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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">I sure hope so. We are continuing to look into it.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Ray<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><a name="_MailEndCompose"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></a></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> sridevi polavaram [mailto:spolavar@gmail.com]
<br>
<b>Sent:</b> Monday, October 12, 2015 9:53 AM<br>
<b>To:</b> Ray Fergerson<br>
<b>Cc:</b> support@bioontology.org<br>
<b>Subject:</b> Re: [bioontology-support] How to handle imported ontologies on bioportal<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">Hi Ray, <br>
 Thank you for the update. It will take me until Oct 25th to upload a new set of ontologies. Do you think this can be fixed by then?
<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal">-Sridevi<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">On Fri, Oct 9, 2015 at 8:58 PM, Ray Fergerson <<a href="mailto:rayferg@stanford.edu" target="_blank">rayferg@stanford.edu</a>> wrote:<o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">We are continuing to look into this problem. It is more difficult than we originally guessed.</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Ray</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><a name="1504f414cf23654f__MailEndCompose"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span></a><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> sridevi polavaram [mailto:<a href="mailto:spolavar@gmail.com" target="_blank">spolavar@gmail.com</a>]
<br>
<b>Sent:</b> Thursday, September 24, 2015 2:48 PM</span><o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><br>
<b>To:</b> Ray Fergerson<br>
<b>Cc:</b> Jennifer Leigh Vendetti; <a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" target="_blank">
bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br>
<b>Subject:</b> Re: [bioontology-support] How to handle imported ontologies on bioportal<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Yep, it's still there.
<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">I go to:
<a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/NMOBR?p=classes" target="_blank">
http://bioportal.bioontology.org/ontologies/NMOBR?p=classes</a><o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;margin-bottom:12.0pt">and search for 'Cerebellum', and it takes for ever. its' past 3 minutes and i don't see any change.
<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Thank you<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Sridevi<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">On Thu, Sep 24, 2015 at 5:27 PM, Ray Fergerson <<a href="mailto:rayferg@stanford.edu" target="_blank">rayferg@stanford.edu</a>> wrote:<o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">I cannot see the problem with search delays. Is this still happening for you?</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">We should be handling all obo synonym types correctly when you retrieve a single term. When you search
 though, or if you retrieve pages of classes, we have a known bug that results in only a single synonym/class being loaded into the “Synonym” property. We are looking into this now and hope to have it fixed by next week. The problem is buried deep in our backend
 software.</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Ray</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><a name="1504f414cf23654f_1500140d8ec8a31c__MailE"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span></a><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> sridevi polavaram [mailto:<a href="mailto:spolavar@gmail.com" target="_blank">spolavar@gmail.com</a>]
<br>
<b>Sent:</b> Thursday, September 24, 2015 7:05 AM<br>
<b>To:</b> Ray Fergerson<br>
<b>Cc:</b> Jennifer Leigh Vendetti; <a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" target="_blank">
bioontology-support@lists.stanford.edu</a></span><o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><br>
<b>Subject:</b> Re: [bioontology-support] How to handle imported ontologies on bioportal<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Hi Ray,
<br>
 Thanks for the update. But I notice two things:<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;margin-bottom:12.0pt">1. The search is way too slow (takes more than 2 mins for NMOBR). Is it because of a larger index size? because NMOSP (which is smaller size) seem to be working fine.<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;margin-bottom:12.0pt">2. The synonym (hasExactSynonym) is not being read. Is this something that can be fixed?
<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;margin-bottom:12.0pt">I have at least 10 more ontologies lined up to be uploaded, and eventually I plan to make a mother ontology of all to take advantage of the auto complete search. Therefore, I want to
 understand the system to make this smooth and maybe even fine tune the pipeline at my end accordingly.
<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Thank you<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Sridevi<o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">On Wed, Sep 23, 2015 at 7:20 PM, Ray Fergerson <<a href="mailto:rayferg@stanford.edu" target="_blank">rayferg@stanford.edu</a>> wrote:<o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Search won’t be faster. We load the file from wherever and then create a local index. Searches always
 go against the index.</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Ray</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><a name="1504f414cf23654f_1500140d8ec8a31c_14ffc8"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span></a><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> bioontology-support [mailto:<a href="mailto:bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu" target="_blank">bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu</a>]
<b>On Behalf Of </b>sridevi polavaram<br>
<b>Sent:</b> Monday, September 21, 2015 2:03 PM<br>
<b>To:</b> Jennifer Leigh Vendetti<br>
<b>Cc:</b> <a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" target="_blank">
bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br>
<b>Subject:</b> Re: [bioontology-support] How to handle imported ontologies on bioportal</span><o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
<p>Got it! Would locally imported ontologies make auto complete search faster than Web imported ones?<br>
Thank you<br>
Sridevi<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">On Sep 21, 2015 1:59 PM, "Jennifer Leigh Vendetti" <<a href="mailto:vendetti@stanford.edu" target="_blank">vendetti@stanford.edu</a>> wrote:<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Hello Sridevi,
<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">If you want to upload an ontology with local imports, you need to create a ZIP file that contains your main ontology file, along with all of the imported ontology files.  In addition,
 your ZIP file must have the same name as the main ontology file so that BioPortal knows which ontology is the one you’re trying to upload.  For example:<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">my_ontology.zip (the ZIP file you create with the same name as your main ontology file)<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">- my_ontology.owl (the main ontology file)<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">- imported_ontology_1.owl<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">- imported_ontology_2.owl<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">- imported_ontology_3.owl<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">… etc.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Jennifer<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
<div>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">On Sep 17, 2015, at 11:57 AM, sridevi polavaram <<a href="mailto:spolavar@gmail.com" target="_blank">spolavar@gmail.com</a>> wrote:<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Hi All,
<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;margin-bottom:12.0pt"> I need some guidance on how to upload ontologies that import from local files. Because, I believe my recent upload (<a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/NMOBR" target="_blank">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/NMOBR</a>)
 didn't work due to imported ontologies. <br>
<br>
 Should i upload all local ontologies together? Instead of referring to local files i even tried importing directly from bioportal (e.g., 
<a href="http://purl.bioontology.org/ontology/NMOSP" target="_blank">http://purl.bioontology.org/ontology/NMOSP )</a> but got an error!
<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;margin-bottom:12.0pt">I would appreciate if you can provide some examples in this regard.
<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Thank you<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;margin-bottom:12.0pt">Sridevi<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">On Wed, Sep 16, 2015 at 3:53 PM, sridevi polavaram <<a href="mailto:spolavar@gmail.com" target="_blank">spolavar@gmail.com</a>> wrote:<o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Hi Ray,
<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;margin-bottom:12.0pt"> I have uploaded a new ontology of brain regions to bioportal at
<a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/NMOBR" target="_blank">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/NMOBR</a><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;margin-bottom:12.0pt">But the parsing didn't go through. Can you please help me figure out what is going on here? I am able to open this file and test in protege 4.3.
<o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Thank you<o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="color:#888888">Sridevi</span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="color:#888888"> </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;margin-bottom:12.0pt"> <o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">_______________________________________________<br>
bioontology-support mailing list<br>
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" target="_blank">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br>
<a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" target="_blank">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
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