<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div class="">Hi Maxwell,</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">This should now be resolved. I've tried your search for "plasma" and the results now include the term "Plasma membrane".</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Please let me know if you run into any further issues. Thank you again for bearing with us while we were resolving this problem!</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Michael</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<br class="">
<div>
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Mar 16, 2016, at 16:36, Maxwell Neal <<a href="mailto:maxneal@gmail.com" class="">maxneal@gmail.com</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div dir="ltr" class="">Great. Many thanks for the update!
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">M<br class="">
<br class="">
</div>
</div>
<div class="gmail_extra"><br class="">
<div class="gmail_quote">On Wed, Mar 16, 2016 at 7:23 PM, Michael Dorf <span dir="ltr" class="">
<<a href="mailto:mdorf@stanford.edu" target="_blank" class="">mdorf@stanford.edu</a>></span> wrote:<br class="">
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div style="word-wrap:break-word" class="">
<div class="">Hi Maxwell,</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I've tried re-parsing FMA ontology last Friday after updating the prefLabel, synonym, and definition property names for the ontology. Unfortunately, the processing had not completed successfully. I am taking another go at it today. This time,
 instead of re-processing the existing FMA submission, I've created a new one, which points to the original OWL file. At the moment it is still being parsed. I'll let you know once it's completed.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Thank you for your patience on this!</div>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888" class="">
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Michael</div>
</font></span>
<div class="">
<div class="h5">
<div class=""><br class="">
</div>
<br class="">
<div class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Mar 16, 2016, at 13:48, Maxwell Neal <<a href="mailto:maxneal@gmail.com" target="_blank" class="">maxneal@gmail.com</a>> wrote:</div>
<br class="">
<div class="">
<div dir="ltr" class="">Hi Michael,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I wanted to check in and see how things were going with re-processing the FMA. On my end, I still can't retrieve the "Plasma membrane" term using the REST API. I also checked whether the term appears in the BioPortal class browser but I get the
 "We're sorry but something has gone wrong..." message when I click on the BioPortal PURL link on the main FMA page, and I get a blank page when I click on the "Classes" link at the top of that page. So I haven't been able to browse the FMA classes.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Any help is appreciated! Many thanks,</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">M<br class="">
<br class="">
</div>
</div>
<div class="gmail_extra"><br class="">
<div class="gmail_quote">On Fri, Mar 11, 2016 at 2:13 PM, Michael Dorf <span dir="ltr" class="">
<<a href="mailto:mdorf@stanford.edu" target="_blank" class="">mdorf@stanford.edu</a>></span> wrote:<br class="">
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div style="word-wrap:break-word" class="">Maxwell, hi!
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I've looked into this, and it turned out to be a tricky one. It appears that the term corresponding to "Plasma membrane" doesn't have the prefLabel or synonym properties set, which is what we use when we index an ontology for search. There are
 properties that define both, but they are not set as the "go-to" properties for determining prefLabel and synonyms:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/FMA/classes/http://purl.org/sig/ont/fma/fma63841?display=all" target="_blank" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/FMA/classes/http%3A%2F%2Fpurl.org%2Fsig%2Font%2Ffma%2Ffma63841?display=all</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Note that prefLabel=null and synonym=[].</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I looked at a different term that has the prefLabel set:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/FMA/classes/http://purl.org/sig/ont/fma/fma86454/?display=all" target="_blank" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/FMA/classes/http%3A%2F%2Fpurl.org%2Fsig%2Font%2Ffma%2Ffma86454/?display=all</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">As you can see, it appears to have some additional entries in the "properties: {}" block, one of which is used to define the prefLabel for this term.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I am going to set the ontology metadata to use the following properties for prefLabel, synonym and definition respectively, since they appear to be common across my sample pool of terms:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><span class=""><a href="http://purl.org/sig/ont/fma/preferred_name" target="_blank" class="">http://purl.org/sig/ont/fma/preferred_name</a> </span></div>
<div class=""><span class=""><a href="http://purl.org/sig/ont/fma/synonym" target="_blank" class="">http://purl.org/sig/ont/fma/synonym</a> </span></div>
<div class=""><span class=""><a href="http://purl.org/sig/ont/fma/definition" target="_blank" class="">http://purl.org/sig/ont/fma/definition</a></span></div>
<div class=""><span class=""><br class="">
</span></div>
<div class=""><span class="">I'll need to re-process the ontology once I make that change, which will take anywhere from an hour to six, depending on the size of the ontology. Hopefully, this will fix the problem. I'll keep you posted.</span></div>
<div class=""><span class=""><br class="">
</span></div>
<div class=""><span class="">Thanks for reporting this!</span></div>
<span class=""><font color="#888888" class="">
<div class=""><span class=""><br class="">
</span></div>
<div class=""><span class="">Michael</span></div>
<div class=""><span class=""><br class="">
</span></div>
<div class=""><br class="">
</div>
</font></span>
<div class=""><br class="">
<div class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">
<div class="">
<div class="">On Mar 10, 2016, at 10:52, Maxwell Neal <<a href="mailto:maxneal@gmail.com" target="_blank" class="">maxneal@gmail.com</a>> wrote:</div>
<br class="">
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div dir="ltr" class="">Hello,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I wanted to check if you received my note from last week about the FMA term "Plasma membrane" not being returned by searches using the BioPortal REST API. My research team and I are conducting formal evaluations of our annotation software and
 unfortunately FMA:Plasma membrane is one of the terms that participants in our study are very likely to search for. So, for our research purposes, it's quite important that the term is returned via the BioPortal REST service. Below is my original note. Many
 thanks!</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">-Max</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">***</div>
<div class="">
<div style="font-size:12.8px" class="">I have an application that uses the BioPortal REST API to allow users to search and retrieve classes from several ontologies on BioPortal.</div>
<div style="font-size:12.8px" class=""><br class="">
</div>
<div style="font-size:12.8px" class="">My development team recently noticed that the FMA term "Plasma membrane" is not being returned when users search for "plasma", "membrane", or "plasma membrane." We can, however, retrieve many other FMA classes that contain
 the phrase "plasma membrane" (such as "Plasma membrane of biophil").</div>
<div style="font-size:12.8px" class=""><br class="">
</div>
<div style="font-size:12.8px" class="">Here is an example of a REST call sent from our application to BioPortal that fails to retrieve the class:</div>
<div style="font-size:12.8px" class="">
<p class=""><a href="http://data.bioontology.org/search?q=plasma&ontologies=FMA&format=xml&exact_match=false&apikey=c4192e4b-88a8-4002-ad08-b4636c88df1a" target="_blank" class="">http://data.bioontology.org/search?q=plasma&ontologies=FMA&format=xml&exact_match=false&apikey=c4192e4b-88a8-4002-ad08-b4636c88df1a</a></p>
</div>
<div style="font-size:12.8px" class="">We also noticed that the name of the plasma membrane class is not visible in the FMA class tree browser on BioPortal. Instead, there is a blank node. You can actually click on the node and see the info for the plasma membrane
 class</div>
<div style="font-size:12.8px" class=""><br class="">
</div>
<div style="font-size:12.8px" class="">Any help is appreciated!</div>
</div>
<div style="font-size:12.8px" class=""><br class="">
</div>
<div style="font-size:12.8px" class="">***</div>
</div>
<div class="gmail_extra"><br class="">
<div class="gmail_quote">On Fri, Mar 4, 2016 at 5:30 PM, Maxwell Neal <span dir="ltr" class="">
<<a href="mailto:maxneal@gmail.com" target="_blank" class="">maxneal@gmail.com</a>></span> wrote:<br class="">
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="ltr" class="">Hi BioPortal support team,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I have an application that uses the BioPortal REST API to allow users to search and retrieve classes from several ontologies on BioPortal.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">My development team recently noticed that the FMA term "Plasma membrane" is not being returned when users search for "plasma", "membrane", or "plasma membrane." We can, however, retrieve many other FMA classes that contain the phrase "plasma membrane"
 (such as "Plasma membrane of biophil").</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Here is an example of a REST call sent from our application to BioPortal that fails to retrieve the class:</div>
<div class="">
<p class=""><a href="http://data.bioontology.org/search?q=plasma&ontologies=FMA&format=xml&exact_match=false&apikey=c4192e4b-88a8-4002-ad08-b4636c88df1a" target="_blank" class="">http://data.bioontology.org/search?q=plasma&ontologies=FMA&format=xml&exact_match=false&apikey=c4192e4b-88a8-4002-ad08-b4636c88df1a</a></p>
</div>
<div class="">We also noticed that the name of the plasma membrane class is not visible in the FMA class tree browser on BioPortal. Instead, there is a blank node. You can actually click on the node and see the info for the plasma membrane class.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Any help is appreciated!</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Many thanks,</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">M</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</div>
</div>
<span class="">_______________________________________________<br class="">
bioontology-support mailing list<br class="">
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" target="_blank" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br class="">
<a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" target="_blank" class="">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a><br class="">
</span></div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</body>
</html>