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</o:shapelayout></xml><![endif]--></head><body lang=EN-US link="#0563C1" vlink="#954F72"><div class=WordSection1><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'>Rachel,<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'>There may be one more thing to try. If you can export as SKOS then you might be able to load this. Otherwise I will create a tracker item to delete your ontology.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'>Ray <o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><a name="_MailEndCompose"><span style='color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></a></p><div><div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in'><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> Rachel Drysdale [mailto:rdrysdale@plos.org] <br><b>Sent:</b> Tuesday, March 31, 2015 4:58 AM<br><b>To:</b> Ray Fergerson; support@bioontology.org<br><b>Cc:</b> Rachel Drysdale<br><b>Subject:</b> RE: [bioontology-support] [BioPortal] Feedback from Rachel.Drysdale<o:p></o:p></span></p></div></div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB>Hi Ray<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB>I’ve looked into this a little and the structure is indeed very different from owl format of successfully posted ontologies such as <o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/EDAM">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/EDAM</a><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB>Differences abound – lack of classes, business of representing URLs<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB>That was educational, but it is beyond me to do anything about it, and it is not high on the list for our vendors (who are already working on a couple of things for us) though I’ve sent on my findings.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB>I expect the vendor will rectify the export, but I am doubtful that it will be in a  timescale of days/weeks.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB>In the meantime – I think we should take the PLOS thesaurus down as it does not look good from anyone’s perspective.  Is that going to be possible?  Apologies for inconvenience – I realise this is not ideal.  The only export formats on offer that match your specs were the two owl ones (neither obo nor UMLS available as an export option), so there is no alternative to try….or I would…<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB>All best,<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB>Rachel<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><div><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#333333'>PLOS</span></b><b><span style='font-family:"Arial","sans-serif";color:#333333'> </span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#333333'>I</span><span style='font-family:"Arial","sans-serif";color:#333333'> </span><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#333333'>OPEN FOR DISCOVERY</span></b><span lang=EN-GB style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:#333333'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'>Rachel Drysdale Ph.D. I Taxonomy Manager<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'>ORCID: </span><span lang=EN-GB><a href="http://orcid.org/0000-0003-3037-0216" target="_blank" title="Your linked ORCID account"><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F;text-decoration:none'>0000-0003-3037-0216</span></a></span><span lang=EN-GB style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'>Carlyle House, Carlyle Road, Cambridge CB4 3DN | United Kingdom</span><span lang=EN-GB style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:#333333'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><a href="mailto:rdrysdale@plos.org"><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'>rdrysdale@plos.org</span></a></span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'> I Main +44 (0) 1223-442810</span><span lang=EN-GB style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:#333333'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><a href="http://www.plos.org/" target="_blank"><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'>plos.org</span></a></span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'> I </span><span lang=EN-GB><a href="http://www.facebook.com/PLoS.org" target="_blank"><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'>Facebook</span></a></span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'> I </span><span lang=EN-GB><a href="http://twitter.com/PLOS" target="_blank"><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'>Twitter</span></a></span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'> I </span><span lang=EN-GB><a href="http://blogs.plos.org/" target="_blank"><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'>Blog</span></a></span><span lang=EN-GB style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:#333333'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span lang=EN-GB style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'><o:p> </o:p></span></p></div><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><div><div style='border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in'><p class=MsoNormal><b>From:</b> Ray Fergerson [<a href="mailto:ray.fergerson@stanford.edu">mailto:ray.fergerson@stanford.edu</a>] <br><b>Sent:</b> 18 March 2015 21:53<br><b>To:</b> Rachel Drysdale; <a href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a><br><b>Subject:</b> RE: [bioontology-support] [BioPortal] Feedback from Rachel.Drysdale<o:p></o:p></p></div></div><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'>Rachel,<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'>The content in the various download formats matches the content that is in the UI. Just browsing through the OWL file that you have uploaded, it does not appear to contain things identified as OWL classes (other than the four metaclasses). This is almost certainly an export problem.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'>I agree that, as is, the ontology as loaded into BioPortal does not provide much value. With luck you get some help from you export experts. We can let it hang around for a while though to give you a chance to sort this out.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'>Ray<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><div><div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in'><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> Rachel Drysdale [</span><span lang=EN-GB><a href="mailto:rdrysdale@plos.org"><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>mailto:rdrysdale@plos.org</span></a></span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>] <br><b>Sent:</b> Wednesday, March 18, 2015 2:48 AM<br><b>To:</b> Ray Fergerson; </span><span lang=EN-GB><a href="mailto:support@bioontology.org"><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>support@bioontology.org</span></a></span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'><br><b>Cc:</b> Rachel Drysdale<br><b>Subject:</b> RE: [bioontology-support] [BioPortal] Feedback from Rachel.Drysdale<o:p></o:p></span></p></div></div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB>Hi Ray,<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB>I’ve been in touch with the vendor about the export I uploaded and they will look into it.  It may be that it is relatively untested and something is bockety in it.  Shall we leave it up until they’ve had a chance to get back?<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB>The downloads on your web page don’t download for me in a way that has content, not even the csv one, but at least the link to github provides access to xml and xlsx formats.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB>If I can’t sort this out in a timescale of days/weeks maybe we should just take the page down – doesn’t look very good for either of us the way it is now does it.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB>All best<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB>Rachel<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><div><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#333333'>PLOS</span></b><b><span style='font-family:"Arial","sans-serif";color:#333333'> </span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#333333'>I</span><span style='font-family:"Arial","sans-serif";color:#333333'> </span><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#333333'>OPEN FOR DISCOVERY</span></b><span lang=EN-GB style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:#333333'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'>Rachel Drysdale Ph.D. I Taxonomy Manager<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'>ORCID: </span><span lang=EN-GB><a href="http://orcid.org/0000-0003-3037-0216" target="_blank" title="Your linked ORCID account"><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F;text-decoration:none'>0000-0003-3037-0216</span></a></span><span lang=EN-GB style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'>Carlyle House, Carlyle Road, Cambridge CB4 3DN | United Kingdom</span><span lang=EN-GB style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:#333333'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><a href="mailto:rdrysdale@plos.org"><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'>rdrysdale@plos.org</span></a></span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'> I Main +44 (0) 1223-442810</span><span lang=EN-GB style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:#333333'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><a href="http://www.plos.org/" target="_blank"><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'>plos.org</span></a></span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'> I </span><span lang=EN-GB><a href="http://www.facebook.com/PLoS.org" target="_blank"><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'>Facebook</span></a></span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'> I </span><span lang=EN-GB><a href="http://twitter.com/PLOS" target="_blank"><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'>Twitter</span></a></span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'> I </span><span lang=EN-GB><a href="http://blogs.plos.org/" target="_blank"><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'>Blog</span></a></span><span lang=EN-GB style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:#333333'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span lang=EN-GB style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'><o:p> </o:p></span></p></div><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><div><div style='border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in'><p class=MsoNormal><b>From:</b> Ray Fergerson [<span lang=EN-GB><a href="mailto:ray.fergerson@stanford.edu"><span lang=EN-US>mailto:ray.fergerson@stanford.edu</span></a></span>] <br><b>Sent:</b> 17 March 2015 22:50<br><b>To:</b> Rachel Drysdale; <span lang=EN-GB><a href="mailto:support@bioontology.org"><span lang=EN-US>support@bioontology.org</span></a></span><br><b>Subject:</b> RE: [bioontology-support] [BioPortal] Feedback from Rachel.Drysdale<o:p></o:p></p></div></div><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'>Have a look at how it appears in BioPortal. My guess from the names is that the things displayed as classes are actually some sort of metaclass.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'><br>Ray<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><div><div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in'><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> Rachel Drysdale [</span><span lang=EN-GB><a href="mailto:rdrysdale@plos.org"><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>mailto:rdrysdale@plos.org</span></a></span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>] <br><b>Sent:</b> Monday, March 16, 2015 10:53 AM<br><b>To:</b> Ray Fergerson; </span><span lang=EN-GB><a href="mailto:support@bioontology.org"><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>support@bioontology.org</span></a></span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'><br><b>Cc:</b> Rachel Drysdale<br><b>Subject:</b> RE: [bioontology-support] [BioPortal] Feedback from Rachel.Drysdale<o:p></o:p></span></p></div></div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB>Hi Ray<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB>Yes those stats look odd.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB>PLOSTHES is actually 10 tiers deep, with 11 top tier terms.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB>It has 10961 ‘preferred’ (valid) terms.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB>Not sure what ‘Classes’ are in this context.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB>Hmmm<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB>Will have to do some homework<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB>And see if the vendor has anything illuminating to say about the export.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB>Rachel<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><div><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#333333'>PLOS</span></b><b><span style='font-family:"Arial","sans-serif";color:#333333'> </span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#333333'>I</span><span style='font-family:"Arial","sans-serif";color:#333333'> </span><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#333333'>OPEN FOR DISCOVERY</span></b><span lang=EN-GB style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:#333333'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'>Rachel Drysdale Ph.D. I Taxonomy Manager<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'>ORCID: </span><span lang=EN-GB><a href="http://orcid.org/0000-0003-3037-0216" target="_blank" title="Your linked ORCID account"><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F;text-decoration:none'>0000-0003-3037-0216</span></a></span><span lang=EN-GB style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'>Carlyle House, Carlyle Road, Cambridge CB4 3DN | United Kingdom</span><span lang=EN-GB style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:#333333'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><a href="mailto:rdrysdale@plos.org"><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'>rdrysdale@plos.org</span></a></span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'> I Main +44 (0) 1223-442810</span><span lang=EN-GB style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:#333333'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><a href="http://www.plos.org/" target="_blank"><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'>plos.org</span></a></span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'> I </span><span lang=EN-GB><a href="http://www.facebook.com/PLoS.org" target="_blank"><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'>Facebook</span></a></span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'> I </span><span lang=EN-GB><a href="http://twitter.com/PLOS" target="_blank"><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'>Twitter</span></a></span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'> I </span><span lang=EN-GB><a href="http://blogs.plos.org/" target="_blank"><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'>Blog</span></a></span><span lang=EN-GB style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:#333333'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span lang=EN-GB style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'><o:p> </o:p></span></p></div><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><div><div style='border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in'><p class=MsoNormal><b>From:</b> Ray Fergerson [<span lang=EN-GB><a href="mailto:ray.fergerson@stanford.edu"><span lang=EN-US>mailto:ray.fergerson@stanford.edu</span></a></span>] <br><b>Sent:</b> 13 March 2015 23:59<br><b>To:</b> Rachel Drysdale; <span lang=EN-GB><a href="mailto:support@bioontology.org"><span lang=EN-US>support@bioontology.org</span></a></span><br><b>Subject:</b> RE: [bioontology-support] [BioPortal] Feedback from Rachel.Drysdale<o:p></o:p></p></div></div><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'>Fixed. <o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'>Your ontology had a single error (an un-escaped less-than sign). We corrected this and submitted it and it now works properly. In the future though, when you resubmit a new version, you need to address the error.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal>The line is 36,514 and the fix was to replace:<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>usually <2 mm diameter<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>with<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>usually &lt;2 mm diameter<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal>Also note that your ontology has only 4 classes and 14785 individuals. Is this really what you want? My guess is that your exporter may be failing to produce OWL classes.<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal>Ray<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><div><div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in'><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> Rachel Drysdale [</span><span lang=EN-GB><a href="mailto:rdrysdale@plos.org"><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>mailto:rdrysdale@plos.org</span></a></span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>] <br><b>Sent:</b> Thursday, March 12, 2015 7:06 AM<br><b>To:</b> Ray Fergerson; </span><span lang=EN-GB><a href="mailto:support@bioontology.org"><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>support@bioontology.org</span></a></span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'><br><b>Cc:</b> Rachel Drysdale<br><b>Subject:</b> RE: [bioontology-support] [BioPortal] Feedback from Rachel.Drysdale<o:p></o:p></span></p></div></div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB>Thanks very much for further help – OWL 2 export with .owl suffix seems to do the trick.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB>There was some experimentation with export formats and suffixes to get to this stage, and I get the impression that running same file through validator twice can produce a ‘success’ result followed by a ‘fail’.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB>I can’t figure out how to remove the ‘Erro Rdf’ rows – is there a way to do that?  <o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB>Would be tidier, but at least the status is clear if that is impossible.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB>To answer your other question, <o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'>>I am not familiar with this dialog box. From what application is it?<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal>It is MAIstro which we license from Access Innovations (<span lang=EN-GB><a href="http://www.accessinn.com/"><span style='color:windowtext'>www.accessinn.com/</span></a><cite><span style='font-family:"Calibri","sans-serif"'>)</span></cite><cite><span style='font-family:"Calibri","sans-serif";font-style:normal'>, our vendors for this work.  MAIstro includes the taxonomy management sw plus rulebase for Machine Aided Indexing that we use to annotate content.<o:p></o:p></span></cite></span></p><p class=MsoNormal><cite><span lang=EN-GB style='font-family:"Calibri","sans-serif";font-style:normal'><o:p> </o:p></span></cite></p><p class=MsoNormal><cite><span lang=EN-GB style='font-family:"Calibri","sans-serif";font-style:normal'>All best,<o:p></o:p></span></cite></p><p class=MsoNormal><cite><span lang=EN-GB style='font-family:"Calibri","sans-serif";font-style:normal'>Rachel<o:p></o:p></span></cite></p><p class=MsoNormal><cite><span lang=EN-GB style='font-family:"Calibri","sans-serif";font-style:normal'><o:p> </o:p></span></cite></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><div><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#333333'>PLOS</span></b><b><span style='font-family:"Arial","sans-serif";color:#333333'> </span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#333333'>I</span><span style='font-family:"Arial","sans-serif";color:#333333'> </span><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#333333'>OPEN FOR DISCOVERY</span></b><span lang=EN-GB style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:#333333'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'>Rachel Drysdale Ph.D. I Taxonomy Manager<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'>ORCID: </span><span lang=EN-GB><a href="http://orcid.org/0000-0003-3037-0216" target="_blank" title="Your linked ORCID account"><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F;text-decoration:none'>0000-0003-3037-0216</span></a></span><span lang=EN-GB style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'>Carlyle House, Carlyle Road, Cambridge CB4 3DN | United Kingdom</span><span lang=EN-GB style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:#333333'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><a href="mailto:rdrysdale@plos.org"><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'>rdrysdale@plos.org</span></a></span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'> I Main +44 (0) 1223-442810</span><span lang=EN-GB style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:#333333'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><a href="http://www.plos.org/" target="_blank"><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'>plos.org</span></a></span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'> I </span><span lang=EN-GB><a href="http://www.facebook.com/PLoS.org" target="_blank"><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'>Facebook</span></a></span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'> I </span><span lang=EN-GB><a href="http://twitter.com/PLOS" target="_blank"><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'>Twitter</span></a></span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'> I </span><span lang=EN-GB><a href="http://blogs.plos.org/" target="_blank"><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'>Blog</span></a></span><span lang=EN-GB style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:#333333'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span lang=EN-GB style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'><o:p> </o:p></span></p></div><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><div><div style='border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in'><p class=MsoNormal><b>From:</b> Ray Fergerson [<span lang=EN-GB><a href="mailto:ray.fergerson@stanford.edu"><span lang=EN-US>mailto:ray.fergerson@stanford.edu</span></a></span>] <br><b>Sent:</b> 11 March 2015 21:08<br><b>To:</b> Rachel Drysdale; <span lang=EN-GB><a href="mailto:support@bioontology.org"><span lang=EN-US>support@bioontology.org</span></a></span><br><b>Subject:</b> RE: [bioontology-support] [BioPortal] Feedback from Rachel.Drysdale<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'>I would suggest OWL2. The extension for such a file (OWL/RDF) should be “.owl” though and not “.txt”. I am not familiar with this dialog box. From what application is it? It doesn’t look like Protégé to me. If your native format is “.obo” then we can read that directly.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'>Ray<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><b><o:p> </o:p></b></p><p class=MsoNormal><b>From:</b> Ray Fergerson [<span lang=EN-GB><a href="mailto:ray.fergerson@stanford.edu"><span lang=EN-US>mailto:ray.fergerson@stanford.edu</span></a></span>] <br><b>Sent:</b> 11 March 2015 21:11<br><b>To:</b> Rachel Drysdale; <span lang=EN-GB><a href="mailto:support@bioontology.org"><span lang=EN-US>support@bioontology.org</span></a></span><br><b>Subject:</b> RE: [bioontology-support] [BioPortal] Feedback from Rachel.Drysdale<o:p></o:p></p></div></div><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'>This is the same error (see RDF/XML below). The way the validator works is that it first tries to identify the file format from the extension. If this fails then it runs all possible parsers over the input. That is why you see the results from multiple parsers.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'>The best way forward if the native format is OBO is just to submit the OBO file (with extension .obo). If the native format is something else then export as OWL 2, ensure that the extension is “.owl” and then validate this file.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'>Ray<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><div><div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in'><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> Rachel Drysdale [</span><span lang=EN-GB><a href="mailto:rdrysdale@plos.org"><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>mailto:rdrysdale@plos.org</span></a></span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>] <br><b>Sent:</b> Wednesday, March 11, 2015 9:42 AM<br><b>To:</b> Ray Fergerson; </span><span lang=EN-GB><a href="mailto:support@bioontology.org"><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>support@bioontology.org</span></a></span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'><br><b>Subject:</b> RE: [bioontology-support] [BioPortal] Feedback from Rachel.Drysdale<o:p></o:p></span></p></div></div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB>PS I tried the OWL 2 export (came out as a .txt file) and uploaded that but still get “Error Rdf” statement and here is what validate_ontology produced<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><img border=0 width=444 height=480 id="_x0000_i1025" src="cid:image001.jpg@01D06E30.1AC2E450" alt="cid:image001.jpg@01D05CCC.CCB0FFA0"><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB>Any ideas?<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB>Rachel<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><div><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#333333'>PLOS</span></b><b><span style='font-family:"Arial","sans-serif";color:#333333'> </span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#333333'>I</span><span style='font-family:"Arial","sans-serif";color:#333333'> </span><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#333333'>OPEN FOR DISCOVERY</span></b><span lang=EN-GB style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:#333333'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'>Rachel Drysdale Ph.D. I Taxonomy Manager<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'>ORCID: </span><span lang=EN-GB><a href="http://orcid.org/0000-0003-3037-0216" target="_blank" title="Your linked ORCID account"><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F;text-decoration:none'>0000-0003-3037-0216</span></a></span><span lang=EN-GB style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'>Carlyle House, Carlyle Road, Cambridge CB4 3DN | United Kingdom</span><span lang=EN-GB style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:#333333'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><a href="mailto:rdrysdale@plos.org"><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'>rdrysdale@plos.org</span></a></span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'> I Main +44 (0) 1223-442810</span><span lang=EN-GB style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:#333333'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><a href="http://www.plos.org/" target="_blank"><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'>plos.org</span></a></span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'> I </span><span lang=EN-GB><a href="http://www.facebook.com/PLoS.org" target="_blank"><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'>Facebook</span></a></span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'> I </span><span lang=EN-GB><a href="http://twitter.com/PLOS" target="_blank"><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'>Twitter</span></a></span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'> I </span><span lang=EN-GB><a href="http://blogs.plos.org/" target="_blank"><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'>Blog</span></a></span><span lang=EN-GB style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:#333333'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span lang=EN-GB style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#7F7F7F'><o:p> </o:p></span></p></div><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><div><div style='border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in'><p class=MsoNormal><b>From:</b> Rachel Drysdale <br><b>Sent:</b> 11 March 2015 15:02<br><b>To:</b> Ray Fergerson; <span lang=EN-GB><a href="mailto:support@bioontology.org"><span lang=EN-US>support@bioontology.org</span></a></span><br><b>Cc:</b> Rachel Drysdale<br><b>Subject:</b> RE: [bioontology-support] [BioPortal] Feedback from Rachel.Drysdale<o:p></o:p></p></div></div><p class=MsoNormal><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB>Hi Ray,<o:p></o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB>>Essentially you have created a URL that contains 2 "#" characters. I don't think that this is allowed.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB>This appears to be a feature of all 'Related Term' fields in the OWL export of our thesaurus.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB>So there are 1142 such cases.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB>So I could go to our vendor to query this feature of the OWL export option, or (possibly most expedient way out) I could ask you if any of the other export formats on offer would do instead.  Here is the full range:<o:p></o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB><img border=0 width=523 height=325 id="Picture_x0020_1" src="cid:image002.png@01D06E30.1AC2E450" alt="cid:image002.png@01D05CCC.CCB0FFA0"><o:p></o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB>What do you think?<o:p></o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB>Thanks for further help<o:p></o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB>Rachel<o:p></o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB>PLOS I OPEN FOR DISCOVERY<o:p></o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB>Rachel Drysdale Ph.D. I Taxonomy Manager<o:p></o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB>ORCID: 0000-0003-3037-0216<o:p></o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB>Carlyle House, Carlyle Road, Cambridge CB4 3DN | United Kingdom<o:p></o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB><a href="mailto:rdrysdale@plos.org">rdrysdale@plos.org</a> I Main +44 (0) 1223-442810<o:p></o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB>plos.org I Facebook I Twitter I Blog<o:p></o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoPlainText>-----Original Message-----<br>From: Ray Fergerson [<span lang=EN-GB><a href="mailto:ray.fergerson@stanford.edu"><span lang=EN-US>mailto:ray.fergerson@stanford.edu</span></a></span>] <br>Sent: 10 March 2015 21:43<br>To: Rachel Drysdale; <span lang=EN-GB><a href="mailto:support@bioontology.org"><span lang=EN-US>support@bioontology.org</span></a></span><br>Subject: RE: [bioontology-support] [BioPortal] Feedback from Rachel.Drysdale<span lang=EN-GB><o:p></o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB>Sorry for the long delay. We finally have this figured out.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB>The error in the file, that prevents parsing is:<o:p></o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB>----------<o:p></o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB>org.semanticweb.owlapi.rdf.rdfxml.parser.RDFParserException:<o:p></o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB>[line=121:column=41] IRI '#T#T8798' cannot be resolved against current<o:p></o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB>base IRI <a href="http://localhost/owlfiles/plosthes.2014-5/"><span style='color:windowtext;text-decoration:none'>http://localhost/owlfiles/plosthes.2014-5/</span></a> reason is: Illegal<o:p></o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB>character in fragment at index 2: #T#T8798<o:p></o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB>Validator has been updated to pick this up now. Passing to Ray Fergerson<o:p></o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB>for user contact.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB>----------------<o:p></o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB>Essentially you have created a URL that contains 2 "#" characters. I don't<o:p></o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB>think that this is allowed.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB>We have also fixed the problem with our validator. It is accessible at:<o:p></o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB><a href="http://bioportal.bioontology.org/validate_ontology_file"><span style='color:windowtext;text-decoration:none'>http://bioportal.bioontology.org/validate_ontology_file</span></a><o:p></o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB>This device should allow you to detect other errors in your ontology<o:p></o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB>before you submit it.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB>Ray<o:p></o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-GB><o:p> </o:p></span></p></div></body></html>