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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US">Hi Ray<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US">Apologies for delay<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US">I have just attempted to upload plosthes.2014-5.skos.xml<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US">I was not able to run it through your validator at
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoPlainText"><a href="http://bioportal.bioontology.org/validate_ontology_file"><span style="color:windowtext;text-decoration:none">http://bioportal.bioontology.org/validate_ontology_file</span></a><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US">because the upload dialog box seems to have dropped off….<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US">And as far as I can see uploading the file doesn’t seem to be be proceeding either, so here it is as an attachment.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US">How’s that?  </span>
<span style="font-family:Wingdings;mso-fareast-language:EN-US">J</span><span style="mso-fareast-language:EN-US"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US">Rachel<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#333333">PLOS</span></b><b><span lang="EN-US" style="font-family:"Arial",sans-serif;color:#333333">
</span></b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#333333">I</span><span lang="EN-US" style="font-family:"Arial",sans-serif;color:#333333">
</span><b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#333333">OPEN FOR DISCOVERY</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif;color:#333333"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">Rachel Drysdale Ph.D. I Taxonomy Manager<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">ORCID:
</span><a href="http://orcid.org/0000-0003-3037-0216" target="_blank" title="Your linked ORCID account"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F;text-decoration:none">0000-0003-3037-0216</span></a><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">Carlyle House, Carlyle Road, Cambridge CB4 3DN | United Kingdom</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif;color:#333333"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><a href="mailto:rdrysdale@plos.org"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">rdrysdale@plos.org</span></a><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">
 I </span><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">Main +44 (0) 1223-442810</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif;color:#333333"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><a href="http://www.plos.org/" target="_blank"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">plos.org</span></a><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">
 I </span><a href="http://www.facebook.com/PLoS.org" target="_blank"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">Facebook</span></a><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">
 I </span><a href="http://twitter.com/PLOS" target="_blank"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">Twitter</span></a><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">
 I </span><a href="http://blogs.plos.org/" target="_blank"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">Blog</span></a><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif;color:#333333"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F"><o:p> </o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US">From:</span></b><span lang="EN-US"> Ray Fergerson [mailto:ray.fergerson@stanford.edu]
<br>
<b>Sent:</b> 04 April 2015 01:04<br>
<b>To:</b> Rachel Drysdale; support@bioontology.org<br>
<b>Subject:</b> RE: [bioontology-support] [BioPortal] Feedback from Rachel.Drysdale<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="color:#1F497D">Rachel,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="color:#1F497D">There may be one more thing to try. If you can export as SKOS then you might be able to load this. Otherwise I will create a tracker item to delete your ontology.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="color:#1F497D">Ray <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><a name="_MailEndCompose"></a><span lang="EN-US" style="color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif">From:</span></b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif"> Rachel Drysdale [<a href="mailto:rdrysdale@plos.org">mailto:rdrysdale@plos.org</a>]
<br>
<b>Sent:</b> Tuesday, March 31, 2015 4:58 AM<br>
<b>To:</b> Ray Fergerson; <a href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a><br>
<b>Cc:</b> Rachel Drysdale<br>
<b>Subject:</b> RE: [bioontology-support] [BioPortal] Feedback from Rachel.Drysdale<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal">Hi Ray<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">I’ve looked into this a little and the structure is indeed very different from owl format of successfully posted ontologies such as
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/EDAM">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/EDAM</a><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Differences abound – lack of classes, business of representing URLs<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">That was educational, but it is beyond me to do anything about it, and it is not high on the list for our vendors (who are already working on a couple of things for us) though I’ve sent on my findings.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">I expect the vendor will rectify the export, but I am doubtful that it will be in a  timescale of days/weeks.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">In the meantime – I think we should take the PLOS thesaurus down as it does not look good from anyone’s perspective.  Is that going to be possible?  Apologies for inconvenience – I realise this is not ideal.  The only export formats on
 offer that match your specs were the two owl ones (neither obo nor UMLS available as an export option), so there is no alternative to try….or I would…<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">All best,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Rachel<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#333333">PLOS</span></b><b><span lang="EN-US" style="font-family:"Arial",sans-serif;color:#333333">
</span></b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#333333">I</span><span lang="EN-US" style="font-family:"Arial",sans-serif;color:#333333">
</span><b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#333333">OPEN FOR DISCOVERY</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif;color:#333333"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">Rachel Drysdale Ph.D. I Taxonomy Manager<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">ORCID:
</span><a href="http://orcid.org/0000-0003-3037-0216" target="_blank" title="Your linked ORCID account"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F;text-decoration:none">0000-0003-3037-0216</span></a><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">Carlyle House, Carlyle Road, Cambridge CB4 3DN | United Kingdom</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif;color:#333333"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><a href="mailto:rdrysdale@plos.org"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">rdrysdale@plos.org</span></a><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">
 I Main +44 (0) 1223-442810</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif;color:#333333"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><a href="http://www.plos.org/" target="_blank"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">plos.org</span></a><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">
 I </span><a href="http://www.facebook.com/PLoS.org" target="_blank"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">Facebook</span></a><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">
 I </span><a href="http://twitter.com/PLOS" target="_blank"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">Twitter</span></a><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">
 I </span><a href="http://blogs.plos.org/" target="_blank"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">Blog</span></a><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif;color:#333333"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F"><o:p> </o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US">From:</span></b><span lang="EN-US"> Ray Fergerson [<a href="mailto:ray.fergerson@stanford.edu">mailto:ray.fergerson@stanford.edu</a>]
<br>
<b>Sent:</b> 18 March 2015 21:53<br>
<b>To:</b> Rachel Drysdale; <a href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a><br>
<b>Subject:</b> RE: [bioontology-support] [BioPortal] Feedback from Rachel.Drysdale<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="color:#1F497D">Rachel,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="color:#1F497D">The content in the various download formats matches the content that is in the UI. Just browsing through the OWL file that you have uploaded, it does not appear to contain things identified as OWL
 classes (other than the four metaclasses). This is almost certainly an export problem.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="color:#1F497D">I agree that, as is, the ontology as loaded into BioPortal does not provide much value. With luck you get some help from you export experts. We can let it hang around for a while though to give you
 a chance to sort this out.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="color:#1F497D">Ray<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif">From:</span></b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif"> Rachel Drysdale [</span><a href="mailto:rdrysdale@plos.org"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif">mailto:rdrysdale@plos.org</span></a><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif">]
<br>
<b>Sent:</b> Wednesday, March 18, 2015 2:48 AM<br>
<b>To:</b> Ray Fergerson; </span><a href="mailto:support@bioontology.org"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif">support@bioontology.org</span></a><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif"><br>
<b>Cc:</b> Rachel Drysdale<br>
<b>Subject:</b> RE: [bioontology-support] [BioPortal] Feedback from Rachel.Drysdale<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal">Hi Ray,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">I’ve been in touch with the vendor about the export I uploaded and they will look into it.  It may be that it is relatively untested and something is bockety in it.  Shall we leave it up until they’ve had a chance to get back?<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">The downloads on your web page don’t download for me in a way that has content, not even the csv one, but at least the link to github provides access to xml and xlsx formats.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">If I can’t sort this out in a timescale of days/weeks maybe we should just take the page down – doesn’t look very good for either of us the way it is now does it.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">All best<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Rachel<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#333333">PLOS</span></b><b><span lang="EN-US" style="font-family:"Arial",sans-serif;color:#333333">
</span></b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#333333">I</span><span lang="EN-US" style="font-family:"Arial",sans-serif;color:#333333">
</span><b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#333333">OPEN FOR DISCOVERY</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif;color:#333333"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">Rachel Drysdale Ph.D. I Taxonomy Manager<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">ORCID:
</span><a href="http://orcid.org/0000-0003-3037-0216" target="_blank" title="Your linked ORCID account"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F;text-decoration:none">0000-0003-3037-0216</span></a><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">Carlyle House, Carlyle Road, Cambridge CB4 3DN | United Kingdom</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif;color:#333333"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><a href="mailto:rdrysdale@plos.org"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">rdrysdale@plos.org</span></a><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">
 I Main +44 (0) 1223-442810</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif;color:#333333"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><a href="http://www.plos.org/" target="_blank"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">plos.org</span></a><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">
 I </span><a href="http://www.facebook.com/PLoS.org" target="_blank"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">Facebook</span></a><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">
 I </span><a href="http://twitter.com/PLOS" target="_blank"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">Twitter</span></a><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">
 I </span><a href="http://blogs.plos.org/" target="_blank"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">Blog</span></a><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif;color:#333333"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F"><o:p> </o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US">From:</span></b><span lang="EN-US"> Ray Fergerson [</span><a href="mailto:ray.fergerson@stanford.edu"><span lang="EN-US">mailto:ray.fergerson@stanford.edu</span></a><span lang="EN-US">]
<br>
<b>Sent:</b> 17 March 2015 22:50<br>
<b>To:</b> Rachel Drysdale; </span><a href="mailto:support@bioontology.org"><span lang="EN-US">support@bioontology.org</span></a><span lang="EN-US"><br>
<b>Subject:</b> RE: [bioontology-support] [BioPortal] Feedback from Rachel.Drysdale<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="color:#1F497D">Have a look at how it appears in BioPortal. My guess from the names is that the things displayed as classes are actually some sort of metaclass.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="color:#1F497D"><br>
Ray<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif">From:</span></b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif"> Rachel Drysdale [</span><a href="mailto:rdrysdale@plos.org"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif">mailto:rdrysdale@plos.org</span></a><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif">]
<br>
<b>Sent:</b> Monday, March 16, 2015 10:53 AM<br>
<b>To:</b> Ray Fergerson; </span><a href="mailto:support@bioontology.org"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif">support@bioontology.org</span></a><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif"><br>
<b>Cc:</b> Rachel Drysdale<br>
<b>Subject:</b> RE: [bioontology-support] [BioPortal] Feedback from Rachel.Drysdale<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal">Hi Ray<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Yes those stats look odd.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">PLOSTHES is actually 10 tiers deep, with 11 top tier terms.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">It has 10961 ‘preferred’ (valid) terms.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Not sure what ‘Classes’ are in this context.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Hmmm<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Will have to do some homework<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">And see if the vendor has anything illuminating to say about the export.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Rachel<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#333333">PLOS</span></b><b><span lang="EN-US" style="font-family:"Arial",sans-serif;color:#333333">
</span></b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#333333">I</span><span lang="EN-US" style="font-family:"Arial",sans-serif;color:#333333">
</span><b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#333333">OPEN FOR DISCOVERY</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif;color:#333333"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">Rachel Drysdale Ph.D. I Taxonomy Manager<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">ORCID:
</span><a href="http://orcid.org/0000-0003-3037-0216" target="_blank" title="Your linked ORCID account"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F;text-decoration:none">0000-0003-3037-0216</span></a><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">Carlyle House, Carlyle Road, Cambridge CB4 3DN | United Kingdom</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif;color:#333333"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><a href="mailto:rdrysdale@plos.org"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">rdrysdale@plos.org</span></a><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">
 I Main +44 (0) 1223-442810</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif;color:#333333"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><a href="http://www.plos.org/" target="_blank"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">plos.org</span></a><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">
 I </span><a href="http://www.facebook.com/PLoS.org" target="_blank"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">Facebook</span></a><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">
 I </span><a href="http://twitter.com/PLOS" target="_blank"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">Twitter</span></a><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">
 I </span><a href="http://blogs.plos.org/" target="_blank"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">Blog</span></a><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif;color:#333333"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F"><o:p> </o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US">From:</span></b><span lang="EN-US"> Ray Fergerson [</span><a href="mailto:ray.fergerson@stanford.edu"><span lang="EN-US">mailto:ray.fergerson@stanford.edu</span></a><span lang="EN-US">]
<br>
<b>Sent:</b> 13 March 2015 23:59<br>
<b>To:</b> Rachel Drysdale; </span><a href="mailto:support@bioontology.org"><span lang="EN-US">support@bioontology.org</span></a><span lang="EN-US"><br>
<b>Subject:</b> RE: [bioontology-support] [BioPortal] Feedback from Rachel.Drysdale<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="color:#1F497D">Fixed. <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="color:#1F497D">Your ontology had a single error (an un-escaped less-than sign). We corrected this and submitted it and it now works properly. In the future though, when you resubmit a new version, you need to address
 the error.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">The line is 36,514 and the fix was to replace:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">usually <2 mm diameter<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">with<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">usually &lt;2 mm diameter<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Also note that your ontology has only 4 classes and 14785 individuals. Is this really what you want? My guess is that your exporter may be failing to produce OWL classes.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Ray<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif">From:</span></b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif"> Rachel Drysdale [</span><a href="mailto:rdrysdale@plos.org"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif">mailto:rdrysdale@plos.org</span></a><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif">]
<br>
<b>Sent:</b> Thursday, March 12, 2015 7:06 AM<br>
<b>To:</b> Ray Fergerson; </span><a href="mailto:support@bioontology.org"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif">support@bioontology.org</span></a><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif"><br>
<b>Cc:</b> Rachel Drysdale<br>
<b>Subject:</b> RE: [bioontology-support] [BioPortal] Feedback from Rachel.Drysdale<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal">Thanks very much for further help – OWL 2 export with .owl suffix seems to do the trick.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">There was some experimentation with export formats and suffixes to get to this stage, and I get the impression that running same file through validator twice can produce a ‘success’ result followed by a ‘fail’.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">I can’t figure out how to remove the ‘Erro Rdf’ rows – is there a way to do that? 
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Would be tidier, but at least the status is clear if that is impossible.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">To answer your other question, <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="color:#1F497D">>I am not familiar with this dialog box. From what application is it?<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">It is MAIstro which we license from Access Innovations (</span><a href="http://www.accessinn.com/"><span style="color:windowtext">www.accessinn.com/</span></a><cite><span style="font-family:"Calibri",sans-serif">)</span></cite><cite><span style="font-family:"Calibri",sans-serif;font-style:normal">,
 our vendors for this work.  MAIstro includes the taxonomy management sw plus rulebase for Machine Aided Indexing that we use to annotate content.<o:p></o:p></span></cite></p>
<p class="MsoNormal"><cite><span style="font-family:"Calibri",sans-serif;font-style:normal"><o:p> </o:p></span></cite></p>
<p class="MsoNormal"><cite><span style="font-family:"Calibri",sans-serif;font-style:normal">All best,<o:p></o:p></span></cite></p>
<p class="MsoNormal"><cite><span style="font-family:"Calibri",sans-serif;font-style:normal">Rachel<o:p></o:p></span></cite></p>
<p class="MsoNormal"><cite><span style="font-family:"Calibri",sans-serif;font-style:normal"><o:p> </o:p></span></cite></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#333333">PLOS</span></b><b><span lang="EN-US" style="font-family:"Arial",sans-serif;color:#333333">
</span></b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#333333">I</span><span lang="EN-US" style="font-family:"Arial",sans-serif;color:#333333">
</span><b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#333333">OPEN FOR DISCOVERY</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif;color:#333333"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">Rachel Drysdale Ph.D. I Taxonomy Manager<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">ORCID:
</span><a href="http://orcid.org/0000-0003-3037-0216" target="_blank" title="Your linked ORCID account"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F;text-decoration:none">0000-0003-3037-0216</span></a><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">Carlyle House, Carlyle Road, Cambridge CB4 3DN | United Kingdom</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif;color:#333333"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><a href="mailto:rdrysdale@plos.org"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">rdrysdale@plos.org</span></a><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">
 I Main +44 (0) 1223-442810</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif;color:#333333"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><a href="http://www.plos.org/" target="_blank"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">plos.org</span></a><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">
 I </span><a href="http://www.facebook.com/PLoS.org" target="_blank"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">Facebook</span></a><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">
 I </span><a href="http://twitter.com/PLOS" target="_blank"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">Twitter</span></a><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">
 I </span><a href="http://blogs.plos.org/" target="_blank"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">Blog</span></a><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif;color:#333333"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F"><o:p> </o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US">From:</span></b><span lang="EN-US"> Ray Fergerson [</span><a href="mailto:ray.fergerson@stanford.edu"><span lang="EN-US">mailto:ray.fergerson@stanford.edu</span></a><span lang="EN-US">]
<br>
<b>Sent:</b> 11 March 2015 21:08<br>
<b>To:</b> Rachel Drysdale; </span><a href="mailto:support@bioontology.org"><span lang="EN-US">support@bioontology.org</span></a><span lang="EN-US"><br>
<b>Subject:</b> RE: [bioontology-support] [BioPortal] Feedback from Rachel.Drysdale<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="color:#1F497D">I would suggest OWL2. The extension for such a file (OWL/RDF) should be “.owl” though and not “.txt”. I am not familiar with this dialog box. From what application is it? It doesn’t look like Protégé
 to me. If your native format is “.obo” then we can read that directly.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="color:#1F497D">Ray<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></b></p>
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US">From:</span></b><span lang="EN-US"> Ray Fergerson [</span><a href="mailto:ray.fergerson@stanford.edu"><span lang="EN-US">mailto:ray.fergerson@stanford.edu</span></a><span lang="EN-US">]
<br>
<b>Sent:</b> 11 March 2015 21:11<br>
<b>To:</b> Rachel Drysdale; </span><a href="mailto:support@bioontology.org"><span lang="EN-US">support@bioontology.org</span></a><span lang="EN-US"><br>
<b>Subject:</b> RE: [bioontology-support] [BioPortal] Feedback from Rachel.Drysdale<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="color:#1F497D">This is the same error (see RDF/XML below). The way the validator works is that it first tries to identify the file format from the extension. If this fails then it runs all possible parsers over
 the input. That is why you see the results from multiple parsers.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="color:#1F497D">The best way forward if the native format is OBO is just to submit the OBO file (with extension .obo). If the native format is something else then export as OWL 2, ensure that the extension is “.owl”
 and then validate this file.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="color:#1F497D">Ray<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif">From:</span></b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif"> Rachel Drysdale [</span><a href="mailto:rdrysdale@plos.org"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif">mailto:rdrysdale@plos.org</span></a><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif">]
<br>
<b>Sent:</b> Wednesday, March 11, 2015 9:42 AM<br>
<b>To:</b> Ray Fergerson; </span><a href="mailto:support@bioontology.org"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif">support@bioontology.org</span></a><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif"><br>
<b>Subject:</b> RE: [bioontology-support] [BioPortal] Feedback from Rachel.Drysdale<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal">PS I tried the OWL 2 export (came out as a .txt file) and uploaded that but still get “Error Rdf” statement and here is what validate_ontology produced<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><img border="0" width="444" height="480" id="_x0000_i1025" src="cid:image001.jpg@01D072B7.474AF220" alt="cid:image001.jpg@01D05CCC.CCB0FFA0"><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Any ideas?<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Rachel<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#333333">PLOS</span></b><b><span lang="EN-US" style="font-family:"Arial",sans-serif;color:#333333">
</span></b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#333333">I</span><span lang="EN-US" style="font-family:"Arial",sans-serif;color:#333333">
</span><b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#333333">OPEN FOR DISCOVERY</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif;color:#333333"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">Rachel Drysdale Ph.D. I Taxonomy Manager<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">ORCID:
</span><a href="http://orcid.org/0000-0003-3037-0216" target="_blank" title="Your linked ORCID account"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F;text-decoration:none">0000-0003-3037-0216</span></a><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">Carlyle House, Carlyle Road, Cambridge CB4 3DN | United Kingdom</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif;color:#333333"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><a href="mailto:rdrysdale@plos.org"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">rdrysdale@plos.org</span></a><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">
 I Main +44 (0) 1223-442810</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif;color:#333333"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><a href="http://www.plos.org/" target="_blank"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">plos.org</span></a><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">
 I </span><a href="http://www.facebook.com/PLoS.org" target="_blank"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">Facebook</span></a><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">
 I </span><a href="http://twitter.com/PLOS" target="_blank"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">Twitter</span></a><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">
 I </span><a href="http://blogs.plos.org/" target="_blank"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F">Blog</span></a><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif;color:#333333"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#7F7F7F"><o:p> </o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US">From:</span></b><span lang="EN-US"> Rachel Drysdale
<br>
<b>Sent:</b> 11 March 2015 15:02<br>
<b>To:</b> Ray Fergerson; </span><a href="mailto:support@bioontology.org"><span lang="EN-US">support@bioontology.org</span></a><span lang="EN-US"><br>
<b>Cc:</b> Rachel Drysdale<br>
<b>Subject:</b> RE: [bioontology-support] [BioPortal] Feedback from Rachel.Drysdale<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoPlainText">Hi Ray,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoPlainText"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoPlainText">>Essentially you have created a URL that contains 2 "#" characters. I don't think that this is allowed.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoPlainText"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoPlainText">This appears to be a feature of all 'Related Term' fields in the OWL export of our thesaurus.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoPlainText">So there are 1142 such cases.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoPlainText"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoPlainText">So I could go to our vendor to query this feature of the OWL export option, or (possibly most expedient way out) I could ask you if any of the other export formats on offer would do instead.  Here is the full range:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoPlainText"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoPlainText"><img border="0" width="523" height="325" id="Picture_x0020_1" src="cid:image002.png@01D072B7.474AF220" alt="cid:image002.png@01D05CCC.CCB0FFA0"><o:p></o:p></p>
<p class="MsoPlainText"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoPlainText">What do you think?<o:p></o:p></p>
<p class="MsoPlainText"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoPlainText">Thanks for further help<o:p></o:p></p>
<p class="MsoPlainText">Rachel<o:p></o:p></p>
<p class="MsoPlainText"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoPlainText">PLOS I OPEN FOR DISCOVERY<o:p></o:p></p>
<p class="MsoPlainText">Rachel Drysdale Ph.D. I Taxonomy Manager<o:p></o:p></p>
<p class="MsoPlainText">ORCID: 0000-0003-3037-0216<o:p></o:p></p>
<p class="MsoPlainText">Carlyle House, Carlyle Road, Cambridge CB4 3DN | United Kingdom<o:p></o:p></p>
<p class="MsoPlainText"><a href="mailto:rdrysdale@plos.org">rdrysdale@plos.org</a> I Main +44 (0) 1223-442810<o:p></o:p></p>
<p class="MsoPlainText">plos.org I Facebook I Twitter I Blog<o:p></o:p></p>
<p class="MsoPlainText"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoPlainText"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoPlainText"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoPlainText"><span lang="EN-US">-----Original Message-----<br>
From: Ray Fergerson [</span><a href="mailto:ray.fergerson@stanford.edu"><span lang="EN-US">mailto:ray.fergerson@stanford.edu</span></a><span lang="EN-US">]
<br>
Sent: 10 March 2015 21:43<br>
To: Rachel Drysdale; </span><a href="mailto:support@bioontology.org"><span lang="EN-US">support@bioontology.org</span></a><span lang="EN-US"><br>
Subject: RE: [bioontology-support] [BioPortal] Feedback from Rachel.Drysdale</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoPlainText"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoPlainText">Sorry for the long delay. We finally have this figured out.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoPlainText"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoPlainText">The error in the file, that prevents parsing is:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoPlainText"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoPlainText">----------<o:p></o:p></p>
<p class="MsoPlainText">org.semanticweb.owlapi.rdf.rdfxml.parser.RDFParserException:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoPlainText">[line=121:column=41] IRI '#T#T8798' cannot be resolved against current<o:p></o:p></p>
<p class="MsoPlainText">base IRI <a href="http://localhost/owlfiles/plosthes.2014-5/">
<span style="color:windowtext;text-decoration:none">http://localhost/owlfiles/plosthes.2014-5/</span></a> reason is: Illegal<o:p></o:p></p>
<p class="MsoPlainText">character in fragment at index 2: #T#T8798<o:p></o:p></p>
<p class="MsoPlainText">Validator has been updated to pick this up now. Passing to Ray Fergerson<o:p></o:p></p>
<p class="MsoPlainText">for user contact.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoPlainText">----------------<o:p></o:p></p>
<p class="MsoPlainText"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoPlainText">Essentially you have created a URL that contains 2 "#" characters. I don't<o:p></o:p></p>
<p class="MsoPlainText">think that this is allowed.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoPlainText"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoPlainText">We have also fixed the problem with our validator. It is accessible at:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoPlainText"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoPlainText"><a href="http://bioportal.bioontology.org/validate_ontology_file"><span style="color:windowtext;text-decoration:none">http://bioportal.bioontology.org/validate_ontology_file</span></a><o:p></o:p></p>
<p class="MsoPlainText"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoPlainText">This device should allow you to detect other errors in your ontology<o:p></o:p></p>
<p class="MsoPlainText">before you submit it.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoPlainText"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoPlainText">Ray<o:p></o:p></p>
<p class="MsoPlainText"><o:p> </o:p></p>
</div>
</body>
</html>