<div dir="ltr"><div><div>Hi team,<br></div>  There's a problem in getting the right URIs for SIO terms included in Vladimir's CCO ontology. The ontology is represented as an OBO file, but for whatever reason some default purl namespace is being assigned to the terms.  Could you investigate?<br><br></div>m.<br><div><div><div><br clear="all"><div><div class="gmail_signature">Michel Dumontier, PhD<br>Associate Professor of Medicine (Biomedical Informatics)<br>Stanford University<br><a href="http://dumontierlab.com" target="_blank">http://dumontierlab.com</a></div></div>
<br><div class="gmail_quote">---------- Forwarded message ----------<br>From: <b class="gmail_sendername">Vladimir Mironov</b> <span dir="ltr"><<a href="mailto:vladimir.n.mironov@gmail.com">vladimir.n.mironov@gmail.com</a>></span><br>Date: Tue, Oct 27, 2015 at 10:22 AM<br>Subject: Re: CCO and SIO<br>To: Michel Dumontier <<a href="mailto:michel.dumontier@gmail.com">michel.dumontier@gmail.com</a>><br><br><br><div dir="ltr">HI Michel,<div><br></div><div>some clarification on the situation with the CCO.</div><div>The problem with the URIs is a long standing issue and it lies actually on BioPortal's side. All the URIs in the CCO have always been correct in my RDF files. However, when I upload something to BioPortal in the OBO format they assign OBO foundry URIs to everything without any respect to the source. </div><div>I don't know how to tackle this problem. As a way out once I tried to upload an OWL file (validated in Virtuoso) without avail. I suspect this has something to do with the size of the file, I had a similar problem even with OBO ontologies after BioPortal chaged the software a while ago (it took them quite some time to trace down the problem). </div><div>The message is that unless this problem is solved it won't be possible to have correct CCO URIs in BioPortal. </div><div>Do you have any suggestions?</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div>Vladimir</div></div><div class="HOEnZb"><div class="h5"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 21 October 2015 at 17:23, Michel Dumontier <span dir="ltr"><<a href="mailto:michel.dumontier@gmail.com" target="_blank">michel.dumontier@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>sure thanks :)<span><font color="#888888"><br><br></font></span></div><span><font color="#888888">m.<br></font></span></div><div class="gmail_extra"><span><br clear="all"><div><div><div dir="ltr"><div>Michel Dumontier</div><div>Associate Professor of Medicine (Biomedical Informatics), Stanford University</div><div>Chair, W3C Semantic Web for Health Care and the Life Sciences Interest Group</div><div><a href="http://dumontierlab.com" target="_blank">http://dumontierlab.com</a></div></div></div></div>
<br></span><div><div><div class="gmail_quote">On Wed, Oct 21, 2015 at 5:23 PM, Vladimir Mironov <span dir="ltr"><<a href="mailto:vladimir.n.mironov@gmail.com" target="_blank">vladimir.n.mironov@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Of course, this may be done even earlier than the upload to virtuoso.<div>If you wish I can drop you a line when this is done.</div><span><font color="#888888"><div>V.</div></font></span></div><div><div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 21 October 2015 at 11:15, Michel Dumontier <span dir="ltr"><<a href="mailto:michel.dumontier@gmail.com" target="_blank">michel.dumontier@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>thanks!!!<br></div><div>  so this will propagate to bioportal right?<span><font color="#888888"><br></font></span></div><span><font color="#888888">m.<br></font></span></div><div class="gmail_extra"><span><br clear="all"><div><div><div dir="ltr"><div>Michel Dumontier</div><div>Associate Professor of Medicine (Biomedical Informatics), Stanford University</div><div>Chair, W3C Semantic Web for Health Care and the Life Sciences Interest Group</div><div><a href="http://dumontierlab.com" target="_blank">http://dumontierlab.com</a></div></div></div></div>
<br></span><div><div><div class="gmail_quote">On Wed, Oct 21, 2015 at 11:04 AM, Vladimir Mironov <span dir="ltr"><<a href="mailto:vladimir.n.mironov@gmail.com" target="_blank">vladimir.n.mironov@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">HI Michel,<div><br></div><div>thanks for your attention.</div><div>I noticed this problem before and now I have a new corrected version of the CCO, I just need to upload it into Virtuoso.</div><div>Cheers</div></div><div><div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 20 October 2015 at 10:10, Michel Dumontier <span dir="ltr"><<a href="mailto:michel.dumontier@gmail.com" target="_blank">michel.dumontier@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Hi Vladimir,<br></div><div> I just discovered that you are not correctly using the SIO URIs in the CCO - <br><br><span style="font-size:small;color:grey;padding:9px"><a href="http://purl.obolibrary.org/obo/SIO_000000" target="_blank">http://purl.obolibrary.org/obo/SIO_000000</a><br><br></span></div><div><span style="font-size:small;color:grey;padding:9px">should be<br><br></span><br><span style="font-size:small;color:grey;padding:9px"><a href="http://semanticscience.org/resource/SIO_000000" target="_blank">http://semanticscience.org/resource/SIO_000000</a></span></div>m.<span><font color="#888888"><br><br clear="all"><div><div><div><div><div><div dir="ltr"><div>Michel Dumontier</div><div>Associate Professor of Medicine (Biomedical Informatics), Stanford University</div><div>Chair, W3C Semantic Web for Health Care and the Life Sciences Interest Group</div><div><a href="http://dumontierlab.com" target="_blank">http://dumontierlab.com</a></div></div></div></div>
</div></div></div></font></span></div>
</blockquote></div><br></div>
</div></div></blockquote></div><br></div></div></div>
</blockquote></div><br></div>
</div></div></blockquote></div><br></div></div></div>
</blockquote></div><br></div>
</div></div></div><br></div></div></div></div>