<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div class="">Hello Roberto,</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<br class="">
<div>
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Sep 14, 2015, at 2:03 AM, <a href="mailto:roberto.mosca@thomsonreuters.com" class="">
roberto.mosca@thomsonreuters.com</a> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Dear Jennifer,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">thanks for your answer and for your help! Based on what you say I believe the following query</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="http://data.bioontology.org/search?q=autosomal+dominant+form&also_search_obsolete=True&ontologies=HP" class="">http://data.bioontology.org/search?q=autosomal+dominant+form&also_search_obsolete=True&ontologies=HP</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">should also return the entry</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">"<a href="http://purl.obolibrary.org/obo/HP_0000113" class="">http://purl.obolibrary.org/obo/HP_0000113</a>”</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">which has the following definition</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><span class="prop" style="font-weight: bold; font-family: monospace; font-size: 14.3px; white-space: pre-wrap; widows: 1;">definition<span class="q" style="display: inline-block; width: 0px; color: transparent;">"</span></span><span style="font-family: monospace; font-size: 14.3px; white-space: pre-wrap; widows: 1;" class="">:
 [</span>
<ul class="array collapsible" style="list-style: none; margin: 0px 0px 0px 2em; padding: 0px; font-family: monospace; font-size: 14.3px; white-space: pre-wrap; widows: 1;">
<li style="position: relative;" class=""><span class="string" style="color: green;">"The presence of multiple cysts in both kidneys."</span>,</li><li style="position: relative;" class=""><span class="string" style="color: green;">"Polycystic kidney disease (PKD) is a leading cause of end-stage renal disease. Most commonly, PKD arises as an inherited trait. Tremendous enlargement of both kidneys is characteristic
 of the <b class="">autosomal dominant form</b> of PKD, with up to hundreds or thousands of renal cysts. This term does not refer to the disease entity but rather to the finding of numerous cysts in both kidneys."</span></li></ul>
<span style="font-family: monospace; font-size: 14.3px; white-space: pre-wrap; widows: 1;" class="">],</span></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Nevertheless, this entry is not in the set of results returned by the previous query.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Is it correct? Did I misinterpret the way the search function works?</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<div>No, you didn’t misinterpret the search functionality.  You are correct that the result set should include the entry you listed above.  This is a bug on our side and I will file an issue today.  In the mean time (as a workaround) you could add the “also_search_properties”
 parameter to the query string.  This will generate a result set that includes the entry above, e.g.:</div>
<div><br class="">
</div>
<div><a href="http://data.bioontology.org/search?q=autosomal+dominant+form&also_search_obsolete=True&ontologies=HP&also_search_properties=true" class="">http://data.bioontology.org/search?q=autosomal+dominant+form&also_search_obsolete=True&ontologies=HP&also_search_properties=true</a></div>
<div><br class="">
</div>
<div>Best,</div>
<div>Jennifer</div>
<div><br class="">
</div>
<br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">
<div class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On 12 Sep 2015, at 00:56, Jennifer Leigh Vendetti <<a href="mailto:vendetti@stanford.edu" class="">vendetti@stanford.edu</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Hello Roberto,
<div class=""><br class="">
<div class=""><br class="">
<div class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Sep 10, 2015, at 1:14 AM, <a href="mailto:roberto.mosca@thomsonreuters.com" class="">
roberto.mosca@thomsonreuters.com</a> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div class="">any news on this issue?</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Apologies for the late reply.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div class="">
<div style="" class="">
<blockquote type="cite" class="">Name: Roberto Mosca<br class="">
<div class="">
<div class="">
<p class="">Email: <a href="mailto:roberto.mosca@thomsonreuters.com" class="">roberto.mosca@thomsonreuters.com</a>
</p>
<p class="">Location: <a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/HP?p=classes&conceptid=http%3A%2F%2Fpurl.obolibrary.org%2Fobo%2FHP_0000006" class="">
http://bioportal.bioontology.org/ontologies/HP?p=classes&conceptid=http%3A%2F%2Fpurl.obolibrary.org%2Fobo%2FHP_0000006</a>
</p>
<p class=""><br class="">
<strong class="">Feedback:</strong> </p>
<p class="">Dear Support,</p>
<p class="">I have a question about the REST API. When doing a search through the search API (/search?q=) which fields are specifically searched? For example, is the "description" used for the search? Is it just the prefLabel? Do you also search in the "synonym"?</p>
<div class=""><br class="">
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">The default set of fields used for searches are class id, prefLabel, synonym, definition, notation, cui, and semanticType.</div>
<br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div class="">
<div style="" class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">
<div class="">
<p class="">I think listing the fields that are actually searched would be a nice addition to the documentation :)</p>
<div class=""><br class="">
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Thanks for the suggestion.  I’ll enter an issue today to get the documentation updated.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Best,</div>
<div class="">Jennifer</div>
<div class=""><br class="">
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</body>
</html>