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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Not that I know of but I am hardly the expert. I had a look at the CCO OBO file and there was no obvious place for it to be specified.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Ray<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><a name="_MailEndCompose"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></a></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> Michel Dumontier [mailto:michel.dumontier@stanford.edu]
<br>
<b>Sent:</b> Tuesday, October 27, 2015 10:56 AM<br>
<b>To:</b> Ray Fergerson<br>
<b>Cc:</b> Michel Dumontier; support; Vladimir Mironov<br>
<b>Subject:</b> Re: CCO and SIO<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">is there no way to specify the uri prefix in obo?<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">m<br>
<br>
On Tuesday, October 27, 2015, Ray Fergerson <<a href="mailto:rayferg@stanford.edu">rayferg@stanford.edu</a>> wrote:<o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">I believe that any URI’s are lost in the conversion to OBO.  The ids for terms in obo are not URI’s
 but are instead of the format:</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New"">id: CCO:0000001</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New""> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New"">Since there are no URI’s, we generate them.</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New""> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New"">If you upload and OWL file we should respect the URI’s that are in the file.</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Ray</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><a name="150aa5cfeb71f144__MailEndCompose"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span></a><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> bioontology-support [mailto:<a href="javascript:_e(%7B%7D,'cvml','bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu');" target="_blank">bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu</a>]
<b>On Behalf Of </b>Michel Dumontier<br>
<b>Sent:</b> Tuesday, October 27, 2015 9:45 AM<br>
<b>To:</b> support<br>
<b>Cc:</b> Vladimir Mironov<br>
<b>Subject:</b> [bioontology-support] Fwd: CCO and SIO</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Hi team,<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;margin-bottom:12.0pt">  There's a problem in getting the right URIs for SIO terms included in Vladimir's CCO ontology. The ontology is represented as an OBO file, but for whatever reason some default purl
 namespace is being assigned to the terms.  Could you investigate?<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">m.<o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><br clear="all">
<o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Michel Dumontier, PhD<br>
Associate Professor of Medicine (Biomedical Informatics)<br>
Stanford University<br>
<a href="http://dumontierlab.com" target="_blank">http://dumontierlab.com</a><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;margin-bottom:12.0pt">---------- Forwarded message ----------<br>
From: <b>Vladimir Mironov</b> <<a href="javascript:_e(%7B%7D,'cvml','vladimir.n.mironov@gmail.com');" target="_blank">vladimir.n.mironov@gmail.com</a>><br>
Date: Tue, Oct 27, 2015 at 10:22 AM<br>
Subject: Re: CCO and SIO<br>
To: Michel Dumontier <<a href="javascript:_e(%7B%7D,'cvml','michel.dumontier@gmail.com');" target="_blank">michel.dumontier@gmail.com</a>><o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">HI Michel,<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">some clarification on the situation with the CCO.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">The problem with the URIs is a long standing issue and it lies actually on BioPortal's side. All the URIs in the CCO have always been correct in my RDF files. However, when I upload
 something to BioPortal in the OBO format they assign OBO foundry URIs to everything without any respect to the source. <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">I don't know how to tackle this problem. As a way out once I tried to upload an OWL file (validated in Virtuoso) without avail. I suspect this has something to do with the size
 of the file, I had a similar problem even with OBO ontologies after BioPortal chaged the software a while ago (it took them quite some time to trace down the problem). <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">The message is that unless this problem is solved it won't be possible to have correct CCO URIs in BioPortal. <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Do you have any suggestions?<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Cheers,<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Vladimir<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">On 21 October 2015 at 17:23, Michel Dumontier <<a href="javascript:_e(%7B%7D,'cvml','michel.dumontier@gmail.com');" target="_blank">michel.dumontier@gmail.com</a>> wrote:<o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;margin-bottom:12.0pt">sure thanks :)<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="color:#888888">m.</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><br clear="all">
<o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Michel Dumontier<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Associate Professor of Medicine (Biomedical Informatics), Stanford University<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Chair, W3C Semantic Web for Health Care and the Life Sciences Interest Group<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><a href="http://dumontierlab.com" target="_blank">http://dumontierlab.com</a><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">On Wed, Oct 21, 2015 at 5:23 PM, Vladimir Mironov <<a href="javascript:_e(%7B%7D,'cvml','vladimir.n.mironov@gmail.com');" target="_blank">vladimir.n.mironov@gmail.com</a>> wrote:<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Of course, this may be done even earlier than the upload to virtuoso.<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">If you wish I can drop you a line when this is done.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="color:#888888">V.</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">On 21 October 2015 at 11:15, Michel Dumontier <<a href="javascript:_e(%7B%7D,'cvml','michel.dumontier@gmail.com');" target="_blank">michel.dumontier@gmail.com</a>> wrote:<o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">thanks!!!<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">  so this will propagate to bioportal right?<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="color:#888888">m.</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><br clear="all">
<o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Michel Dumontier<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Associate Professor of Medicine (Biomedical Informatics), Stanford University<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Chair, W3C Semantic Web for Health Care and the Life Sciences Interest Group<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><a href="http://dumontierlab.com" target="_blank">http://dumontierlab.com</a><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">On Wed, Oct 21, 2015 at 11:04 AM, Vladimir Mironov <<a href="javascript:_e(%7B%7D,'cvml','vladimir.n.mironov@gmail.com');" target="_blank">vladimir.n.mironov@gmail.com</a>> wrote:<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">HI Michel,<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">thanks for your attention.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">I noticed this problem before and now I have a new corrected version of the CCO, I just need to upload it into Virtuoso.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Cheers<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">On 20 October 2015 at 10:10, Michel Dumontier <<a href="javascript:_e(%7B%7D,'cvml','michel.dumontier@gmail.com');" target="_blank">michel.dumontier@gmail.com</a>> wrote:<o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Hi Vladimir,<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;margin-bottom:12.0pt"> I just discovered that you are not correctly using the SIO URIs in the CCO -
<br>
<br>
<a href="http://purl.obolibrary.org/obo/SIO_000000" target="_blank">http://purl.obolibrary.org/obo/SIO_000000</a><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">should be<br>
<br>
<br>
<a href="http://semanticscience.org/resource/SIO_000000" target="_blank">http://semanticscience.org/resource/SIO_000000</a><o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">m.<span style="color:#888888"><br>
<br clear="all">
</span><o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="color:#888888">Michel Dumontier</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="color:#888888">Associate Professor of Medicine (Biomedical Informatics), Stanford University</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="color:#888888">Chair, W3C Semantic Web for Health Care and the Life Sciences Interest Group</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="color:#888888"><a href="http://dumontierlab.com" target="_blank">http://dumontierlab.com</a></span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
</div>
</div>
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<p class="MsoNormal"><br>
<br>
-- <br>
Michel Dumontier, PhD<br>
Associate Professor of Medicine (Biomedical Informatics)<br>
Stanford University<br>
<a href="http://dumontierlab.com" target="_blank">http://dumontierlab.com</a><o:p></o:p></p>
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