<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=utf-8" http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <div class="moz-cite-prefix">Le 03/09/2015 23:55, Ray Fergerson a
      écrit :<br>
    </div>
    <blockquote
cite="mid:BLUPR02MB2430725F14512B4C964E3AECB680@BLUPR02MB243.namprd02.prod.outlook.com"
      type="cite">
      <pre wrap="">I am not seeing any error with the classes view or with the purl. Is this still happening for you?
</pre>
    </blockquote>
    yes, I am getting an error message:<br>
    <br>
    <h1 style="padding: 0px; margin: 0px; font-size: 20.8px;
      font-weight: normal; color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'Myriad
      Pro', 'Myriad Web Pro', 'Myriad Web', Myriad, 'Trebuchet MS',
      Tahoma, Helvetica, Arial, sans-serif; font-style: normal;
      font-variant: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto;
      text-align: center; text-indent: 0px; text-transform: none;
      white-space: normal; widows: 1; word-spacing: 0px;
      -webkit-text-stroke-width: 0px;">We're sorry but something has
      gone wrong. We have been notified of this error.</h1>
    <br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:BLUPR02MB2430725F14512B4C964E3AECB680@BLUPR02MB243.namprd02.prod.outlook.com"
      type="cite">
      <pre wrap="">
Ray

-----Original Message-----
From: Nicolas Rodriguez [<a class="moz-txt-link-freetext" href="mailto:rodriguezn@babraham.ac.uk">mailto:rodriguezn@babraham.ac.uk</a>] 
Sent: Thursday, September 3, 2015 3:07 AM
To: Ray Fergerson; <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a>; Nicolas Rodriguez
Subject: Re: [bioontology-support] [BioPortal] Feedback from Nicolas Le Novere

On 01/09/15 21:48, Ray Fergerson wrote:
</pre>
      <blockquote type="cite">
        <pre wrap="">Hummm. It appears that my change got lost somehow. Either that or I just bungled it. I have changed it again. I'll check that it gets updated tonight.
</pre>
      </blockquote>
      <pre wrap="">
The summary page seems to be good now, I can see the new submission and the owl seems to be the right one.

Although, now there is an error when I try to go to the classes view.
That might be du to the fact that we are getting an error when trying to access the PURL at <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://purl.bioontology.org/ontology/MAMO">http://purl.bioontology.org/ontology/MAMO</a>.

Speaking about PURL, we updated <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://purl.obolibrary.org/obo/mamo.owl">http://purl.obolibrary.org/obo/mamo.owl</a>
and it now point to the latest svn version so should always be valid.

Thanks,
Nico

</pre>
      <blockquote type="cite">
        <pre wrap="">

-----Original Message-----
From: Nicolas Rodriguez [<a class="moz-txt-link-freetext" href="mailto:rodriguezn@babraham.ac.uk">mailto:rodriguezn@babraham.ac.uk</a>]
Sent: Tuesday, September 1, 2015 3:50 AM
To: Ray Fergerson; <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a>; Nicolas Rodriguez
Subject: Re: [bioontology-support] [BioPortal] Feedback from Nicolas 
Le Novere

On 28/08/15 21:25, Ray Fergerson wrote:
</pre>
        <blockquote type="cite">
          <pre wrap="">OK, I switched the link. With luck the latest version should show up in a few hours.
</pre>
        </blockquote>
        <pre wrap="">It seems that there are still no changes on bioportal.
If I load
<a class="moz-txt-link-freetext" href="https://svn.code.sf.net/p/mamo-ontology/code/tags/latest/mamo-xml.owl">https://svn.code.sf.net/p/mamo-ontology/code/tags/latest/mamo-xml.owl</a> on Protege, I have 98 classes with 4 top level 'branch'.

At the moment,
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/MAMO/?p=summary">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/MAMO/?p=summary</a> show only 19 classes.
And it does not show any new submissions, it is still the one from august 20.

</pre>
        <blockquote type="cite">
          <pre wrap="">As you discovered, the ontologies.txt file is maintained by another group. They are in the process of switching away from ontologies.txt to another file but it won't hurt to exist there as well. Ideally you would get yourselves installed in both files.
</pre>
        </blockquote>
        <pre wrap="">ontologies.txt is read only now so no chances to update our information there. I am in contact with them to update the github based information.
</pre>
        <blockquote type="cite">
          <pre wrap="">Let me know if this doesn't show up by Monday.

Ray

-----Original Message-----
From: Nicolas Rodriguez [<a class="moz-txt-link-freetext" href="mailto:rodriguezn@babraham.ac.uk">mailto:rodriguezn@babraham.ac.uk</a>]
Sent: Friday, August 28, 2015 3:53 AM
To: Ray Fergerson; <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a>; Nicolas Rodriguez
Subject: Re: [bioontology-support] [BioPortal] Feedback from Nicolas 
Le Novere

On 28/08/15 10:40, Nicolas Rodriguez wrote:
</pre>
          <blockquote type="cite">
            <pre wrap="">On 28/08/15 09:56, Nicolas Rodriguez wrote:
</pre>
            <blockquote type="cite">
              <pre wrap="">Hi Ray,

On 26/08/15 23:03, Ray Fergerson wrote:
</pre>
              <blockquote type="cite">
                <pre wrap="">Nicolas,

OK, I think that I know what went wrong. We have been updating all 
ontology sources to use the download link from the latest OBO 
Foundry "ontologies.txt" files. This file is available at:

<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://obo-registry.googlecode.com/svn/trunk/metadata/ontologies.t">http://obo-registry.googlecode.com/svn/trunk/metadata/ontologies.t</a>
x
t

As you can see, this file indicates that the latest version of 
MAMO is downloadable at:

<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://sourceforge.net/p/mamo-ontology/code/13/tree/trunk/mamo-xml">http://sourceforge.net/p/mamo-ontology/code/13/tree/trunk/mamo-xml</a>.
o
wl

In most cases for OBO ontologies, updating to the ontologies.txt 
download link is the right thing to do and gets the correct file.
Perhaps for you this link is out of date for some reason.
</pre>
              </blockquote>
              <pre wrap="">Here is the correct link that should be used to always get the 
latest release of mamo:

<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://sourceforge.net/p/mamo-ontology/code/tags/latest/mamo-xml.ow">http://sourceforge.net/p/mamo-ontology/code/tags/latest/mamo-xml.ow</a>
l

</pre>
            </blockquote>
          </blockquote>
          <pre wrap="">Sorry I made a mistake, the direct link to the file is:

<a class="moz-txt-link-freetext" href="https://svn.code.sf.net/p/mamo-ontology/code/tags/latest/mamo-xml.owl">https://svn.code.sf.net/p/mamo-ontology/code/tags/latest/mamo-xml.owl</a>

</pre>
          <blockquote type="cite">
            <blockquote type="cite">
              <pre wrap="">Could you replace the current version with this one ?

Is it enough to write it here to have the link updated in 
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://obo-registry.googlecode.com/svn/trunk/metadata/ontologies.tx">http://obo-registry.googlecode.com/svn/trunk/metadata/ontologies.tx</a>
t or do I have to write to an other email address.

</pre>
            </blockquote>
            <pre wrap="">I had a look at the OBO Foundry web site and sent a link to the 
obo-discuss mailing list to ask to have an update of the link.

I guess very soon you will have to use one of the registry file in 
<a class="moz-txt-link-freetext" href="https://github.com/OBOFoundry/OBOFoundry.github.io/blob/master/regis">https://github.com/OBOFoundry/OBOFoundry.github.io/blob/master/regis</a>
t r y as the google code project is read only and cannot be updated 
any more.


</pre>
            <blockquote type="cite">
              <pre wrap="">Thanks,
Nico

</pre>
              <blockquote type="cite">
                <pre wrap="">Best would be if you could provide us by email a URL where we 
could always get the latest version of MAMO. It would be wise to 
have the ontologies.txt file updated as well. This would require 
contacting the OBO team that manages this file. This later would 
prevent any additional confusion.

If there is no URL for the latest version then we can shift you 
over to "manual" update and you can upload the file whenever you would like.

Ray

-----Original Message-----

From: Nicolas Le Novere [<a class="moz-txt-link-freetext" href="mailto:n.lenovere@gmail.com">mailto:n.lenovere@gmail.com</a>]
Sent: Wednesday, August 26, 2015 2:48 PM
To: Ray Fergerson; <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a>; Nicolas Rodriguez
Subject: Re: [bioontology-support] [BioPortal] Feedback from 
Nicolas Le Novere

Dear Ray,

It seems the OWL file has been chopped severely. You can see it by 
comparing the current one with the previous version. I am also a 
bit puzzled by the dates. Two submissions are dated "2015-04-18".
But their upload dates are different. While one is indeed from 
04/18/2015, the other is from 08/20/2015.

I attach the latest version that should have been the one uploaded 
on 08/20/2015.
(Nico, this is the one from the directory "tags/latest/mamo-xml.owl"
Is this correct?)

Best regards

On 26/08/15 22:37, Ray Fergerson wrote:
</pre>
                <blockquote type="cite">
                  <pre wrap="">After a small amount of poking around, I cannot see any problem.
Can you point me to what is missing? Are there classes in the OWL 
file that are not being displayed? If so, can you name a couple?

Thanks.

Ray

*From:*bioontology-support
[<a class="moz-txt-link-freetext" href="mailto:bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu">mailto:bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu</a>] *On 
Behalf Of *support@bioontology.org
*Sent:* Wednesday, August 26, 2015 2:28 AM
*To:* <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a>; <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:n.lenovere@gmail.com">n.lenovere@gmail.com</a>
*Subject:* [bioontology-support] [BioPortal] Feedback from 
Nicolas Le Novere

Name: Nicolas Le Novere

Email: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:n.lenovere@gmail.com">n.lenovere@gmail.com</a> <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:n.lenovere@gmail.com"><mailto:n.lenovere@gmail.com></a>

Location:
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/MAMO?p=classes">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/MAMO?p=classes</a>


*Feedback:*

There is a problem with the parsing of the Mathematical Modelling 
Ontology (MAMO) 
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/MAMO?p=classes">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/MAMO?p=classes</a>

Only some branches appear.

</pre>
                </blockquote>
              </blockquote>
            </blockquote>
          </blockquote>
        </blockquote>
      </blockquote>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>