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="143115e376c90f5a__MailEndCompose"><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span></a><o:p></o:p></p><div><div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in'><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> <a href="mailto:bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu" target="_blank">bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu</a> [mailto:<a href="mailto:bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu" target="_blank">bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu</a>] <b>On Behalf Of </b>Paul R Alexander<br><b>Sent:</b> Friday, December 20, 2013 9:53 AM<br><b>To:</b> Trish Whetzel<br><b>Cc:</b> Maria Angeles Sanguino Gonzalez; <a href="mailto:support@bioontology.org" target="_blank">support@bioontology.org</a> Support<br><b>Subject:</b> Re: [bioontology-support] moving from the old Api to the new Api</span><o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>This is a bug. We’ll be looking into it. Thanks for reporting.<o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>Paul<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>On Dec 19, 2013, at 3:09 PM, Trish Whetzel <<a href="mailto:plwhetzel@gmail.com" target="_blank">plwhetzel@gmail.com</a>> wrote:<o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;margin-bottom:12.0pt'><o:p> </o:p></p><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;margin-bottom:12.0pt'>Is the call:  <a href="http://data.bioontology.org/mappings?ontologies=NCIT,FMA&apikey=YourAPIKey" target="_blank">http://data.bioontology.org/mappings?ontologies=NCIT,FMA&apikey=YourAPIKey</a>  intended to return all 1,937 mappings between FMA and NCIt? Only 1 mapping pair is returned. <br><br>On the BioPortal mappings page, after selecting NCIt the page lists a count of 1,937 mappings, but when clicking on the link for FMA only 1 mapping pair is displayed.<o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>Trish <o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;margin-bottom:12.0pt'> <o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>On Thu, Dec 19, 2013 at 10:00 AM, Paul R Alexander <<a href="mailto:palexander@stanford.edu" target="_blank">palexander@stanford.edu</a>> wrote:<o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>Nines,<o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>We will update the documentation with mappings examples, thank you for pointing out that there are none.<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>The specific call that would replace the one you were using is this:<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><a href="http://data.bioontology.org/mappings?ontologies=NCIT,FMA" target="_blank">http://data.bioontology.org/mappings?ontologies=NCIT,FMA</a><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>Paul<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p><div><div><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>On Dec 19, 2013, at 3:22 AM, Maria Angeles Sanguino Gonzalez <<a href="mailto:maria.sanguino@atos.net" target="_blank">maria.sanguino@atos.net</a>> wrote:<o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div></div><blockquote style='margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt'><div><div><div><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>Dear Biportal support team,</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>I’ve receive an email suggesting moving any code that accesses the old API to the new API. I’m particularly interested in the mappings resources and I was wondering:</span><o:p></o:p></p></div><div style='margin-left:.5in'><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>-</span><span style='font-size:7.0pt'>          </span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>When de new API (<a href="http://data.bioontology.org/metadata/Mapping" target="_blank"><span style='color:purple'>http://data.bioontology.org/metadata/Mapping</span></a> concretely) will provide some examples of use.</span><o:p></o:p></p></div><div style='margin-left:.5in'><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>-</span><span style='font-size:7.0pt'>          </span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>And which is the equivalent method to the old method in charge of provide mappings (unidirectional o bidirectional) between two ontologies (an example of the old method)</span><o:p></o:p></p></div><div style='margin-left:1.0in'><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Courier New"'>o</span><span style='font-size:7.0pt'>   </span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><a href="http://rest.bioontology.org/bioportal/virtual/mappings/ontologies?sourceontology=1032&targetontology=1053&pagesize=500&pagenum=1&apikey=8b8e7850-0dbb-43ba-b29d-b5ed5719532c" target="_blank"><span style='color:purple'>http://rest.bioontology.org/bioportal/virtual/mappings/ontologies?sourceontology=1032&targetontology=1053&pagesize=500&pagenum=1&apikey=8b8e7850-0dbb-43ba-b29d-b5ed5719532c</span></a></span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>Many thanks for the excellent work and thanks for the suggestion.</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>Regards,</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>Nines</span><o:p></o:p></p></div></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif"'>------------------------------------------------------------------<br>This e-mail and the documents attached are confidential and intended <br>solely for the addressee; it may also be privileged. If you receive <br>this e-mail in error, please notify the sender immediately and destroy it. <br>As its integrity cannot be secured on the Internet, the Atos <br>group liability cannot be triggered for the message content. Although <br>the sender endeavours to maintain a computer virus-free network, <br>the sender does not warrant that this transmission is virus-free and <br>will not be liable for any damages resulting from any virus transmitted. <br><br>Este mensaje y los ficheros adjuntos pueden contener informacion confidencial <br>destinada solamente a la(s) persona(s) mencionadas anteriormente <br>pueden estar protegidos por secreto profesional. <br>Si usted recibe este correo electronico por error, gracias por informar <br>inmediatamente al remitente y destruir el mensaje. <br>Al no estar asegurada la integridad de este mensaje sobre la red, Atos <br>no se hace responsable por su contenido. Su contenido no constituye ningun <br>compromiso para el grupo Atos, salvo ratificacion escrita por ambas partes. <br>Aunque se esfuerza al maximo por mantener su red libre de virus, el emisor <br>no puede garantizar nada al respecto y no sera responsable de cualesquiera <br>danos que puedan resultar de una transmision de virus. </span><o:p></o:p></p></div></div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif"'>------------------------------------------------------------------ _______________________________________________<br>bioontology-support mailing list<br><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" target="_blank"><span style='color:purple'>bioontology-support@lists.stanford.edu</span></a><br><a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" target="_blank"><span style='color:purple'>https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</span></a></span><o:p></o:p></p></div></blockquote></div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div></div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;margin-bottom:12.0pt'><br>_______________________________________________<br>bioontology-support mailing list<br><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" target="_blank">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br><a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" target="_blank">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a><o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div></div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div></div></div></div></div></div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div></div></body></html>