<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div class="">Hi Sridevi,</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">We have an active tracker open on this issue.  An engineer is working on the problem, but as Ray had mentioned, this turned out to be a tricky issue to address. We'll keep you posted when we've deployed the fix.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Meanwhile, I am wondering whether setting the "SYNONYM PROPERTY" for the latest submission to:</div>
<div class="">
<pre class=""><a href="http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#hasExactSynonym" class="">http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#hasExactSynonym</a></pre>
<div class="">would help this particular issue. We'll need to re-parse/re-index the ontology for this change to take effect.</div>
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Thanks,</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Michael</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<br class="">
<div>
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Nov 22, 2015, at 07:18, sridevi polavaram <<a href="mailto:spolavar@gmail.com" class="">spolavar@gmail.com</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div dir="ltr" class="">
<div class="">
<div class="">
<div class="">Hi Mike, <br class="">
</div>
 The problem i was referring to is when i search for synonyms i am getting inconsistent results. The NMOSP ontology right now seems to be working fine, as it is able to fetch the term when i search for "zebra fish". The REST service is also working fine in
 this regard. <br class="">
<br class="">
</div>
However, when i search in NMOBR for a synonym e.g., "isocortex", it fails, i won't get the term 'neocortex'. The difference between the two ontologies is the format, NMOBR is in owl and uses oboInOWL:has_exact_synonym for the synonyms.<br class="">
<br class="">
</div>
<div class="">Do you see the problem now? If this bug gets fixed, I will be able to use both formats seamlessly.<br class="">
<br class="">
</div>
<div class="">Thank you<br class="">
</div>
<div class="">Sridevi<br class="">
</div>
</div>
<div class="gmail_extra"><br class="">
<div class="gmail_quote">On Fri, Nov 20, 2015 at 8:29 PM, Michael Dorf <span dir="ltr" class="">
<<a href="mailto:mdorf@stanford.edu" target="_blank" class="">mdorf@stanford.edu</a>></span> wrote:<br class="">
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div style="word-wrap:break-word" class="">
<div class="">Hi Sridevi,</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Just FYI, Ray Fergerson is no longer at Stanford. I tried the search you mentioned (Cerebellum in NMOBR ontology) and I get a result within seconds. I've also tried the REST service directly (which is used by BioPortal UI), and it too returned
 results (single result) without a hitch:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="http://data.bioontology.org/search?q=Cerebellum&ontologies=NMOBR" target="_blank" class="">http://data.bioontology.org/search?q=Cerebellum&ontologies=NMOBR</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">You'll need to append "&apikey=<your API key> to this query for it to work.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">The difficult part here is that if I am unable to reproduce the problem on my end, it would be hard for me to troubleshoot it. Do you see issues with other search queries as well?</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Thanks!</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Michael Dorf</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<br class="">
<div class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Nov 20, 2015, at 11:05, sridevi polavaram <<a href="mailto:spolavar@gmail.com" target="_blank" class="">spolavar@gmail.com</a>> wrote:</div>
<br class="">
<div class=""><span style="font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;float:none;display:inline!important" class="">Cerebellum</span></div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</body>
</html>