<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
<meta name="Generator" content="Microsoft Word 14 (filtered medium)">
<style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman","serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
p
        {mso-style-priority:99;
        mso-margin-top-alt:auto;
        margin-right:0in;
        mso-margin-bottom-alt:auto;
        margin-left:0in;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman","serif";}
span.EmailStyle18
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-family:"Calibri","sans-serif";}
@page WordSection1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>
<body lang="EN-US" link="blue" vlink="purple">
<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Search won’t be faster. We load the file from wherever and then create a local index. Searches always go against the index.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Ray<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><a name="_MailEndCompose"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></a></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> bioontology-support [mailto:bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu]
<b>On Behalf Of </b>sridevi polavaram<br>
<b>Sent:</b> Monday, September 21, 2015 2:03 PM<br>
<b>To:</b> Jennifer Leigh Vendetti<br>
<b>Cc:</b> bioontology-support@lists.stanford.edu<br>
<b>Subject:</b> Re: [bioontology-support] How to handle imported ontologies on bioportal<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p>Got it! Would locally imported ontologies make auto complete search faster than Web imported ones?<br>
Thank you<br>
Sridevi<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">On Sep 21, 2015 1:59 PM, "Jennifer Leigh Vendetti" <<a href="mailto:vendetti@stanford.edu">vendetti@stanford.edu</a>> wrote:<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">Hello Sridevi, <o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">If you want to upload an ontology with local imports, you need to create a ZIP file that contains your main ontology file, along with all of the imported ontology files.  In addition, your ZIP file must have the same name as the main ontology
 file so that BioPortal knows which ontology is the one you’re trying to upload.  For example:<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">my_ontology.zip (the ZIP file you create with the same name as your main ontology file)<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">- my_ontology.owl (the main ontology file)<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">- imported_ontology_1.owl<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">- imported_ontology_2.owl<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">- imported_ontology_3.owl<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">… etc.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Jennifer<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<div>
<p class="MsoNormal">On Sep 17, 2015, at 11:57 AM, sridevi polavaram <<a href="mailto:spolavar@gmail.com" target="_blank">spolavar@gmail.com</a>> wrote:<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Hi All, <o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"> I need some guidance on how to upload ontologies that import from local files. Because, I believe my recent upload (<a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/NMOBR" target="_blank">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/NMOBR</a>)
 didn't work due to imported ontologies. <br>
<br>
 Should i upload all local ontologies together? Instead of referring to local files i even tried importing directly from bioportal (e.g., 
<a href="http://purl.bioontology.org/ontology/NMOSP" target="_blank">http://purl.bioontology.org/ontology/NMOSP )</a> but got an error!
<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">I would appreciate if you can provide some examples in this regard.
<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Thank you<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">Sridevi<br>
<br>
<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">On Wed, Sep 16, 2015 at 3:53 PM, sridevi polavaram <<a href="mailto:spolavar@gmail.com" target="_blank">spolavar@gmail.com</a>> wrote:<o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Hi Ray, <o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"> I have uploaded a new ontology of brain regions to bioportal at
<a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/NMOBR" target="_blank">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/NMOBR</a><o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">But the parsing didn't go through. Can you please help me figure out what is going on here? I am able to open this file and test in protege 4.3.
<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal">Thank you<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#888888">Sridevi<o:p></o:p></span></p>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#888888"><o:p> </o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><o:p> </o:p></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal">_______________________________________________<br>
bioontology-support mailing list<br>
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" target="_blank">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br>
<a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" target="_blank">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a><o:p></o:p></p>
</div>
</blockquote>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>