<div dir="ltr"><div><div>Hi Manuel,<br></div>with the authorization in the headers and the  -H "Content-Type: application/json" both curl and code works.<br></div><div>I do not experience any bug in the handling authorization HTTP headers.<br>
<br></div><div>Thank you for your help,<br>Paolo<br></div>
<br><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Aug 22, 2014 at 4:58 PM, Manuel Salvadores Olaizola <span dir="ltr"><<a href="mailto:manuelso@stanford.edu" target="_blank">manuelso@stanford.edu</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Paolo,<br>
<br>
Two things that might fixed this issue ...<br>
<br>
1.- You need to specify content type with:  -H "Content-Type: application/json"<br>
2.- It seems we have a bug handling authorization HTTP headers. There is a work around, you can add the apikey in the json document. My first response includes an example of that.<br>
<div class="im HOEnZb">Manuel<br>
<br>
----- Original Message -----<br>
From: "Paolo Ciccarese" <<a href="mailto:paolo.ciccarese@gmail.com">paolo.ciccarese@gmail.com</a>><br>
</div><div class="HOEnZb"><div class="h5">To: "Manuel Salvadores Olaizola" <<a href="mailto:manuelso@stanford.edu">manuelso@stanford.edu</a>><br>
Cc: <a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br>
Sent: Friday, August 22, 2014 12:07:09 PM<br>
Subject: Re: [bioontology-support] Issues with Batch service<br>
<br>
Hi Manuel,<br>
sorry I am not sure how that JSON was missing the class IDs, I believe it<br>
is the result of the formatter I used for putting together the email.<br>
<br>
The following curl contains the class IDs and gives the same result:<br>
curl -i -X POST <a href="http://data.bioontology.org/batch" target="_blank">http://data.bioontology.org/batch</a><br>
-H "Authorization: apikey token=APIKEY"<br>
-d'{"<a href="http://www.w3.org/2002/07/owl#Class" target="_blank">http://www.w3.org/2002/07/owl#Class</a>":{"collection":[{"class":"<br>
<a href="http://ontology.neuinfo.org/NIF/BiomaterialEntities/NIF-Molecule.owl#sao1143333050" target="_blank">http://ontology.neuinfo.org/NIF/BiomaterialEntities/NIF-Molecule.owl#sao1143333050</a><br>
","ontology":"<a href="http://data.bioontology.org/ontologies/NIFSTD" target="_blank">http://data.bioontology.org/ontologies/NIFSTD</a>"}],"include":<br>
"prefLabel,synonym,semanticTypes"}}'<br>
<br>
Here is the JSON<br>
{<br>
    "<a href="http://www.w3.org/2002/07/owl#Class" target="_blank">http://www.w3.org/2002/07/owl#Class</a>": {<br>
        "collection": [<br>
            {<br>
                "class": "<br>
<a href="http://ontology.neuinfo.org/NIF/BiomaterialEntities/NIF-Molecule.owl#sao1143333050" target="_blank">http://ontology.neuinfo.org/NIF/BiomaterialEntities/NIF-Molecule.owl#sao1143333050</a><br>
",<br>
                "ontology": "<a href="http://data.bioontology.org/ontologies/NIFSTD" target="_blank">http://data.bioontology.org/ontologies/NIFSTD</a>"<br>
            }<br>
        ],<br>
        "include": "prefLabel,synonym,semanticTypes"<br>
    }<br>
}<br>
<br>
Is there something I am missing in it?<br>
<br>
I've also used your JSON payload and I still get a 422.<br>
<br>
Thank you,<br>
Paolo<br>
<br>
<br>
<br>
On Fri, Aug 22, 2014 at 2:55 PM, Manuel Salvadores Olaizola <<br>
<a href="mailto:manuelso@stanford.edu">manuelso@stanford.edu</a>> wrote:<br>
<br>
> Hi Paolo,<br>
><br>
> Your POST request is missing class IDs. Here you can see a working example:<br>
><br>
> {<br>
> "apikey" : "VALID API KEY",<br>
>  "<a href="http://www.w3.org/2002/07/owl#Class" target="_blank">http://www.w3.org/2002/07/owl#Class</a>": {<br>
>   "include": "prefLabel",<br>
>   "collection": [<br>
>    { "class" : "<a href="http://purl.bioontology.org/ontology/ICD10CM/C34.90" target="_blank">http://purl.bioontology.org/ontology/ICD10CM/C34.90</a>",<br>
>      "ontology" : "<a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD10M" target="_blank">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD10M</a>" },<br>
>    { "class" : "<a href="http://purl.bioontology.org/ontology/SNOMEDCT/254637007" target="_blank">http://purl.bioontology.org/ontology/SNOMEDCT/254637007</a>",<br>
>      "ontology" : "<a href="http://data.bioontology.org/ontologies/SNOMEDCT" target="_blank">http://data.bioontology.org/ontologies/SNOMEDCT</a>" },<br>
>     { "class" : "<a href="http://purl.bioontology.org/ontology/SNOMEDCT/444604002" target="_blank">http://purl.bioontology.org/ontology/SNOMEDCT/444604002</a>",<br>
>       "ontology" : "<a href="http://data.bioontology.org/ontologies/SNOMEDCT" target="_blank">http://data.bioontology.org/ontologies/SNOMEDCT</a>" },<br>
>    { "class" : "<a href="http://ncicb.nci.nih.gov/xml/owl/EVS/Thesaurus.owl#C12913" target="_blank">http://ncicb.nci.nih.gov/xml/owl/EVS/Thesaurus.owl#C12913</a><br>
> ",<br>
>       "ontology" : "<a href="http://data.bioontology.org/ontologies/NCIT" target="_blank">http://data.bioontology.org/ontologies/NCIT</a>" }<br>
>   ]<br>
>  }<br>
> }<br>
><br>
> As you can see you need to provide pairs of (ontology,class) IDs.<br>
><br>
> I hope this helps.<br>
><br>
> Manuel<br>
><br>
> ----- Original Message -----<br>
> From: "Paolo Ciccarese" <<a href="mailto:paolo.ciccarese@gmail.com">paolo.ciccarese@gmail.com</a>><br>
> To: <a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br>
> Sent: Friday, August 22, 2014 11:43:28 AM<br>
> Subject: [bioontology-support] Issues with Batch service<br>
><br>
> Hi,<br>
> is there any reason why the following curl (with a proper apikey) would<br>
> not work?<br>
> The payload is exactly the same that is displayed in the example in the<br>
> documentation<br>
> <a href="http://data.bioontology.org/documentation#nav_batch" target="_blank">http://data.bioontology.org/documentation#nav_batch</a><br>
><br>
> curl -i -X POST <a href="http://data.bioontology.org/batch" target="_blank">http://data.bioontology.org/batch</a> \<br>
> -H "Authorization: apikey token=blah" \<br>
> -d '{" <a href="http://www.w3.org/2002/07/owl#Class" target="_blank">http://www.w3.org/2002/07/owl#Class</a> ":{"collection":[{"ontology":"<br>
> <a href="http://data.bioontology.org/ontologies/BRO" target="_blank">http://data.bioontology.org/ontologies/BRO</a> "},{"ontology":"<br>
> <a href="http://data.bioontology.org/ontologies/BRO" target="_blank">http://data.bioontology.org/ontologies/BRO</a> "},{"ontology":"<br>
> <a href="http://data.bioontology.org/ontologies/BRO" target="_blank">http://data.bioontology.org/ontologies/BRO</a><br>
> "}],"include":"prefLabel,synonym,semanticTypes"}}'<br>
><br>
> It is returning a 422<br>
> {"errors":["Batch endpoint only support calls to owl:Class<br>
> resources"],"status":422}<br>
><br>
> I have also groovy code doing the same and getting back the same message.<br>
><br>
> Best,<br>
> Paolo<br>
><br>
><br>
> --<br>
> Dr. Paolo Ciccarese<br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> bioontology-support mailing list<br>
> <a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br>
> <a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" target="_blank">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a><br>
><br>
><br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div dir="ltr"><div><div>Dr. Paolo Ciccarese                       </div></div></div>
</div></div>