<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div class="">Hi Steve,</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Thank you for reporting this issue. One of our recent releases introduced a change that required ontology metrics to be present before the ontology could be considered in a "READY" state. This changes was among the myriad of other changes designed
 to improve the performance of our REST services (using metrics for class counts avoids making expensive backend calls). Metrics are usually calculated at the ontology processing time, and most ontologies do have them calculated.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Unfortunately (for reasons unknown), this wasn't the case with MESH ontology. I've now corrected it, and the classes endpoint should be operational. I don't expect this issue to reoccur. </div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/MESH/classes" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/MESH/classes</a> </div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Thank you again for your patience with this!</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Michael</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<br class="">
<div>
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Mar 23, 2016, at 10:59, Steve Deharo <<a href="mailto:steve.x.deharo@gsk.com" class="">steve.x.deharo@gsk.com</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="WordSection1" style="page: WordSection1; font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="color: rgb(31, 73, 125);" class="">Hello,<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="color: rgb(31, 73, 125);" class=""> </span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="color: rgb(31, 73, 125);" class="">I have been in touch a few weeks ago about an issue with the API access. Please see the issue in the forwarded email below. The issue was resolved previously but has reoccurred e.g.<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/MESH/classes" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/MESH/classes</a><span class="Apple-converted-space"> </span>has
 no data, although it can be browsed here</span><span style="font-size: 10pt; font-family: 'Segoe UI', sans-serif;" class=""><a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/MESH?p=classes&conceptid=root" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/MESH?p=classes&conceptid=root</a></span><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="color: rgb(31, 73, 125);" class=""> </span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="color: rgb(31, 73, 125);" class="">Would you be able to answer the following questions:<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt 20.25pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; text-indent: -18pt;" class="">
<span style="color: rgb(31, 73, 125);" class=""><span class="">-<span style="font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 7pt; line-height: normal; font-family: 'Times New Roman';" class="">         <span class="Apple-converted-space"> </span></span></span></span><span style="color: rgb(31, 73, 125);" class="">Can
 this be fixed?<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt 20.25pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; text-indent: -18pt;" class="">
<span style="color: rgb(31, 73, 125);" class=""><span class="">-<span style="font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 7pt; line-height: normal; font-family: 'Times New Roman';" class="">         <span class="Apple-converted-space"> </span></span></span></span><span style="color: rgb(31, 73, 125);" class="">Is
 there a long term plan to prevent this issue reoccurring?<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="color: rgb(31, 73, 125);" class=""> </span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="color: rgb(31, 73, 125);" class="">Regards,<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="color: rgb(31, 73, 125);" class="">Steve<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="color: rgb(31, 73, 125);" class=""> </span></div>
<div class="">
<div style="border-style: solid none none; border-top-color: rgb(181, 196, 223); border-top-width: 1pt; padding: 3pt 0cm 0cm;" class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<b class=""><span lang="EN-US" style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif;" class="">From:</span></b><span lang="EN-US" style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif;" class=""><span class="Apple-converted-space"> </span>Steve Deharo<span class="Apple-converted-space"> </span><br class="">
<b class="">Sent:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>25 February 2016 12:03<br class="">
<b class="">To:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>'<a href="mailto:support@bioontology.org" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">support@bioontology.org</a>'<br class="">
<b class="">Subject:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Internal server error<o:p class=""></o:p></span></div>
</div>
</div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Hello,<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
I am trying to download the mapping between MeSH and EFO. The following call returns an error:<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<a href="http://data.bioontology.org/ontologies/EFO/classes/?apikey=d072f18c-fcad-418e-8de2-913613bc8d05" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/EFO/classes/?apikey=</a>[my_key_here]<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
This worked last month.<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
The error is “Internal Server Error”.<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
I have tried the following:<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<a href="http://data.bioontology.org/ontologies/EFO/notes" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/EFO/notes</a><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<a href="http://data.bioontology.org/ontologies/EFO/classes" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/EFO/classes</a><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Both give the same error. However other links from<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/EFO/" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/EFO/</a><span class="Apple-converted-space"> </span>work
 eg:<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class="MsoHyperlink" style="color: blue; text-decoration: underline;"><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/EFO/properties" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/EFO/properties"</a><o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class="MsoHyperlink" style="color: blue; text-decoration: underline;"><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/EFO/views" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/EFO/views</a><o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
According to<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="http://bioportal.bioontology.org/mappings" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">http://bioportal.bioontology.org/mappings</a><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
2360 MeSH terms are mapped to EFO. The html table is accessible.<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Could you please look into this?<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Thanks,<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Steve<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
<hr style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
<font face="Arial" color="Gray" size="1" style="font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class=""><br class="">
This e-mail was sent by GlaxoSmithKline Services Unlimited<br class="">
(registered in England and Wales No. 1047315), which is a<br class="">
member of the GlaxoSmithKline group of companies. The<br class="">
registered address of GlaxoSmithKline Services Unlimited<br class="">
is 980 Great West Road, Brentford, Middlesex TW8 9GS.<br class="">
</font><span style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; float: none; display: inline !important;" class="">_______________________________________________</span><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
<span style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; float: none; display: inline !important;" class="">bioontology-support
 mailing list</span><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" style="color: purple; text-decoration: underline; font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
<a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" style="color: purple; text-decoration: underline; font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a></div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</body>
</html>