<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
<meta name="Generator" content="Microsoft Word 14 (filtered medium)">
<style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
@font-face
        {font-family:"Lucida Sans Unicode";
        panose-1:2 11 6 2 3 5 4 2 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman","serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
p
        {mso-style-priority:99;
        mso-margin-top-alt:auto;
        margin-right:0in;
        mso-margin-bottom-alt:auto;
        margin-left:0in;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman","serif";}
p.MsoAcetate, li.MsoAcetate, div.MsoAcetate
        {mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Balloon Text Char";
        margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:8.0pt;
        font-family:"Tahoma","sans-serif";}
span.EmailStyle19
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
span.BalloonTextChar
        {mso-style-name:"Balloon Text Char";
        mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Balloon Text";
        font-family:"Tahoma","sans-serif";}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-family:"Calibri","sans-serif";}
@page WordSection1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>
<body lang="EN-US" link="blue" vlink="purple">
<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><a href="http://data.bioontology.org/search?q=OPB:OPB_01023&ontologies=OPB&include=prefLabel,synonym,definition,notation,cui,semanticType,properties&apikey=c4192e4b-88a8-4002-ad08-b4636c88df1a&also_search_properties=true">http://data.bioontology.org/search?q=OPB:OPB_01023&ontologies=OPB&include=prefLabel,synonym,definition,notation,cui,semanticType,properties&apikey=c4192e4b-88a8-4002-ad08-b4636c88df1a&also_search_properties=true</a><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">You have two errors. The first is that the search string must include the “OPB:” prefix because it is included in the property value. See above.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><br>
The second is more subtle. The “include=” defines what information about the class is returned. It does not specify what properties are searched. To specify to search properties you need the “also_search_properties” parameter, as seen above.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Ray<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><a name="_MailEndCompose"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></a></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> Maxwell Neal [mailto:maxneal@gmail.com]
<br>
<b>Sent:</b> Friday, September 25, 2015 6:45 PM<br>
<b>To:</b> Ray Fergerson<br>
<b>Cc:</b> support@bioontology.org; mneal@uw.edu<br>
<b>Subject:</b> Re: [bioontology-support] [BioPortal] Feedback from Maxwell Neal<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">Hi Ray,<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Thanks for the response. If retrieving classes by their fragment is possible when you include all properties, then I'm still confused why my REST calls are turning up empty. For example, when I send this call<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><a href="http://data.bioontology.org/search?q=OPB_01023&ontologies=OPB&include=prefLabel,synonym,definition,notation,cui,semanticType,properties&apikey=c4192e4b-88a8-4002-ad08-b4636c88df1a">http://data.bioontology.org/search?q=OPB_01023&ontologies=OPB&include=prefLabel,synonym,definition,notation,cui,semanticType,properties&apikey=c4192e4b-88a8-4002-ad08-b4636c88df1a</a><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I get the following JSON response:<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">{<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">"page": 1,<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">"pageCount": 0,<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">"prevPage": null,<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">"nextPage": null,<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">-"links": {<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">"nextPage": "<a href="http://data.bioontology.org/search?q=OPB_01023&ontologies=OPB&include=prefLabel%2Csynonym%2Cdefinition%2Cnotation%2Ccui%2CsemanticType%2Cproperties&apikey=c4192e4b-88a8-4002-ad08-b4636c88df1a&display=prefLabel%2Csynonym%2Cdefinition%2Cnotation%2Ccui%2CsemanticType%2Cproperties&page=2">http://data.bioontology.org/search?q=OPB_01023&ontologies=OPB&include=prefLabel%2Csynonym%2Cdefinition%2Cnotation%2Ccui%2CsemanticType%2Cproperties&apikey=c4192e4b-88a8-4002-ad08-b4636c88df1a&display=prefLabel%2Csynonym%2Cdefinition%2Cnotation%2Ccui%2CsemanticType%2Cproperties&page=2</a>",<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">"prevPage": null<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">},<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">"collection": [ ]<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">}<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Any help is appreciated.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Many thanks,<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">M<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">On Fri, Sep 25, 2015 at 6:17 PM, Ray Fergerson <<a href="mailto:rayferg@stanford.edu" target="_blank">rayferg@stanford.edu</a>> wrote:<o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">If you search for:
</span><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Lucida Sans Unicode","sans-serif";color:#666699;background:white">OPB:OPB_00528 and include all properties, this class is found. We don’t distinguish punctuation in search and thus the “word” available to the
 search index is the entire string.</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Lucida Sans Unicode","sans-serif";color:#666699;background:white"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Lucida Sans Unicode","sans-serif";color:#666699;background:white">Ray</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><a name="1500697563124834__MailEndCompose"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span></a><o:p></o:p></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> bioontology-support [mailto:<a href="mailto:bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu" target="_blank">bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu</a>]
<b>On Behalf Of </b><a href="mailto:support@bioontology.org" target="_blank">support@bioontology.org</a><br>
<b>Sent:</b> Thursday, September 24, 2015 8:04 PM<br>
<b>To:</b> <a href="mailto:support@bioontology.org" target="_blank">support@bioontology.org</a>;
<a href="mailto:mneal@uw.edu" target="_blank">mneal@uw.edu</a><br>
<b>Subject:</b> [bioontology-support] [BioPortal] Feedback from Maxwell Neal</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
<p>Name: Maxwell Neal <o:p></o:p></p>
<p>Email: <a href="mailto:mneal@uw.edu" target="_blank">mneal@uw.edu</a> <o:p></o:p></p>
<p>Location: <a href="http://bioportal.bioontology.org/" target="_blank">http://bioportal.bioontology.org/</a>
<o:p></o:p></p>
<p><br>
<strong>Feedback:</strong> <o:p></o:p></p>
<p>Hello,<o:p></o:p></p>
<p>I am using the BioPortal REST API to perform searches over classes in specific ontologies and I've found that searches using the fragment of class URIs don't return the class. For example, if I search for OPB_01023, I do not get any results, even though
 OPB:OPB_01023 is an existing class URI in the Ontology of Physics for Biology. I've tried to use all the different available values in the "include" parameter to no avail. Is it possible to retrieve classes using URI fragments with the REST search function?<o:p></o:p></p>
<p>Many thanks,<o:p></o:p></p>
<p>Max <o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
</div>
</body>
</html>