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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">I’m not the expert on the UMLS broader and narrower concepts. It could just be that these have weaker semantics than is-a and thus is-a should automatically
 be considered to be “narrorwer than”, even without an explicit statement to that effect. My guess would be that ontologies with stronger semantics are modeled in UMLS with is-a and those with less well defined semantics get “narrower” but that both relations
 are not used in the same ontology. This is really just my guess though.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">I don’t know how the UMLS browser decides what to put in the report view. I generally use the basic view because it tells me what I want to know…<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Ray
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><a name="_MailEndCompose"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></a></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> Brian Cajes [mailto:brian.cajes@regeneron.com]
<br>
<b>Sent:</b> Friday, October 2, 2015 5:48 AM<br>
<b>To:</b> Ray Fergerson; support@bioontology.org<br>
<b>Subject:</b> Re: <External> RE: Squamous cell carcinoma child relationships<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:black">Great, thank you Ray, I see it now in the "raw view”.  I find it odd that these "isa" relationships are not reflected as broader (RB) and narrower (RN) relationships
 in MTH and in the Report View of the UMLS browser.  Do you have any insight as to why this is the case?<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:black"><o:p> </o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:black">Thanks,<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:black">Brian<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:black"><o:p> </o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:black"><o:p> </o:p></span></p>
</div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:black">From:
</span></b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:black">Ray Fergerson <<a href="mailto:rayferg@stanford.edu">rayferg@stanford.edu</a>><br>
<b>Date: </b>Thursday, October 1, 2015 at 7:18 PM<br>
<b>To: </b>Brian Cajes <<a href="mailto:brian.cajes@regeneron.com">brian.cajes@regeneron.com</a>>, "<a href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a>" <<a href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a>><br>
<b>Subject: </b><External> RE: Squamous cell carcinoma child relationships<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:black"><o:p> </o:p></span></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Brian,</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">When I go to the UMLS browser, and look up the “skin of face” class in SNOMED US in the “basic view” and then expand the “relations” section, the very first
 one I see is:</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
<table class="MsoNormalTable" border="0" cellspacing="0" cellpadding="0" style="border-collapse:collapse">
<tbody>
<tr>
<td valign="top" style="padding:0in 0in 0in 0in">
<table class="MsoNormalTable" border="0" cellspacing="0" cellpadding="0" style="border-collapse:collapse">
<tbody>
<tr>
<td valign="top" style="padding:0in 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Arial Unicode MS","sans-serif"">CHD | isa | SNOMEDCT_US | Squamous cell carcinoma of skin | </span><o:p></o:p></p>
</td>
<td valign="top" style="padding:0in 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Arial Unicode MS","sans-serif""><a href="javascript:;"><span style="color:#0000AA">C0553723</span></a></span><o:p></o:p></p>
</td>
</tr>
</tbody>
</table>
</td>
</tr>
</tbody>
</table>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">This is where we got the relation that we display.</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Ray</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:black">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:black"> bioontology-support [<a href="mailto:bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu">mailto:bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu</a>]
<b>On Behalf Of </b>Brian Cajes<br>
<b>Sent:</b> Thursday, October 1, 2015 3:44 PM<br>
<b>To:</b> <a href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a><br>
<b>Subject:</b> [bioontology-support] Squamous cell carcinoma child relationships</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"> <o:p></o:p></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:black">Hello, attached is a screenshot of the hierarchy for Squamous cell carcinoma.  We can see from this hierarchy that "Squamous cell carcinoma of skin of face" is
 a child of "Squamous cell carcinoma”.  When we inspect the relationship from the UMLS dataset we do not see this hierarchy present in any of the ontologies.  Can you inform as as to how this relationship was derived and from what data sources?</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:black"> </span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:black">Thanks,</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:black">Brian</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:black">Data Architect, Regeneron Genetics Center</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<div class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:black">
<hr size="2" width="100%" align="center">
</span></div>
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</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:black">
<hr size="2" width="100%" align="center">
</span></div>
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