<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Hi Maxwell, 
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I’m not sure if there was a response already, but wanted to let you know we have started to take a look at this. It seems a bit odd, but I’m sure we’ll get it tracked down.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">John</div>
<div class=""><br class="">
<div>
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Mar 10, 2016, at 10:52 AM, Maxwell Neal <<a href="mailto:maxneal@gmail.com" class="">maxneal@gmail.com</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div dir="ltr" class="">Hello,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I wanted to check if you received my note from last week about the FMA term "Plasma membrane" not being returned by searches using the BioPortal REST API. My research team and I are conducting formal evaluations of our annotation software and
 unfortunately FMA:Plasma membrane is one of the terms that participants in our study are very likely to search for. So, for our research purposes, it's quite important that the term is returned via the BioPortal REST service. Below is my original note. Many
 thanks!</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">-Max</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">***</div>
<div class="">
<div style="font-size:12.8px" class="">I have an application that uses the BioPortal REST API to allow users to search and retrieve classes from several ontologies on BioPortal.</div>
<div style="font-size:12.8px" class=""><br class="">
</div>
<div style="font-size:12.8px" class="">My development team recently noticed that the FMA term "Plasma membrane" is not being returned when users search for "plasma", "membrane", or "plasma membrane." We can, however, retrieve many other FMA classes that contain
 the phrase "plasma membrane" (such as "Plasma membrane of biophil").</div>
<div style="font-size:12.8px" class=""><br class="">
</div>
<div style="font-size:12.8px" class="">Here is an example of a REST call sent from our application to BioPortal that fails to retrieve the class:</div>
<div style="font-size:12.8px" class="">
<p class=""><a href="http://data.bioontology.org/search?q=plasma&ontologies=FMA&format=xml&exact_match=false&apikey=c4192e4b-88a8-4002-ad08-b4636c88df1a" target="_blank" class="">http://data.bioontology.org/search?q=plasma&ontologies=FMA&format=xml&exact_match=false&apikey=c4192e4b-88a8-4002-ad08-b4636c88df1a</a></p>
</div>
<div style="font-size:12.8px" class="">We also noticed that the name of the plasma membrane class is not visible in the FMA class tree browser on BioPortal. Instead, there is a blank node. You can actually click on the node and see the info for the plasma membrane
 class</div>
<div style="font-size:12.8px" class=""><br class="">
</div>
<div style="font-size:12.8px" class="">Any help is appreciated!</div>
</div>
<div style="font-size:12.8px" class=""><br class="">
</div>
<div style="font-size:12.8px" class="">***</div>
</div>
<div class="gmail_extra"><br class="">
<div class="gmail_quote">On Fri, Mar 4, 2016 at 5:30 PM, Maxwell Neal <span dir="ltr" class="">
<<a href="mailto:maxneal@gmail.com" target="_blank" class="">maxneal@gmail.com</a>></span> wrote:<br class="">
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="ltr" class="">Hi BioPortal support team,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I have an application that uses the BioPortal REST API to allow users to search and retrieve classes from several ontologies on BioPortal.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">My development team recently noticed that the FMA term "Plasma membrane" is not being returned when users search for "plasma", "membrane", or "plasma membrane." We can, however, retrieve many other FMA classes that contain the phrase "plasma membrane"
 (such as "Plasma membrane of biophil").</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Here is an example of a REST call sent from our application to BioPortal that fails to retrieve the class:</div>
<div class="">
<p class=""><a href="http://data.bioontology.org/search?q=plasma&ontologies=FMA&format=xml&exact_match=false&apikey=c4192e4b-88a8-4002-ad08-b4636c88df1a" target="_blank" class="">http://data.bioontology.org/search?q=plasma&ontologies=FMA&format=xml&exact_match=false&apikey=c4192e4b-88a8-4002-ad08-b4636c88df1a</a></p>
</div>
<div class="">We also noticed that the name of the plasma membrane class is not visible in the FMA class tree browser on BioPortal. Instead, there is a blank node. You can actually click on the node and see the info for the plasma membrane class.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Any help is appreciated!</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Many thanks,</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">M</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
_______________________________________________<br class="">
bioontology-support mailing list<br class="">
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br class="">
https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support<br class="">
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
<div apple-content-edited="true" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
========================
<div class="">John Graybeal</div>
<div class="">Technical Program Manager</div>
<div class="">Center for Expanded Data Annotation and Retrieval /+/ NCBO BioPortal</div>
<div class="">Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br class="">
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>