<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40"><head><META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=us-ascii"><meta name=Generator content="Microsoft Word 14 (filtered medium)"><style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:Helvetica;
        panose-1:2 11 6 4 2 2 2 2 2 4;}
@font-face
        {font-family:Helvetica;
        panose-1:2 11 6 4 2 2 2 2 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman","serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
p.MsoAcetate, li.MsoAcetate, div.MsoAcetate
        {mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Balloon Text Char";
        margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:8.0pt;
        font-family:"Tahoma","sans-serif";}
span.apple-converted-space
        {mso-style-name:apple-converted-space;}
span.apple-style-span
        {mso-style-name:apple-style-span;}
span.apple-tab-span
        {mso-style-name:apple-tab-span;}
span.EmailStyle20
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
span.BalloonTextChar
        {mso-style-name:"Balloon Text Char";
        mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Balloon Text";
        font-family:"Tahoma","sans-serif";}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-size:10.0pt;}
@page WordSection1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]--></head><body lang=EN-US link=blue vlink=purple><div class=WordSection1><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Very strange. We don’t require the acronyms for projects to be all upper case. In any case, project creation now appears to work.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Ray<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><a name="_MailEndCompose"><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></a></p><div><div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in'><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> Samson Tu [mailto:swt@stanford.edu] <br><b>Sent:</b> Monday, March 17, 2014 10:58 PM<br><b>To:</b> Ray Fergerson<br><b>Cc:</b> Samson Tu; sridevi polavaram; BioPortal Curators; bioontology-support@lists.stanford.edu<br><b>Subject:</b> Re: [bioontology-support] [bioontology-curator] Bioportal login issues<o:p></o:p></span></p></div></div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal>Ray,<o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>I had some email exchanges with Sridevi over the weekend. It appears to be another example of acronyms having to be all-cap letters. He was able to create his project after changing the acronym.<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><i>With best regards,</i><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><i>Samson</i><o:p></o:p></p><div><div><p class=MsoNormal>On Mar 17, 2014, at 3:51 PM, Ray Fergerson <<a href="mailto:ray.fergerson@stanford.edu">ray.fergerson@stanford.edu</a>> wrote:<o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal><br><br><o:p></o:p></p><div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Sridevi,</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>We will check into the project creation problem but this should not prevent you from uploading your ontology. Creating an ontology has nothing to do with creating a project. Just go to the Browse page and hit the big “create an ontology” button.</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Ray</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span class=apple-converted-space><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> </span></span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>sridevi polavaram [<a href="mailto:spolavar@gmail.com"><span style='color:purple'>mailto:spolavar@gmail.com</span></a>]<span class=apple-converted-space> </span><br><b>Sent:</b><span class=apple-converted-space> </span>Saturday, March 15, 2014 3:11 AM<br><b>To:</b><span class=apple-converted-space> </span>Ray Fergerson; BioPortal Curators;<span class=apple-converted-space> </span><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu"><span style='color:purple'>bioontology-support@lists.stanford.edu</span></a><br><b>Subject:</b><span class=apple-converted-space> </span>Re: [bioontology-curator] Bioportal login issues</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div><div><div><div><div><div><p class=MsoNormal>Hi Ray,<o:p></o:p></p></div></div><p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'> Thanks for the response. I have switched to IE. But, i still see some weird behavior for the requests i am making to the bioportal server.<o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'>I have created a new account by name<span class=apple-converted-space> </span><a href="http://neuromorpho.org/"><span style='color:purple'>NeuroMorpho.Org</span></a>, it gave me error message saying that Bioportal has been notified of it, but then, i did see in the dash board that my account has been logged in anyways! This is just FYI, but right now my account seem to be working fine. However, i cannot create a new project. I have tried to enter the following information four times and it failed all the time. I saw the same error message, but this time, it was true.<o:p></o:p></p></div><div><div><p class=MsoNormal><br>Name: Neuronal Morphologies and Metadata Classification System<o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal>Acronym: NMOSp<o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal>Institution: George Mason University<o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal>Contacts:<span class=apple-converted-space> </span><a href="mailto:spolavar@gmu.edu"><span style='color:purple'>spolavar@gmu.edu</span></a><o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal>Homepage:<span class=apple-converted-space> </span><a href="http://neuromorpho.org/"><span style='color:purple'>NeuroMorpho.Org</span></a><br>Description: This is species taxonomy for the data curated in<span class=apple-converted-space> </span><a href="http://neuromorpho.org/"><span style='color:purple'>NeuroMorpho.Org</span></a>. The existing ontologies are re-used as needed as the new metadata information for species and strains is deposited in<span class=apple-converted-space> </span><a href="http://neuromorpho.org/"><span style='color:purple'>NeuroMorpho.Org</span></a><span class=apple-converted-space> </span>database. This species hierarchy consists of 56% of NCBI taxonomy and 39% of Rat strain ontology. The remaining 5% mostly consists of new concepts and few others from NIFSTD and MESH.<o:p></o:p></p></div></div><div><p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'>Ontologies used: NCBITAXON, RS, NIFSTD, MESH<o:p></o:p></p></div><div><div><p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'>Can i please request you to upload this information and create a new project form me. After my project is created, i want to upload my obo ontology file (attached). Once you set this up, I would like to test the new widget system asap.<br><br>FYI. I have many more ontologies that i want to upload subsequently, all of them are related to<span class=apple-converted-space> </span><a href="http://neuromorpho.org/"><span style='color:purple'>NeuroMorpho.Org</span></a>. Hopefully, i should be able to manage uploading and editing them by myself.<o:p></o:p></p></div><div><div><p class=MsoNormal>Thank you,<br>Sridevi<o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div></div></div><div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div></div><div><div><div><div><div><div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div></div></div></div></div></div></div></div><div><p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'> <o:p></o:p></p><div><div><p class=MsoNormal>On Thu, Mar 13, 2014 at 6:00 PM, Ray Fergerson <<a href="mailto:ray.fergerson@stanford.edu" target="_blank"><span style='color:purple'>ray.fergerson@stanford.edu</span></a>> wrote:<o:p></o:p></p></div><div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>I suggest clearing your cache and trying again. The registration page should have an image of text for you to enter. I am also using Firefox and it works for me. Perhaps this is removed because you are blocking images (or ads?).</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>It sounds like you are still using the old system, which is about to be shutdown. If by ontology id you mean something like “1234” then this is the old system. The ids for ontologies on the new system are acronyms. There are new widgets which work with the next system.</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Ray</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><a name="144bd7647cc5f2ec__MailEndCompose"><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span></a><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span class=apple-converted-space><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> </span></span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>bioontology-curator [mailto:<a href="mailto:bioontology-curator-bounces@lists.stanford.edu" target="_blank"><span style='color:purple'>bioontology-curator-bounces@lists.stanford.edu</span></a>]<span class=apple-converted-space> </span><b>On Behalf Of<span class=apple-converted-space> </span></b>sridevi polavaram<br><b>Sent:</b><span class=apple-converted-space> </span>Wednesday, March 12, 2014 12:42 PM<br><b>To:</b><span class=apple-converted-space> </span>BioPortal Curators<br><b>Subject:</b><span class=apple-converted-space> </span>[bioontology-curator] Bioportal login issues</span><o:p></o:p></p></div><div><div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div><div><div><div><div><div><div><div><p class=MsoNormal>Dear Curator,<o:p></o:p></p></div></div><div><p class=MsoNormal> I had setup my account in Biportal and have been managing two resources on it. Here are the acronyms that are listed in bioportal:<o:p></o:p></p></div></div><div><p class=MsoNormal>(a) NCBI_NMOsp_1_2_2<o:p></o:p></p></div></div><p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'>(b) H1_NMOABA_4_1<o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'>These two are currently setup as view to NCBI taxonomy and ABA ontologies.<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'>Mainly, I have been using the auto completion web service using the ontology IDs. But now, i am having a couple of issues with the system.<o:p></o:p></p></div><div><div><p class=MsoNormal>1. first of all i am not able to login with my existing user account, so i tried to create a new login for which i get an error! (see attachment)<o:p></o:p></p></div></div><div><p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'>2. I don't see ontology IDs for these resources. Can i still be able to use the auto completion widget?<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'>Please let me know if you can resolve these issues as i am trying to upload latest versions to the Bioportal.<o:p></o:p></p></div><div><div><p class=MsoNormal>Thank you,<o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal>Sridevi<br><br>Lab IT Supervisor/Neuroscience PhD candidate<br>Computational Neuroanatomy Group<br>Krasnow Institute for Advanced Study<br>George Mason University<br><a href="mailto:spolavar@gmu.edu" target="_blank"><span style='color:purple'>spolavar@gmu.edu</span></a><br>Phone:<span class=apple-converted-space> </span><a href="tel:703-993-4376" target="_blank"><span style='color:purple'>703-993-4376</span></a><span class=apple-converted-space> </span>(O)<o:p></o:p></p></div></div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div></div></div></div></div></div></div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div></div><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif"'>_______________________________________________<br>bioontology-support mailing list<br><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu"><span style='color:purple'>bioontology-support@lists.stanford.edu</span></a><br><a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support"><span style='color:purple'>https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</span></a><o:p></o:p></span></p></div></div></div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><div><div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black'>-- <o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black'>Samson Tu                                                    <span class=apple-converted-space> </span>email: <a href="mailto:swt@stanford.edu">swt@stanford.edu</a><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black'>Senior Research Scientist                              <span class=apple-converted-space> </span>web: <a href="http://www.stanford.edu/~swt/">www.stanford.edu/~swt/</a><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black'>Center for Biomedical Informatics Research<span class=apple-converted-space> </span><span class=apple-tab-span>   </span>phone: 1-650-725-3391<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black'>Stanford University                                          fax: 1-650-725-7944<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black'><o:p> </o:p></span></p></div></div><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:black'><br><br><o:p></o:p></span></p></div><p class=MsoNormal><br><br><o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div></div></body></html>