<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=windows-1252"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div class="">Hi Clement, </div><div class=""><br class=""></div><div class="">Nice to hear from you on HRDO. I have had many issues with lang tags in bioportal. </div><div class="">I do not understand the behavior of the browser (which label is chosen). </div><div class="">I was suggested to create views, for each langage. I must admit I didn’t went into this.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">For example, in the ontology file you have this :</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><div class="">    <owl:Class rdf:about="&hrdo;typ_id_6"></div><div class="">        <rdfs:label xml:lang="en">group of diseases</rdfs:label></div><div class="">        <rdfs:subClassOf rdf:resource="&hrdo;typ_id_0"/></div><div class="">        <skos:prefLabel xml:lang="en">group of diseases</skos:prefLabel></div><div class="">        <skos:prefLabel xml:lang="fr">groupe de maladies</skos:prefLabel></div><div class="">    </owl:Class></div></div><div class=""><br class=""></div><div class="">And in the browser you have this (the label in the tree is french, don’t know why) :</div><div class=""><img apple-inline="yes" id="CD8FC2A1-FBC8-4DA8-ACA9-BDC3633079E1" height="317" width="768" apple-width="yes" apple-height="yes" src="cid:02A843E6-E1D7-4A2A-B97A-3B0E0E75EFD7@nih.gov" class=""></div><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""></div><div class="">However in HRDO v2, rdfs:labels are english and I used skos:prefLabel / altLabel to support the 6 langages of the ontology. </div><div class="">Please let me know if I can be of any help to you or to the bioportal team.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Best regards, </div><div class=""><br class=""></div><div class="">Ferdinand.</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""></div><br class=""><div class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt;" class=""> </div><div class="MsoNormal" align="center" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; text-align: center;"><hr size="2" width="100%" align="center" class=""></div><p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 0.0001pt;"> </p><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt;" class="">Dr Ferdinand C Dhombres, MD, PhD</div><p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 0.0001pt;"> </p><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt;" class="">NIH, NLM (National Library of Medicine)</div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt;" class="">Lister Hill National Center for Biomedical Communications</div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt;" class="">BG 38A RM 9N912B MSC 3826<br class="">8600 ROCKVILLE PIKE<br class="">BETHESDA MD 20894-3826</div><p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 0.0001pt;"> </p><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt;" class=""><div apple-content-edited="true" class=""><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt;" class="">phone <span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">   </span>+1 (301) 435-3225</div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt;" class="">mobile <span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">       </span>+1 (301) 549-8103</div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt;" class="">mail <span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"> </span><a href="mailto:ferdinand.dhombres@nih.gov" class="">ferdinand.dhombres@nih.gov</a></div></div><div>skype <span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"> </span>fdhombres</div></div></div></div>
</div>
<br class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Feb 26, 2016, at 7:50 PM, Michael Dorf <<a href="mailto:mdorf@stanford.edu" class="">mdorf@stanford.edu</a>> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class="">
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252" class="">

<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div class="">Hi Clement,</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I've confirmed with Manuel that this indeed is a bug. We should select a prefLabel with "en" language when the property skis:prefLabel is defined as an array. I've created a ticket to track this issue (NCBO-1662 - An incorrect prefLabel is chosen
 when multiple language prefLabel(s) are defined). We'll do our best to address it in a timely manner.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Thanks,</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Misha</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<br class="">
<div class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Feb 25, 2016, at 17:13, Clement Jonquet <<a href="mailto:jonquet@lirmm.fr" class="">jonquet@lirmm.fr</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="WordSection1" style="page: WordSection1; font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Dear BioPortal team,<span class="Apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class="">Looking into an issue on one our AgroPortal OWL ontology that have label defined in skos in multiple language we figure out a bug that is in fact happening in the NCBO BioPortal e.g. on HRDO<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class=""> </span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class="">Why is this concept prefLabel Spanish<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class=""><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/HRDO/classes/http%3A%2F%2Fwww.limics.org%2Fhrdo%2Frdfns%23pat_id_10463?include=all&display_context=false&display_links=false" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/HRDO/classes/http%3A%2F%2Fwww.limics.org%2Fhrdo%2Frdfns%23pat_id_10463?include=all&display_context=false&display_links=false</a><o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class=""> </span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class="">Where as this one is in French<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class=""><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/HRDO/classes/http%3A%2F%2Fwww.limics.org%2Fhrdo%2Frdfns%23typ_id_17?include=all&display_context=false&display_links=false" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/HRDO/classes/http%3A%2F%2Fwww.limics.org%2Fhrdo%2Frdfns%23typ_id_17?include=all&display_context=false&display_links=false</a><o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class=""> </span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class="">And other will be in English.<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class=""> </span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class="">While BioPortal is not multiligual (yet!) everyone assume that if a multilingual ontology is uploaded, only the english labels will be display in the tree (or as defaultprefLabel).<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class=""> </span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class="">The issue seems to come from the fact that multiple skos:prefLabel are defined with different languages e.g.,<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class=""> </span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class=""><owl:Class rdf:about="&hrdo;typ_id_17"><o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class="">        <rdfs:label xml:lang="en">biological anomaly</rdfs:label><o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class="">        <rdfs:subClassOf rdf:resource="&hrdo;typ_id_4"/><o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class="">        <skos:prefLabel xml:lang="en">biological anomaly</skos:prefLabel><o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class="">        <skos:prefLabel xml:lang="fr">anomalie biologique</skos:prefLabel><o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class="">    </owl:Class><o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class=""> </span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class="">FYI:<span class="Apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class=""> </span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class="">The ontology has for perfLabelProperty skos:prefLabel<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class=""><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/HRDO/latest_submission?include=all" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/HRDO/latest_submission?include=all</a><o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class=""> </span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class="">FYI2:<span class="Apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class="">I think this is not happening with OWL ontologies using multiple rdfs:label<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class="">To be double checked.<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class=""> </span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class="">FYI3:<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class="">The problem is propagated to the Annotator that match only the terms selected as prefLabel…<span class="Apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class="">It means that a text with “anomalie biologique et biological anomaly” this is the French expression that generate the annotation<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class=""> </span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class="">FYI4:<span class="Apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class="">The problem is not propagated to the Search service that uses all the properties of classes<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class="">E.g., a search for “Eales disease” does return the class “<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class="">Enfermedad de Eales”<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class=""> </span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class="">FYI5:<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class="">Protégé parse the ontology properly, without mixing the languages<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class=""> </span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<i class=""><span lang="EN-US" style="font-size: 14pt;" class="">Could you look into this issue or tell us where to look at to fix the problem ?<o:p class=""></o:p></span></i></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class=""> </span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class="">Al the best<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class="">Clement<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class=""> </span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class="">---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class="">Dr.<span class="Apple-converted-space"> </span><b class="">Clement JONQUET</b>  - <span class="Apple-converted-space"> </span><i class="">PhD in Informatics  -  Assistant Professor<o:p class=""></o:p></i></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<i class=""><span lang="EN-US" class="">Coordinator of the<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="http://www.lirmm.fr/sifr/" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;" class=""><span style="color: blue;" class="">SIFR</span></a><span class="Apple-converted-space"> </span>and<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="http://agroportal.lirmm.fr/" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;" class=""><span style="color: blue;" class="">AgroPortal</span></a><span class="Apple-converted-space"> </span>projects<o:p class=""></o:p></span></i></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<i class=""><span lang="EN-US" class="">Visiting faculty, Stanford University<o:p class=""></o:p></span></i></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class=""> </span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="EN-US" class=""><a href="mailto:jonquet@lirmm.fr" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;" class=""><span style="color: blue;" class="">jonquet@lirmm.fr</span></a><o:p class=""></o:p></span></div>
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<span lang="EN-US" class=""><a href="http://www.lirmm.fr/~jonquet" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;" class=""><span style="color: blue;" class="">http://www.lirmm.fr/~jonquet</span></a><o:p class=""></o:p></span></div>
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<span lang="EN-US" class="">               <span class="Apple-converted-space"> </span><b class="">University of Montpellier</b>                          Tel:                   +33/4 67 14 97 43<b class=""><o:p class=""></o:p></b></span></div>
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<span lang="EN-US" class="">                LIRMM                                                            Fax:                     +33/4 67  41 85 00          <span class="Apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></span></div>
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<span lang="EN-US" class="">                161 rue Ada                                                   Skype:                 clementpro<br class="">
                34095 Montpellier Cdx 5                            Twitter:             <a href="http://twitter.com/jonquet_lirmm" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;" class=""><span style="color: blue;" class="">@jonquet_lirmm</span></a><o:p class=""></o:p></span></div>
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<span lang="EN-US" class="">                France                                                            Google:               <span class="Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:jonquet.lirmm@gmail.com" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;" class=""><span style="color: blue;" class="">jonquet.lirmm@gmail.com</span></a><o:p class=""></o:p></span></div>
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 mailing list</span><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline; font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
<a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline; font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a></div>
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