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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">We produce the CSV and RDF files. We do not read them in. There is no standard way to encode an ontology in CSV so we don’t try to load these. There may be
 some support in Protégé for creating an ontology (an OWL file) from a CSV.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Ray<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><a name="_MailEndCompose"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></a></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> bioontology-support [mailto:bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu]
<b>On Behalf Of </b>Kamalanathan Venkatesan<br>
<b>Sent:</b> Tuesday, October 6, 2015 2:36 AM<br>
<b>To:</b> support@bioontology.org<br>
<b>Subject:</b> [bioontology-support] Fwd: Formal request from us to share your NCBO Virtual Appliance<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.5pt">Hello Bioontology Support,</span><o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I got the VM, it worked like a charm, thanks for your support.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Am not sure if am writing to the correct person or should I mail to  s<a href="mailto:support@bioontology.org" target="_blank"><span style="font-size:9.5pt">upport@bioontology.org</span></a><span style="font-size:9.5pt">. After gothroughing
 the web link,  </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.5pt"><a href="http://www.bioontology.org/wiki/index.php/Importing_UMLS_To_Virtual_Appliance" target="_blank">http://www.bioontology.org/wiki/index.php/Importing_UMLS_To_Virtual_Appliance</a> we see <b>'.ttl'</b> files
 avaialble on <a href="http://bioportal.bioontology.org/" target="_blank">http://bioportal.bioontology.org/</a> is the only option to generate ontology files required for VM appliance. How ever we see CSV and RDF are also available for download from <a href="http://bioportal.bioontology.org/" target="_blank">http://bioportal.bioontology.org/</a>,
 but looks like we don't have an option to import these formats into the VM appliance.</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.5pt">I strongly believe there must be an option to import the CSV, could you please help us?</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.5pt">-Kamal.</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">On Thu, Oct 1, 2015 at 3:18 AM, Ray Fergerson <<a href="mailto:rayferg@stanford.edu" target="_blank">rayferg@stanford.edu</a>> wrote:<o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;text-autospace:none">
<span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:black"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;text-autospace:none">
<span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:black">Thanks, you now have access to the page with the download link and documentation link:
<br>
<a href="http://bioportal.bioontology.org/virtual_appliance" target="_blank"><span style="color:black;text-decoration:none">http://bioportal.bioontology.org/virtual_appliance</span></a>
</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;text-autospace:none">
<span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:black"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;text-autospace:none">
<span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:black">For any questions about the installation or ontology population process, please email
<a href="mailto:support@bioontology.org" target="_blank">support@bioontology.org</a>.
</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Ray</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><a name="150382504d4f457e_150203a65636fe7a__MailE"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span></a><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> Kamalanathan Venkatesan [mailto:<a href="mailto:kamal@biginfolabs.com" target="_blank">kamal@biginfolabs.com</a>]
<br>
<b>Sent:</b> Tuesday, September 29, 2015 2:46 AM<br>
<b>To:</b> Ray Fergerson<br>
<b>Subject:</b> Re: [bioontology-support] Formal request from us to share your NCBO Virtual Appliance</span><o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Hello Ray,<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Hope I answers your questions, It would be great if you could let us know, when we might get the VM.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Thanks,<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">-Kamal. <o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">On Fri, Sep 25, 2015 at 11:03 AM, Kamalanathan Venkatesan <<a href="mailto:kamal@biginfolabs.com" target="_blank">kamal@biginfolabs.com</a>> wrote:<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Hello Ray,<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Thanks for responding to our request. I have marked my answer in blue colour, please let me know if it clarifies your queries.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Thanks,<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Kamal.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">On Thu, Sep 24, 2015 at 4:20 AM, Ray Fergerson <<a href="mailto:rayferg@stanford.edu" target="_blank">rayferg@stanford.edu</a>> wrote:<o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;text-autospace:none">
<span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:black">For our record keeping can you please give us the following information:
<br>
- your BioPortal user name - if you need one go to <a href="http://bioportal.bioontology.org/accounts/new" target="_blank">
<span style="color:black;text-decoration:none">http://bioportal.bioontology.org/accounts/new</span></a> </span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><b><span style="color:blue">Kamalanathan_v</span> </b><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
</div>
<blockquote style="border:none;border-left:solid #CCCCCC 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-top:5.0pt;margin-right:0in;margin-bottom:5.0pt">
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;text-autospace:none">
<span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:black">- a one to two sentence description of your project
</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</blockquote>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><b><span style="color:blue"> Its a Business Intelligence solution, aimed to safeguard the assets (in terms of drugs owned, its proprietary manufacturing techniques etc...) possessed
 by pharma companies. It's a new initiative so please do excess me for not sharing much of the details as of now!</span></b><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
</div>
<blockquote style="border:none;border-left:solid #CCCCCC 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-top:5.0pt;margin-right:0in;margin-bottom:5.0pt">
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;text-autospace:none">
<span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:black">- why you want to use the VM rather than the public instance? For example, do you want host non-biomedical or proprietary ontologies or annotate private data? Do you have performance
 concerns?</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:blue">Because the pharma companies we deal with, operate in a concealed secured environment, access to
 outside network is strictly prohibited. Also as you said performance for sure is a concern for us.</span></b><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</blockquote>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
</div>
<blockquote style="border:none;border-left:solid #CCCCCC 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-top:5.0pt;margin-right:0in;margin-bottom:5.0pt">
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Ray</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><a name="150382504d4f457e_150203a65636fe7a_15002f"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span></a><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> bioontology-support [mailto:<a href="mailto:bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu" target="_blank">bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu</a>]
<b>On Behalf Of </b>Kamalanathan Venkatesan<br>
<b>Sent:</b> Wednesday, September 23, 2015 4:39 AM<br>
<b>To:</b> <a href="mailto:support@bioontology.org" target="_blank">support@bioontology.org</a><br>
<b>Cc:</b> Nitin Jha; Pasupathy Mahalingam<br>
<b>Subject:</b> [bioontology-support] Formal request from us to share your NCBO Virtual Appliance</span><o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Hello Bioontology Support,<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Am Kamal, I work as a Product Architect at Biginfolabs India Pvt Ltd. Currently we are developing a Business intelligence solution for one of our Pharmaceutical client and we found
 the ontologies dictionary provided by your community to be very useful. Thanks to your entire community for its wonderful contribution.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">While browsing through your wiki pages, we also found that, the entire solution is packaged as an Virtual Appliance and it shared to organizations upon mailing to
<a href="mailto:support@bioontology.org" target="_blank">support@bioontology.org</a>.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">It would be great if you can consider this mail as formal request from us to share your Virtual Appliance and provided us the access URL or a web link to download it.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Also from the articles published over the web, we understood its for free and its commercial usage is not bound by any constraint or conditions. <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Incase if you any such constraint or condition, please do share with us for further evaluation.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">-Thanks,<o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">-Kamalanathan Venkatesan.<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="color:#888888"><br>
<br clear="all">
</span><o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="color:#888888">--
</span><o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="color:#888888">Regards,</span><o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="color:#888888">-Kamalanathan Venkatesan.</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
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<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><br>
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<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Regards,<o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">-Kamalanathan Venkatesan.<o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal">Regards,<o:p></o:p></p>
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