<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=windows-1252"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;"><div>Ill let Ray handle the question about the score because Im not entirely sure what the plans are there.</div><div><br></div>We are working on ways to make more of the class information available when annotating without suffering performance degradation. Hopefully this will make it into a release early in 2014.<div><br></div><div>Paul</div><div><br></div><div><br><div><div>On Dec 19, 2013, at 3:06 AM, Eamonn Maguire <<a href="mailto:eamonnmag@gmail.com">eamonnmag@gmail.com</a>> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=windows-1252"><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;"><div>Some notes on the annotator api:</div><div><br></div><div>Score is missing from results now. SYN (synonym) and PREF (preferred) is the only thing available. Is score now gone from your comparison or are you just not showing it?</div><div><br></div><div>'prefLabel' would be useful in the annotated class information otherwise no way of knowing the actual ontology term that can be used for annotation without additional queries. I have to do an additional query for each result Item just to find out its string representation.</div><div><br></div><div>Thanks as always,</div><div><br></div><div>Eamonn</div>
<br><div><div>On 19 Dec 2013, at 09:28, Eamonn Maguire <<a href="mailto:eamonnmag@gmail.com">eamonnmag@gmail.com</a>> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=windows-1252"><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">Great, thanks Paul.<div><br></div><div><blockquote type="cite">1. Im assuming here that you mean the links and context still appear. You can turn these off by adding &no_links=true&no_context=true. We didnt document these options because we werent sure if people would need them, but it does help in slimming down large responses quite a bit.<br></blockquote>
<div><br></div>This is great. The one thing wed need that appears in the links section is the Ontology the term comes from. Would it be possible for you to move this to a higher level so that the whole links section can be skipped if were just doing a term search?</div><div><br></div><div>Im working on the ontology tree traversal code now so Ill probably have more questions by the end of the day. </div><div><br></div><div>Thanks,</div><div><br></div><div>Eamonn</div><div><br></div><div><br><div><div>On 18 Dec 2013, at 18:03, Paul R Alexander <<a href="mailto:palexander@stanford.edu">palexander@stanford.edu</a>> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=windows-1252"><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;"><div>I think we could examine raising the page size limit. We would need some time to evaluate the ramifications, though. Ive added an issue for us to look into this.</div><div><br></div><div>The paging is not done by slicing the results, at least not in code. Its done at the database level, so the underlying system there may do some optimizations when subsequent requests that differ only in the offset are made. We could examine doing something like you suggest with pre-fetching subsequent pages.</div><div><br></div><div>Paul</div><div><br></div><br><div><div>On Dec 17, 2013, at 2:56 PM, Eamonn Maguire <<a href="mailto:eamonnmag@gmail.com">eamonnmag@gmail.com</a>> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div lang="EN-US" link="blue" vlink="purple" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;"><div><div style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">Well the problem is the speed (500 take a long time to load) and not being able to make it completely parallel since I'll need the first call to know how many pages to retrieve.<span class="Apple-converted-space"> </span><br><br>Also, how are you implementing the paging? Are you doing the query each time then slicing the results according to the page size and requested page number (to create an offset)? Or are results cached in some way to enable pre-emptive speed ups of subsequent calls?<span class="Apple-converted-space"> </span><br><br>In summary, one call would be better for us, especially if implementation is as I described in the former.</div></div><div dir="ltr"><hr><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; font-weight: bold;">From:<span class="Apple-converted-space"> </span></span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><a href="mailto:ray.fergerson@stanford.edu" style="color: purple; text-decoration: underline;">Ray Fergerson</a></span><br><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; font-weight: bold;">Sent:<span class="Apple-converted-space"> </span></span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">17/12/2013 22:46</span><br><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; font-weight: bold;">To:<span class="Apple-converted-space"> </span></span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><a href="mailto:eamonnmag@gmail.com" style="color: purple; text-decoration: underline;">Eamonn Maguire</a></span><br><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; font-weight: bold;">Cc:<span class="Apple-converted-space"> </span></span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;"><a href="mailto:support@bioontology.org" style="color: purple; text-decoration: underline;">support@bioontology.org</a>;<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:isatools@googlegroups.com" style="color: purple; text-decoration: underline;">ISA Team</a></span><br><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; font-weight: bold;">Subject:<span class="Apple-converted-space"> </span></span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">RE: [bioontology-support] Please don't change current REST services</span><br><br></div><div class="WordSection1" style="page: WordSection1;"><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);">Eamonn,</span></div><p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);"> </span></p><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);">You can just ask for the next page. If you have 1000 items and the page size is 500 this is just one extra call. Which call specifically is giving you problems?</span></div><p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);"> </span></p><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);">The way to specify pages is at the top of the documentation at:</span></div><p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);"> </span></p><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);"><a href="http://data.bioontology.org/documentation" style="color: purple; text-decoration: underline;">http://data.bioontology.org/documentation</a></span></div><p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);"> </span></p><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);">Ray</span></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><a name="_MailEndCompose"><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);"> </span></a></div><div><div style="border-style: solid none none; border-top-color: rgb(181, 196, 223); border-top-width: 1pt; padding: 3pt 0in 0in;"><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><b><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif;">From:</span></b><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif;"><span class="Apple-converted-space"> </span>Eamonn Maguire [mailto:<a href="mailto:eamonnmag@gmail.com" style="color: purple; text-decoration: underline;">eamonnmag@gmail.com</a>]<span class="Apple-converted-space"> </span><br><b>Sent:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Tuesday, December 17, 2013 8:31 AM<br><b>To:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Ray Fergerson<br><b>Cc:</b><span class="Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:support@bioontology.org" style="color: purple; text-decoration: underline;">support@bioontology.org</a>; ISA Team<br><b>Subject:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Re: [bioontology-support] Please don't change current REST services</span></div></div></div><p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"> </p><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">Hi Ray,</div><div><p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"> </p></div><div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">We're working on porting all our code over to the new version of bioportal (I can refer you to the Java code if youd like it for other users so they dont have to do it themselves).</div></div><div><p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"> </p></div><div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">I have a question. I may have a few more by the time I finish. One is to do with paging. How do I remove paging. There is a limit to the calls of 500 items per page. However, I have some examples, e.g. dose where the number of results is quite large, nearing 1000. Is there a way of skipping the paging altogether?</div></div><div><p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"> </p></div><div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">Thanks,</div></div><div><p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"> </p></div><div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">Eamonn</div><div><p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"> </p></div><div><div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">On 7 Nov 2013, at 00:10, Ray Fergerson <<a href="mailto:ray.fergerson@stanford.edu" style="color: purple; text-decoration: underline;">ray.fergerson@stanford.edu</a>> wrote:</div></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><br><br></div><div><div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);">Eamonn,</span></div></div><div><p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);"> </span></p></div><div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);">Sorry for the delay in getting back to you. The idea here would be to group all of the preferred name lookups into a single call and retrieve them all at once using the batch call. Please see the documentation for how to do this. </span></div></div><div><p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);"> </span></p></div><div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><a href="http://data.bioontology.org/documentation#nav_batch" style="color: purple; text-decoration: underline;"><span style="color: purple;">http://data.bioontology.org/documentation#nav_batch</span></a></div></div><div><p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"> </p></div><div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);">We may (probably will) later have a scheme for specifying which properties of a class you want to retrieve on all calls. This feature only exists on certain calls at the moment, including the batch call.</span></div></div><div><p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);"> </span></p></div><div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);">Ray</span></div></div><div><p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);"> </span></p></div><div style="margin-left: 0.5in;"><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><b><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif;">From:</span></b><span class="apple-converted-space"><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif;"> </span></span><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif;"><a href="mailto:bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu" style="color: purple; text-decoration: underline;"><span style="color: purple;">bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu</span></a><span class="apple-converted-space"> </span>[<a href="mailto:bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu" style="color: purple; text-decoration: underline;"><span style="color: purple;">mailto:bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu</span></a>]<span class="apple-converted-space"> </span><b>On Behalf Of<span class="apple-converted-space"> </span></b>Eamonn Maguire<br><b>Sent:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Friday, October 25, 2013 4:28 AM<br><b>To:</b><span class="apple-converted-space"> </span><a href="mailto:support@bioontology.org" style="color: purple; text-decoration: underline;"><span style="color: purple;">support@bioontology.org</span></a><span class="apple-converted-space"> </span>Support<br><b>Cc:</b><span class="apple-converted-space"> </span><a href="mailto:isatools@googlegroups.com" style="color: purple; text-decoration: underline;"><span style="color: purple;">isatools@googlegroups.com</span></a><br><b>Subject:</b><span class="apple-converted-space"> </span>[bioontology-support] Please don't change current REST services</span></div></div><div style="margin-left: 0.5in;"><p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"> </p></div><div><div style="margin-left: 0.5in;"><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-family: Verdana, sans-serif;">Hi all,</span></div></div></div><div><div style="margin-left: 0.5in;"><p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"> </p></div></div><div><div style="margin-left: 0.5in;"><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-family: Verdana, sans-serif;">First of all, we use bioportal REST services across numerous tools, including OntoMaton and ISAcreator, ISAconfigurator etc. This move to the SPARQL results really messes things up for whilst providing an extra number of calls to get the same information we get with one call at present. For example:</span></div></div></div><div><div style="margin-left: 0.5in;"><p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"> </p></div></div><div><div style="margin-left: 0.5in;"><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-family: Verdana, sans-serif;">This call to search on<span class="apple-converted-space"> </span><b>melanoma</b><span class="apple-converted-space"> </span>gives me this.</span></div></div></div><div><div style="margin-left: 0.5in;"><p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"> </p></div></div><div><div style="margin-left: 0.5in;"><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">{</span></div></div><div style="margin-left: 60pt;"><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-size: 10pt; font-family: Symbol;"></span><span style="font-size: 7pt;">        <span class="apple-converted-space"> </span></span><span class="q"><b><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">"</span></b></span><span class="prop"><b><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">page</span></b></span><span class="q"><b><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">"</span></b></span><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">:<span class="apple-converted-space"> </span><span class="num"><span style="color: blue;">1</span></span>,</span></div></div><div style="margin-left: 60pt;"><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-size: 10pt; font-family: Symbol;"></span><span style="font-size: 7pt;">        <span class="apple-converted-space"> </span></span><span class="q"><b><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">"</span></b></span><span class="prop"><b><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">pageCount</span></b></span><span class="q"><b><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">"</span></b></span><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">:<span class="apple-converted-space"> </span><span class="num"><span style="color: blue;">45</span></span>,</span></div></div><div style="margin-left: 60pt;"><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-size: 10pt; font-family: Symbol;"></span><span style="font-size: 7pt;">        <span class="apple-converted-space"> </span></span><span class="q"><b><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">"</span></b></span><span class="prop"><b><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">prevPage</span></b></span><span class="q"><b><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">"</span></b></span><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">:<span class="apple-converted-space"> </span><span class="null"><span style="color: red;">null</span></span>,</span></div></div><div style="margin-left: 60pt;"><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-size: 10pt; font-family: Symbol;"></span><span style="font-size: 7pt;">        <span class="apple-converted-space"> </span></span><span class="q"><b><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">"</span></b></span><span class="prop"><b><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">nextPage</span></b></span><span class="q"><b><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">"</span></b></span><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">:<span class="apple-converted-space"> </span><span class="num"><span style="color: blue;">2</span></span>,</span></div></div><div><div style="margin-left: 60pt;"><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-size: 10pt; font-family: Symbol;"></span><span style="font-size: 7pt;">        <span class="apple-converted-space"> </span></span><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">-</span></div></div></div><div style="margin-left: 60pt;"><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span class="q"><b><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">"</span></b></span><span class="prop"><b><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">links</span></b></span><span class="q"><b><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">"</span></b></span><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">: {</span></div></div><div style="margin-left: 84pt;"><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-size: 10pt; font-family: 'Courier New';">o</span><span style="font-size: 7pt;">   <span class="apple-converted-space"> </span></span><span class="q"><b><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">"</span></b></span><span class="prop"><b><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">nextPage</span></b></span><span class="q"><b><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">"</span></b></span><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">:<span class="apple-converted-space"> </span><a href="http://data.bioontology.org/search?q=melanoma&page=2" style="color: purple; text-decoration: underline;"><span class="q"><span style="color: purple;">"</span></span><span style="color: purple;">http://data.bioontology.org/search?q=melanoma&page=2<span class="q">"</span></span></a>,</span></div></div><div style="margin-left: 84pt;"><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-size: 10pt; font-family: 'Courier New';">o</span><span style="font-size: 7pt;">   <span class="apple-converted-space"> </span></span><span class="q"><b><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">"</span></b></span><span class="prop"><b><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">prevPage</span></b></span><span class="q"><b><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">"</span></b></span><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">:<span class="apple-converted-space"> </span><span class="null"><span style="color: red;">null</span></span></span></div></div><div style="margin-left: 60pt;"><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">},</span></div></div><div><div style="margin-left: 60pt;"><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-size: 10pt; font-family: Symbol;"></span><span style="font-size: 7pt;">        <span class="apple-converted-space"> </span></span><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">-</span></div></div></div><div style="margin-left: 60pt;"><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span class="q"><b><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">"</span></b></span><span class="prop"><b><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">collection</span></b></span><span class="q"><b><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">"</span></b></span><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">: [</span></div></div><div><div style="margin-left: 84pt;"><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-size: 10pt; font-family: 'Courier New';">o</span><span style="font-size: 7pt;">   <span class="apple-converted-space"> </span></span><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">-</span></div></div></div><div style="margin-left: 84pt;"><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">{</span></div></div><div style="margin-left: 1.5in;"><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-size: 10pt; font-family: Wingdings;"></span><span style="font-size: 7pt;"> <span class="apple-converted-space"> </span></span><span class="q"><b><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">"</span></b></span><span class="prop"><b><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">prefLabel</span></b></span><span class="q"><b><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">"</span></b></span><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">:<span class="apple-converted-space"> </span><span class="string"><span style="color: green;">"Melanoma"</span></span>,</span></div></div><div style="margin-left: 1.5in;"><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-size: 10pt; font-family: Wingdings;"></span><span style="font-size: 7pt;"> <span class="apple-converted-space"> </span></span><span class="q"><b><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">"</span></b></span><span class="prop"><b><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">@id</span></b></span><span class="q"><b><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">"</span></b></span><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">:<span class="apple-converted-space"> </span><a href="http://purl.bioontology.org/ontology/MDR/10053571" style="color: purple; text-decoration: underline;"><span class="q"><span style="color: purple;">"</span></span><span style="color: purple;">http://purl.bioontology.org/ontology/MDR/10053571<span class="q">"</span></span></a>,</span></div></div><div style="margin-left: 1.5in;"><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-size: 10pt; font-family: Wingdings;"></span><span style="font-size: 7pt;"> <span class="apple-converted-space"> </span></span><span class="q"><b><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">"</span></b></span><span class="prop"><b><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">@type</span></b></span><span class="q"><b><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">"</span></b></span><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">:<span class="apple-converted-space"> </span><a href="http://www.w3.org/2002/07/owl#Class" style="color: purple; text-decoration: underline;"><span class="q"><span style="color: purple;">"</span></span><span style="color: purple;">http://www.w3.org/2002/07/owl#Class<span class="q">"</span></span></a>,</span></div></div><div><div style="margin-left: 1.5in;"><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-size: 10pt; font-family: Wingdings;"></span><span style="font-size: 7pt;"> <span class="apple-converted-space"> </span></span><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">-</span></div></div></div><div style="margin-left: 1.5in;"><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span class="q"><b><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">"</span></b></span><span class="prop"><b><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">links</span></b></span><span class="q"><b><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">"</span></b></span><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">: {</span></div></div><div style="margin-left: 132pt;"><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-size: 10pt; font-family: Wingdings;"></span><span style="font-size: 7pt;"> <span class="apple-converted-space"> </span></span><span class="q"><b><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">"</span></b></span><span class="prop"><b><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">self</span></b></span><span class="q"><b><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">"</span></b></span><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">:<a href="http://data.bioontology.org/ontologies/MEDDRA/classes/http%3A%2F%2Fpurl.bioontology.org%2Fontology%2FMDR%2F10053571" style="color: purple; text-decoration: underline;"><span class="q"><span style="color: purple;">"</span></span><span style="color: purple;">http://data.bioontology.org/ontologies/MEDDRA/classes/http%3A%2F%2Fpurl.bioontology.org%2Fontology%2FMDR%2F10053571<span class="q">"</span></span></a>,</span></div></div><div style="margin-left: 132pt;"><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-size: 10pt; font-family: Wingdings;"></span><span style="font-size: 7pt;"> <span class="apple-converted-space"> </span></span><span class="q"><b><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">"</span></b></span><span class="prop"><b><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">ontology</span></b></span><span class="q"><b><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">"</span></b></span><span style="font-size: 10.5pt; font-family: 'Courier New';">:<span class="apple-converted-space"> </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/MEDDRA" style="color: purple; text-decoration: underline;"><span class="q"><span style="color: purple;">"</span></span><span style="color: purple;">http://data.bioontology.org/ontologies/MEDDRA<span class="q"></span></span></a>,</span></div></div><div style="margin-left: 132pt;"><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-size: 10pt; font-family: Wingdings;"></span><span style="font-size: 7pt;"> <span class="apple-converted-space"> </span></span><b><span style="font-family: Verdana, sans-serif;">.</span></b></div></div><div><div style="margin-left: 0.5in;"><p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"> </p></div></div></div><div><div style="margin-left: 0.5in;"><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-family: Verdana, sans-serif;">Now, if I want to find out which ontology this term came from, I have to do another search to this<span class="apple-converted-space"> </span></span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/MEDDRA" style="color: purple; text-decoration: underline;"><span style="color: purple;">http://data.bioontology.org/ontologies/MEDDRA</span></a></div></div></div><div><div style="margin-left: 0.5in;"><p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"> </p></div></div><div><div style="margin-left: 0.5in;"><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-family: Verdana, sans-serif;">I have to perform 2 calls to just get the name of the ontology it came from. It requires 2 calls for each term and places extra burden on both your servers and slows down our applications. </span></div></div></div><div><div style="margin-left: 0.5in;"><p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"> </p></div></div><div><div style="margin-left: 0.5in;"><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-family: Verdana, sans-serif;">Is there some way you could you make it easier to get this information from the original call please?</span></div></div></div><div><div style="margin-left: 0.5in;"><p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"> </p></div></div><div><div style="margin-left: 0.5in;"><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-family: Verdana, sans-serif;">Many thanks,</span></div></div></div><div><div style="margin-left: 0.5in;"><p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"> </p></div></div><div><div style="margin-left: 0.5in;"><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"><span style="font-family: Verdana, sans-serif;">Eamonn</span></div></div></div><div><div style="margin-left: 0.5in;"><p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"> </p></div></div><div><div><div style="margin-left: 0.5in;"><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">-- </div></div></div><div><div style="margin-left: 0.5in;"><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">Eamonn Maguire</div></div></div><div><div style="margin-left: 0.5in;"><p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"> </p></div></div></div></div></div><p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;"> </p></div></div>_______________________________________________<br>bioontology-support mailing list<br><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br><a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a></div></blockquote></div><br></div></blockquote></div><br></div></div></blockquote></div><br></div></blockquote></div><br></div></body></html>