<div dir="ltr">Hi Paul<div><br></div><div>I want to know if you knew what the old api returns on the field contents of the search bioportal (uri: <span style="color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:13px;line-height:19.2000007629395px">./search/?query={uri-encoded query}[&{optional args}]&apikey={YourAPIKey}) .</span></div><div><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:13px;line-height:19.2000007629395px">I search in the example on the wiki but it is for a query of 1 word and i have no idea what to do with the field "contents" when the term match with more than 1 word on the query.</span></div><div><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:13px;line-height:19.2000007629395px"><br></span></div><div><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:13px;line-height:19.2000007629395px">Regards,</span></div><div><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:13px;line-height:19.2000007629395px">Alejandro.</span></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2014-10-03 20:51 GMT+02:00 Paul R Alexander <span dir="ltr"><<a href="mailto:palexander@stanford.edu" target="_blank">palexander@stanford.edu</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Sorry, we do not have examples of the old REST response formats. You will have to reverse engineer it from your tool’s code or update to use the new REST API.<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div><div>Paul</div></font></span><div><div class="h5"><div><br></div><div><br><div><div>On Oct 3, 2014, at 12:22 AM, Alejandro Barahona <<a href="mailto:abarahona@infomed.dia.fi.upm.es" target="_blank">abarahona@infomed.dia.fi.upm.es</a>> wrote:</div><br><blockquote type="cite"><div dir="ltr">Paul,<div><br></div><div>I know it is now deprecated but i need to know what it returns because i need to make a similar document so our tool could read it as it does before it was deprecated</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2014-10-02 19:24 GMT+02:00 Paul R Alexander <span dir="ltr"><<a href="mailto:palexander@stanford.edu" target="_blank">palexander@stanford.edu</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Alejandro,<div><br></div><div>The REST API available at <a href="http://rest.bioontology.org/" target="_blank">rest.bioontology.org</a> is now deprecated. You will need to use the calls that I indicated that are available at <a href="http://data.bioontology.org/" target="_blank">data.bioontology.org</a>. Documentation on using the new API is here: <a href="http://data.bioontology.org/documentation" target="_blank">http://data.bioontology.org/documentation</a></div><span><font color="#888888"><div><br></div><div>Paul</div></font></span><div><div><div><br></div><div><br><div><div>On Oct 2, 2014, at 12:06 AM, Alejandro Barahona <<a href="mailto:abarahona@infomed.dia.fi.upm.es" target="_blank">abarahona@infomed.dia.fi.upm.es</a>> wrote:</div><br><blockquote type="cite"><div dir="ltr">Hi paul<div><br></div><div>What i want to know is if exists any example of the xml result of making that call ("<span style="font-size:13px;font-family:arial,sans-serif"> </span><a href="http://rest.bioontology.org/bioportal/virtual/rootpath/" target="_blank">http://rest.bioontology.org/bioportal/virtual/rootpath/</a><span style="font-family:sans-serif;font-size:13px;line-height:19.2000007629395px">{ontologyId}/{conceptId}[?apikey={YourAPIKey}&{optional args}]</span>"), i search for it at wiki but the example returns: </div><div><br></div><div><div style="font-family:monospace;font-size:13px"><span><errorStatus></span></div><div style="margin-left:1em;font-family:monospace;font-size:13px"><span></span><div><span><accessedResource></span><span>/bioportal/virtual/rootpath/1032/C3224</span><span></accessedResource></span></div><span></span><div><span><accessDate></span><span>2014-10-02 00:05:39.735 PDT</span><span></accessDate></span></div><span></span><div><span><shortMessage></span><span>Internal Server Error</span><span></shortMessage></span></div><span></span><div><div><span style="display:inline-block;width:10px;vertical-align:bottom;min-height:10px;background-repeat:no-repeat"></span><span><longMessage></span></div><div style="margin-left:1em"><span>White spaces are required between publicId and systemId.</span></div><div><span></longMessage></span></div></div><span></span><div><span><errorCode></span><span>500</span><span></errorCode></span></div><span></span></div><div style="font-family:monospace;font-size:13px"><span></errorStatus></span></div></div><div><br></div><div><br></div><div>Alejandro</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2014-10-02 2:03 GMT+02:00 Paul R Alexander <span dir="ltr"><<a href="mailto:palexander@stanford.edu" target="_blank">palexander@stanford.edu</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Alejandro,<div><br></div><div>There are two things that could be useful to replace that call. The first is getting ancestors for a given class:</div><div><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/NCIT/classes/http://ncicb.nci.nih.gov/xml/owl/EVS/Thesaurus.owl#C3224/ancestors" target="_blank">http://data.bioontology.org/ontologies/NCIT/classes/http%3A%2F%2Fncicb.nci.nih.gov%2Fxml%2Fowl%2FEVS%2FThesaurus.owl%23C3224/ancestors</a></div><div><br></div><div>The second would be the tree representation:</div><div><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/NCIT/classes/http://ncicb.nci.nih.gov/xml/owl/EVS/Thesaurus.owl#C3224/tree" target="_blank">http://data.bioontology.org/ontologies/NCIT/classes/http%3A%2F%2Fncicb.nci.nih.gov%2Fxml%2Fowl%2FEVS%2FThesaurus.owl%23C3224/tree</a></div><div><br></div><div>The second is really only useful for drawing a tree for a UI because if there are multiple paths between the given class and the root node then it just selects one. Ancestors should give you all the paths.</div><div><br></div><div>Paul</div><div><br></div><div><br><div><div><div>On Oct 1, 2014, at 12:29 AM, Alejandro Barahona <<a href="mailto:abarahona@infomed.dia.fi.upm.es" target="_blank">abarahona@infomed.dia.fi.upm.es</a>> wrote:</div><br></div><blockquote type="cite"><div><div dir="ltr">Hi<div><br></div><div>Im a developer and i was fixing a tool with the new api, but it uses the old api and i have to return some thigs like it does, i have one question: Is there any example result of the query,  <a rel="nofollow" href="http://rest.bioontology.org/bioportal/virtual/rootpath/1032/C3224?apikey=YourAPIKey" style="font-size:13px;text-decoration:none;color:rgb(102,51,102);padding-right:13px;font-family:sans-serif;line-height:19.2000007629395px" target="_blank">http://rest.bioontology.org/bioportal/virtual/rootpath/1032/C3224?apikey=YourAPIK</a>, maked with the old api???</div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Alejandro.</div></div></div>
_______________________________________________<br>bioontology-support mailing list<br><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" target="_blank">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br><a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" target="_blank">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a><br></blockquote></div><br></div></div></blockquote></div><br></div>
</blockquote></div><br></div></div></div></div></blockquote></div><br></div>
</blockquote></div><br></div></div></div></div></blockquote></div><br></div>