<div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div>Hi Ray, <br></div> Thanks for bringing the project and ontology difference to my attention. I have already created the project for NeuroMorpho.Org, which is pointing to <a href="https://bioportal.bioontology.org/projects/NMOSp">https://bioportal.bioontology.org/projects/NMOSp</a>. But the problem i am not able to edit it. It throws an error message.<br>
<br></div>I want to keep the acronym NMOSP and delete everything else, I see a bunch of NeuroMorpho.Org projects including the NMOSP_1_6. If editing error is something you have to look into, then i would request to delete everything, so that i can create a new project and then upload a new ontology version. <br>
</div><br></div>FYI. We are introducing a new search feature, which uses bioportal to our upcoming release of NeuroMorpho.Org, for that reason, i am trying to clean up and make sure the information is up-to-date on our project. I really appreciate your cooperation in this regard!<br>
</div><div><br></div>Sincerely,<br>Sridevi<br></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Apr 4, 2014 at 5:49 PM, Ray Fergerson <span dir="ltr"><<a href="mailto:ray.fergerson@stanford.edu" target="_blank">ray.fergerson@stanford.edu</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div link="blue" vlink="purple" lang="EN-US"><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">We will look into this. It is unclear why the system says that you can’t use these acronyms. From what I can see they do not appear to be taken.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">For clarity though, from your screenshot you are attempting to create an Ontology in BioPortal and not a Project. A “Project” is a team that uses BioPortal one or more ontologies.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Ray<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><a name="1452eb765e98be13__MailEndCompose"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></a></p><p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> sridevi polavaram [mailto:<a href="mailto:spolavar@gmail.com" target="_blank">spolavar@gmail.com</a>] <br>
<b>Sent:</b> Wednesday, April 2, 2014 9:38 AM</span></p><div><div class="h5"><br><b>To:</b> Ray Fergerson<br><b>Cc:</b> Samson Tu; BioPortal Curators; <a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" target="_blank">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br>
<b>Subject:</b> Re: RELATED synonyms are not working<u></u><u></u></div></div><p></p><div><div class="h5"><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><div><div><div><div><p class="MsoNormal">Ray, <u></u><u></u></p></div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">
 I am trying to create a new project like you suggested, but i am consistently getting an error saying acronym already exists. the choices i am making are NMOSPTAXON, NMOTAXON_SP, etc. i don't believe these are taken!<u></u><u></u></p>
</div><p class="MsoNormal">Thank you, <br>Sridevi<u></u><u></u></p></div><div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div></div></div><div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><u></u> <u></u></p><div><p class="MsoNormal">
On Fri, Mar 28, 2014 at 5:22 PM, Ray Fergerson <<a href="mailto:ray.fergerson@stanford.edu" target="_blank">ray.fergerson@stanford.edu</a>> wrote:<u></u><u></u></p><div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Sridevi,</span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"> </span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">We will try to get the “synonym” business cleaned up with the OBO Foundry folks. For now though only “exact synonyms” count as synonyms in BioPortal. You can search all other properties, including the other synonym types, by using the “include_properties parameter on search.</span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"> </span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">We use the ontology acronym to index lots of information about an ontology. Thus we do not allow it to be changed. Admittedly we should advertise this ‘feature’ more clearly. Thus to do what you want, create a new ontology with the acronym that you want and submit the versions of the ontology that you want to keep. Then send us email to have us delete the original ontology. Sorry that this is so painful.</span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"> </span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Ray</span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><a name="1452eb765e98be13_1450a92808f99a36__MailEndCompose"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"> </span></a><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">
<b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> sridevi polavaram [mailto:<a href="mailto:spolavar@gmail.com" target="_blank">spolavar@gmail.com</a>] <br>
<b>Sent:</b> Thursday, March 27, 2014 8:14 AM</span><u></u><u></u></p><div><div><p class="MsoNormal"><br><b>To:</b> Ray Fergerson<br><b>Cc:</b> Samson Tu; BioPortal Curators; <a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" target="_blank">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br>
<b>Subject:</b> Re: RELATED synonyms are not working<u></u><u></u></p></div></div><div><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p><div><div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">Hi Ray, <br> Sorry, i got off track with other things, but i do have some clarifications to make. To answer your question, i use *both* related and exact synonyms for searching the species taxonomy, which is layered on top of NeuroMorpho.Org. Since the data is heterogeneous the search keywords vary from lay man terms to gene specific terms. The semantics between the related and exact synonyms is not well-defined. I integrate multiple ontologies, and i have noticed various ontologies using them very loosely. But, from an informatics perspective these annotations still help augment data visibility. <br>
<br>One simple example is reptiles vs. testudines. It would be nice if the bioportal auto completion can point to the preferred name 'testudines' when keyword 'reptiles' is entered. I don't understand why definitions and synonyms should be mixed together in the 'related synonyms', if anything, it makes more sense to allow various types of synonyms to be searched together.<br>
<br>Given that OBO allows for adding custom synonym types, i can imagine by choosing to allow one or more synonym types (in this case related and exact) one can make their searches more specific vs. general. <u></u><u></u></p>
</div><div><p class="MsoNormal">Lastly, i have couple of questions. <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">- Can i change the acronym of my ontology? if so, i would like to drop _1_6 from NMOSP_1_6. I tried by editing the ontology but i get an error.<u></u><u></u></p>
</div><div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">- I notice discrepancy in metrics. I know that my recent upload v1.8 has 1420 terms, but the metrics show only 1342. <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">
Thank you<br>Sridevi<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"> <u></u><u></u></p></div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"> <u></u><u></u></p>
</div></div><div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"> <u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal">On Wed, Mar 19, 2014 at 6:48 PM, Ray Fergerson <<a href="mailto:ray.fergerson@stanford.edu" target="_blank">ray.fergerson@stanford.edu</a>> wrote:<u></u><u></u></p>
<div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">I think that I may have misunderstood your request. The “include_properties” parameter is on the search REST call. It looks like instead you are using the widgets to do autocomplete. We can’t really add “include_properties” to a widget based dropdown list and have it do anything reasonable. Include properties would do matches on definitions, for example, and we have no easy way to display such a thing.</span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"> </span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Can you provide a use case where matches on “related synonyms” are useful but where you do not want matches on the real (exact) synonyms for the term. This would seem to be me to an uncommon situation.</span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"> </span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Ray</span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><a name="1452eb765e98be13_1450a92808f99a36_144dc8877c3d5a4c__MailE"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"> </span></a><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">
<b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> sridevi polavaram [mailto:<a href="mailto:spolavar@gmail.com" target="_blank">spolavar@gmail.com</a>] <br>
<b>Sent:</b> Wednesday, March 19, 2014 12:48 PM</span><u></u><u></u></p><div><div><p class="MsoNormal"><br><b>To:</b> Ray Fergerson<br><b>Cc:</b> Samson Tu; BioPortal Curators; <a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" target="_blank">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br>
<b>Subject:</b> Re: RELATED synonyms are not working<u></u><u></u></p></div></div><div><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p><div><div><div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">Hi Ray, <br>That's great! But i am not sure where exactly the include_properties parameter goes. Is there any example available? <br>
<br>I initiate the search using this:<br><br><span style="font-family:"Courier New""><input type="text" name="str" id="str" size="50" onfocus="" class="bp_form_complete-</span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New"">NMOSP_1_6</span><span style="font-family:"Courier New"">" size="100"> </span><u></u><u></u></p>
</div><p class="MsoNormal">Thank you,<u></u><u></u></p></div><p class="MsoNormal">Sridevi<u></u><u></u></p><div><div><div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"> <u></u><u></u></p><h3> <u></u><u></u></h3></div>
</div></div></div><div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"> <u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal">On Wed, Mar 19, 2014 at 3:18 PM, Ray Fergerson <<a href="mailto:ray.fergerson@stanford.edu" target="_blank">ray.fergerson@stanford.edu</a>> wrote:<u></u><u></u></p>
<div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Sridevi,</span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"> </span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">You can search on all property values (including “related synonyms”) by using the include_properties=true switch on the search command.</span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"> </span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Ray</span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"> </span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> sridevi polavaram [mailto:<a href="mailto:spolavar@gmail.com" target="_blank">spolavar@gmail.com</a>] <br>
<b>Sent:</b> Wednesday, March 19, 2014 3:10 AM<br><b>To:</b> Ray Fergerson<br><b>Cc:</b> Samson Tu; BioPortal Curators; <a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" target="_blank">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br>
<b>Subject:</b> Re: RELATED synonyms are not working</span><u></u><u></u></p><div><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p><div><div><div><div><p class="MsoNormal">Hi Ray, <u></u><u></u></p></div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">
 I have checked back into my test cases that i ran before. I was using this: bp_form_complete-2072-name to search for synonyms, and to my surprise, i realized that I may very well be under the wrong impression that Bioportal allows RELATED synonym searches. I have to fix my ontology file and re-upload it.<u></u><u></u></p>
</div><div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">But can i ask what is the rationale behind allowing only EXACT synonyms and eliminating the RELATED? and why can't the user make that choice whether he wants to use one or the other or both? <u></u><u></u></p>
</div><p class="MsoNormal">Thanks<u></u><u></u></p></div><p class="MsoNormal">Sridevi<u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"> <u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal">On Mon, Mar 17, 2014 at 7:02 PM, Ray Fergerson <<a href="mailto:ray.fergerson@stanford.edu" target="_blank">ray.fergerson@stanford.edu</a>> wrote:<u></u><u></u></p>
<div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">It is true that we only recognize OBO exact synonyms as “bioportal synonyms”. The other things are not synonyms in normal English usage, even though the word synonym is in the label. This has always been the case though. You indicate below that you think that this was not always the case. Can you explain when this behaved differently?</span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"> </span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Ray</span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><a name="1452eb765e98be13_1450a92808f99a36_144dc8877c3d5a4c_144dbc"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"> </span></a><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">
<b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> sridevi polavaram [mailto:<a href="mailto:spolavar@gmail.com" target="_blank">spolavar@gmail.com</a>] <br>
<b>Sent:</b> Monday, March 17, 2014 4:17 AM<br><b>To:</b> Samson Tu; Ray Fergerson; BioPortal Curators; <a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" target="_blank">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br>
<b>Subject:</b> RELATED synonyms are not working</span><u></u><u></u></p><div><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p><div><div><div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">Hi, <br>I have noticed something different in the newly upgraded web services in bioportal. My newly created project is now accessible via the following url:<u></u><u></u></p>
</div><div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">i was browsing: <a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/NMOSP_1_6?p=classes" target="_blank">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/NMOSP_1_6?p=classes</a><u></u><u></u></p>
</div><div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">and i was testing out the autocomplete widget (especially Example 3 which gets the preferred name for a class), but i see that synonyms tagged as 'RELATED' are not being recognized. Previously, i remember this was not the case. <br>
<br>hasRelatedSynonym terms are not being picked up in the auto completion.<br>e.g., birds, WIP KO, roundworms, <u></u><u></u></p></div><p class="MsoNormal">only hasExactSynonym are working<u></u><u></u></p></div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">
e.g., sheep, carnivores, etc.<u></u><u></u></p></div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">The OBO ontology that i have uploaded mostly has RELATED synonyms with very important information. Is there a way to include them in my auto-complete searches?<u></u><u></u></p>
</div><p class="MsoNormal">Thank you<u></u><u></u></p></div><p class="MsoNormal">Sridevi<u></u><u></u></p><div><div><div><div><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div></div></div><div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">
 <u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal">On Sat, Mar 15, 2014 at 2:53 PM, Samson Tu <<a href="mailto:swt@stanford.edu" target="_blank">swt@stanford.edu</a>> wrote:<u></u><u></u></p><div><h3 style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt">
<span style="font-size:10.5pt;font-family:"Trebuchet MS","sans-serif"">Submitting an ontology</span><u></u><u></u></h3><p style="margin-bottom:11.25pt;line-height:12.0pt"><span style="font-family:"Trebuchet MS","sans-serif"">Go to the "Browse" page (on Bioportal web site) and press the "Submit Ontology" button near the top of the page.</span><u></u><u></u></p>
<div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div><div><div><div><p class="MsoNormal">On Mar 15, 2014, at 11:34 AM, sridevi polavaram <<a href="mailto:spolavar@gmail.com" target="_blank">spolavar@gmail.com</a>> wrote:<u></u><u></u></p>
</div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div><blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt"><div><div><div><p class="MsoNormal">Hi Samson, <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">
 Finally it worked! thanks for your suggestion. But now, how do i upload my ontology? i don't see any link  that allows me to upload! <u></u><u></u></p></div></div><p class="MsoNormal">Thanks<br>Sridevi<u></u><u></u></p>
</div><div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"> <u></u><u></u></p></div></blockquote></div><div><div><div><div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif"">-- </span><u></u><u></u></p>
</div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif"">Samson Tu                                                     email: <a href="mailto:swt@stanford.edu" target="_blank">swt@stanford.edu</a></span><u></u><u></u></p>
</div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif"">Senior Research Scientist                               web: <a href="http://www.stanford.edu/~swt/" target="_blank">www.stanford.edu/~swt/</a></span><u></u><u></u></p>
</div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif"">Center for Biomedical Informatics Research  phone: <a href="tel:1-650-725-3391" target="_blank">1-650-725-3391</a></span><u></u><u></u></p>
</div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif"">Stanford University                                          fax: <a href="tel:1-650-725-7944" target="_blank">1-650-725-7944</a></span><u></u><u></u></p>
</div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif""> </span><u></u><u></u></p></div></div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica","sans-serif""> </span><u></u><u></u></p>
</div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"> <u></u><u></u></p></div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div></div></div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div></div></div></div></div></div></div>
</div></div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div></div></div></div></div></div></div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div></div></div></div></div></div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div></div>
</div></div></div></div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div></div></div></div></div></blockquote></div><br></div>