/~jonquet">http://www.lirmm.fr/~jonquet</a></span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> </span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>               <span class=apple-converted-space> </span><b>University of Montpellier</b>                          Tel:                      +33/4 67 14 97 43</span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>                LIRMM                                                            Fax:                     +33/4 67  41 85 00          </span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>                161 rue Ada                                                   Skype:                 clementpro<br>                34095 Montpellier Cdx 5                            Twitter:              <span class=apple-converted-space> </span><a href="http://twitter.com/jonquet_lirmm">@jonquet_lirmm</a></span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>                France                                                            Google:              <span class=apple-converted-space> </span><a href="mailto:jonquet.lirmm@gmail.com">jonquet.lirmm@gmail.com</a></span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------</span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><table class=MsoNormalTable border=0 cellspacing=0 cellpadding=0 align=left><tr style='height:76.5pt'><td width=19 style='width:14.25pt;padding:0cm 0cm 0cm 0cm;height:76.5pt'></td></tr><tr><td style='padding:0cm 0cm 0cm 0cm'></td><td style='padding:0cm 0cm 0cm 0cm'><p class=MsoNormal style='mso-element:frame;mso-element-frame-hspace:2.25pt;mso-element-wrap:around;mso-element-anchor-vertical:paragraph;mso-element-anchor-horizontal:column;mso-height-rule:exactly'><image001.png><o:p></o:p></p></td></tr></table><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> </span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> <o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> <o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> </span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><p class=MsoNormal><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif"'>_______________________________________________<br>bioontology-support mailing list<br><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu"><span style='color:#954F72'>bioontology-support@lists.stanford.edu</span></a><br><a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support"><span style='color:#954F72'>https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</span></a><o:p></o:p></span></p></div></blockquote></div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div></div></body></html>