<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=windows-1252"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">Hi Clement,<div><br></div><div>Missing documentation will be out in the next release.</div><div><br></div><div><div>See other comments below …</div><div><br></div><div>Manuel</div><div><br><div><div>On Nov 26, 2013, at 4:54 AM, Clement Jonquet <<a href="mailto:jonquet@lirmm.fr">jonquet@lirmm.fr</a>> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div lang="FR" link="blue" vlink="purple" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;"><div class="WordSection1" style="page: WordSection1;"><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);">Hi Manuel,<o:p></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);">Thanks for your responses.<o:p></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);">See some remarks in green.<o:p></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);"> </span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);">Clement<o:p></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);"> </span></div><div><div style="border-style: solid none none; border-top-color: rgb(225, 225, 225); border-top-width: 1pt; padding: 3pt 0cm 0cm;"><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><b><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">De :</span></b><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><span class="Apple-converted-space"> </span>manuelso [<a href="mailto:manuelso@stanford.edu" style="color: purple; text-decoration: underline;">mailto:manuelso@stanford.edu</a>]<span class="Apple-converted-space"> </span><br><b>Envoyé :</b><span class="Apple-converted-space"> </span>jeudi 21 novembre 2013 18:22<br><b>À :</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Clement Jonquet<br><b>Cc :</b><span class="Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:support@bioontology.org" style="color: purple; text-decoration: underline;">support@bioontology.org</a><span class="Apple-converted-space"> </span>Support<br><b>Objet :</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Re: [bioontology-support] Old NCBO Annotators parameters ?<o:p></o:p></span></div></div></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><o:p> </o:p></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">Hi Clement,<o:p></o:p></div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><o:p> </o:p></div></div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">I think some of your points here come from incomplete documentation that we need to fix. Thanks for pointing these out.<o:p></o:p></div></div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><o:p> </o:p></div></div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">There are a couple of questions that need investigation, the ones with tickets created. I will respond to them once we learn what the solution is.<o:p></o:p></div></div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><o:p> </o:p></div></div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">Find answers inlined below.<o:p></o:p></div></div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><o:p> </o:p></div></div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">Manuel<o:p></o:p></div></div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><o:p> </o:p></div></div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><o:p> </o:p></div><div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">On Nov 18, 2013, at 12:18 AM, Clement Jonquet <<a href="mailto:jonquet@lirmm.fr" style="color: purple; text-decoration: underline;">jonquet@lirmm.fr</a>> wrote:<o:p></o:p></div></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><br><br><o:p></o:p></div><blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;"><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">Hi all,<o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"> <o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">Will the old NCBO Annotator parameters :</span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><b><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">longestOnly</span></b><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><o:p></o:p></span></div></div></blockquote><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><o:p> </o:p></div></div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">This parameter was removed due to inability to perform longestOnly on a set of ontologies. mgrep does longest work across the entire dictionary.<o:p></o:p></div></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span lang="EN-US"><br></span><span lang="EN-US" style="font-family: Wingdings; color: rgb(112, 173, 71);">è</span><span lang="EN-US" style="color: rgb(112, 173, 71);"><span class="Apple-converted-space"> </span>Can you take the occasion of the new release to have “one mgrep per ontology” as it was discussed a few years ago ?<span class="Apple-converted-space"> </span></span></div></div></div></div></div></blockquote><div><br></div><div>I will mention this to the team and push it as a feature request. I have created a ticket for it.</div><br><blockquote type="cite"><div lang="FR" link="blue" vlink="purple" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;"><div class="WordSection1" style="page: WordSection1;"><div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(112, 173, 71);">Mgrep is intentionally designed to be run with several daemons in parallel (see doc).<o:p></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(112, 173, 71);">This feature is quite missing for anyone who want to reduce the number of annotation returned by a picece of text.<o:p></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(112, 173, 71);">(We have e.g., someone at LIRMM (Sandra) who is interested in matching the longest term only).<o:p></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);"><o:p></o:p></span></div><blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;"><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><b><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">wholeWordOnly</span></b><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><o:p></o:p></span></div></blockquote><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span lang="EN-US"> </span></div></div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span lang="EN-US">We do not have this flag at the moment and I am not sure of what the expected behavior is here. I have created a</span>ticket to investigate this.<o:p></o:p></div></div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="color: rgb(31, 73, 125);"> </span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-size: 11pt; font-family: Wingdings; color: rgb(112, 173, 71);">è</span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(112, 173, 71);"><span class="Apple-converted-space"> </span><span lang="EN-US">Not documented at :<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="http://data.bioontology.org/documentation#nav_annotator" style="color: purple; text-decoration: underline;"><span style="color: rgb(112, 173, 71);">http://data.bioontology.org/documentation#nav_annotator</span></a><o:p></o:p></span></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);"> </span></div></div><blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;"><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><b><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">filterNumber</span></b><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><o:p></o:p></span></div></blockquote><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span lang="EN-US"> </span></div></div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">became exclude_numbers<o:p></o:p></div></div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="color: rgb(31, 73, 125);"> </span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-size: 11pt; font-family: Wingdings; color: rgb(112, 173, 71);">è</span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(112, 173, 71);"><span class="Apple-converted-space"> </span><span lang="EN-US">Not documented at :<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="http://data.bioontology.org/documentation#nav_annotator" style="color: purple; text-decoration: underline;"><span style="color: rgb(112, 173, 71);">http://data.bioontology.org/documentation#nav_annotator</span></a><o:p></o:p></span></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);"> </span></div></div><blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;"><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><b><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">minTermSize</span></b><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><o:p></o:p></span></div></blockquote><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><o:p> </o:p></div></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">became minimum_match_length<o:p></o:p></div></div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="color: rgb(31, 73, 125);"> </span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-size: 11pt; font-family: Wingdings; color: rgb(112, 173, 71);">è</span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(112, 173, 71);"><span class="Apple-converted-space"> </span><span lang="EN-US">Yep, sorry I forgot to remove this one when wrote the email ;)<o:p></o:p></span></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);"> </span></div><blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;"><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><b><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">withSynonyms</span></b><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><o:p></o:p></span></div></blockquote><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><o:p> </o:p></div></div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">By default include synonyms but I believe we do not have a flag to disable this at the moment. I have created a ticket to address this issue.<o:p></o:p></div></div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><o:p> </o:p></div></div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-size: 11pt; font-family: Wingdings; color: rgb(112, 173, 71);">è</span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(112, 173, 71);"><span class="Apple-converted-space"> </span><span lang="EN-US">Ok, thanks Could be useful maybe.<o:p></o:p></span></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span lang="EN-US"> </span></div></div><blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;"><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">come back sometime in the new implementation of the Annotator ?</span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"> </span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">Also, what happen to the  <b>Scored<span class="apple-converted-space"> </span></b>parameter, and more important, is there any more scoring ?</span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><o:p></o:p></span></div></div></blockquote><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><o:p> </o:p></div></div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">The scoring was removed. I all ask Ray to comment on this.<o:p></o:p></div></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><br><span style="font-size: 11pt; font-family: Wingdings; color: rgb(112, 173, 71);">è</span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(112, 173, 71);"><span class="Apple-converted-space"> </span><span lang="EN-US">Ok. If you can provide more information about this then I am interested. By the way, I a am working with Juan a student of mine using an NLP measure that I am thinking about using to enhance scoring (based on the term embedded in longer terms and frequency). I can discuss this off list you you like.</span></span></div></div></div></div></div></blockquote><div><br></div><div>Sure. Contact me any time.</div><br><blockquote type="cite"><div lang="FR" link="blue" vlink="purple" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;"><div class="WordSection1" style="page: WordSection1;"><div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(112, 173, 71);"><span lang="EN-US"><o:p></o:p></span></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span lang="EN-US"> </span></div><blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;"><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">This was quite important to distinguish annotations one another and to aggregate them all.</span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><b><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"> </span></b><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">Also, is the meaning of the new ‘ontologies’ parameter</span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><b><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">ontologiesToExpand<span class="apple-converted-space"> </span></span></b><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">or  <b>ontologiesToKeepInResult ?</b></span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><o:p></o:p></span></div></div></blockquote><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><o:p> </o:p></div></div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">The ontologies param aligns with the old ontologiesToKeepInResult. To expand one needs to use the class endpoints.<o:p></o:p></div></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="color: rgb(31, 73, 125);"> </span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(112, 173, 71);">I don’t understand the second part of the response, could you elaborate a bit more ?</span></div></div></div></div></div></blockquote><div><br></div><div>Sorry my answer was cryptic indeed. I meant that to expand a term with mappings one needs to use the mapping REST services.</div><br><blockquote type="cite"><div lang="FR" link="blue" vlink="purple" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;"><div class="WordSection1" style="page: WordSection1;"><div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(112, 173, 71);"><o:p></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span lang="EN-US"><br><br><o:p></o:p></span></div><blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;"><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">i.e., are you using all the ontologies to expand with mappings and then keep only the results in the ‘ontologies’ parameter ? (remember the “treatment” & “therapeutic procedure” example.</span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"> </span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">Bye</span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">Clement</span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"> </span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"> <o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------</span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">Dr.<span class="apple-converted-space"> </span><b>Clement JONQUET</b>  - <span class="apple-converted-space"> </span><i>PhD in Informatics  -  Assistant Professor</i></span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><i><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">PI of the<span class="apple-converted-space"> </span><a href="http://www.lirmm.fr/sifr/" style="color: purple; text-decoration: underline;">SIFR project</a>: Semantic Indexing of French Biomedical Data Resources (ANR, UM2, CNRS)</span></i><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"> </span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><a href="mailto:jonquet@lirmm.fr" style="color: purple; text-decoration: underline;">jonquet@lirmm.fr</a></span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><a href="http://www.lirmm.fr/~jonquet" style="color: purple; text-decoration: underline;">http://www.lirmm.fr/~jonquet</a></span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"> </span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">               <span class="apple-converted-space"> </span><b>University of Montpellier</b>                          Tel:                      +33/4 67 14 97 43</span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">                LIRMM                                                            Fax:                     +33/4 67  41 85 00          </span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">                161 rue Ada                                                   Skype:                 clementpro<br>                34095 Montpellier Cdx 5                            Twitter:              <span class="apple-converted-space"> </span><a href="http://twitter.com/jonquet_lirmm" style="color: purple; text-decoration: underline;">@jonquet_lirmm</a></span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">                France                                                            Google:              <span class="apple-converted-space"> </span><a href="mailto:jonquet.lirmm@gmail.com" style="color: purple; text-decoration: underline;">jonquet.lirmm@gmail.com</a></span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------</span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><o:p></o:p></span></div></div><div><table class="MsoNormalTable" border="0" cellspacing="0" cellpadding="0" align="left"><tbody><tr style="height: 76.5pt;"><td width="19" style="width: 14.25pt; padding: 0cm; height: 76.5pt;"></td></tr><tr><td style="padding: 0cm;"></td><td style="padding: 0cm;"><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><image001.png><o:p></o:p></div></td></tr></tbody></table><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"> </span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"> <o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"> <o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"> </span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><o:p></o:p></span></div></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif;">_______________________________________________<br>bioontology-support mailing list<br><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" style="color: purple; text-decoration: underline;"><span style="color: rgb(149, 79, 114);">bioontology-support@lists.stanford.edu</span></a><br><a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" style="color: purple; text-decoration: underline;"><span style="color: rgb(149, 79, 114);">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</span></a><o:p></o:p></span></div></blockquote></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><o:p> </o:p></div></div></div></div></blockquote></div><br></div></div></body></html>