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<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Hi Nick,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">The BTO ontology is repaired and reindexed.  I tested the search functionality and it seems to be working well.  Let us know if you encounter any issues.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Apologies for the inconvenience.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Best,</div>
<div class="">Jennifer</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">
<div>
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Aug 17, 2016, at 6:36 AM, Felicelli, Nicholas (Nick) <<a href="mailto:Nicholas.Felicelli@cchmc.org" class="">Nicholas.Felicelli@cchmc.org</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="WordSection1" style="page: WordSection1; font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255);">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman';" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri;" class="">Thanks for the info.<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman';" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri;" class=""><o:p class=""> </o:p></span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman';" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri;" class="">-Nick<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman';" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri;" class=""><o:p class=""> </o:p></span></div>
<div style="border-style: solid none none; border-top-color: rgb(181, 196, 223); border-top-width: 1pt; padding: 3pt 0in 0in;" class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman';" class="">
<b class=""><span style="font-family: Calibri;" class="">From:<span class="Apple-converted-space"> </span></span></b><span style="font-family: Calibri;" class="">John Graybeal <<a href="mailto:jgraybeal@stanford.edu" class="">jgraybeal@stanford.edu</a>><br class="">
<b class="">Date:<span class="Apple-converted-space"> </span></b>Monday, August 15, 2016 at 8:41 PM<br class="">
<b class="">To:<span class="Apple-converted-space"> </span></b>"<<a href="mailto:support@bioontology.org" class="">support@bioontology.org</a>>" <<a href="mailto:support@bioontology.org" class="">support@bioontology.org</a>>, "Felicelli, Nicholas (Nick)" <<a href="mailto:Nicholas.Felicelli@cchmc.org" class="">Nicholas.Felicelli@cchmc.org</a>><br class="">
<b class="">Subject:<span class="Apple-converted-space"> </span></b>Re: [bioontology-support] [BioPortal] Feedback from Nick Felicelli<o:p class=""></o:p></span></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman';" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman';" class="">
Hello Nick, <span class="Apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman';" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman';" class="">
The latest BTO ontology failed to parse correctly, and BioPortal is not falling back to the previous submission. I tried opening the most recent BTO submission with Protege, and it failed with a "string out of bounds error". I will contact the ontology owner
 to see if a new ontology may be available.<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman';" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman';" class="">
This is partly affected by a systematic issue that our development team can diagnose more thoroughly later this week, so rather than attempt a stop-gap solution, I'd like to wait until they can devote some time to it. <o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman';" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman';" class="">
Please contact me offline if you have an urgent need for these results, and we can explore options.<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman';" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman';" class="">
John<o:p class=""></o:p></div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman';" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman';" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div class="">
<blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;" class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman';" class="">
On Aug 15, 2016, at 12:09 PM,<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:support@bioontology.org" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">support@bioontology.org</a><span class="Apple-converted-space"> </span>wrote:<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman';" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman';" class="">
Name: Nick Felicelli<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman';" class="">
Location:<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=https-3A__bioportal.bioontology.org_search&d=CwMFAg&c=P0c35rBvlN7D8BNx7kSJTg&r=pWDnieq-OzyjZChNAbXt8FBGr2Wn-Y79NGiLV0nxfrM&m=3G7uderVF9dw_ozXl8MOZ_ay6A6ibU-AD_jVAU8554Y&s=gzMNB9RrcAwN9dvlokWnGMHmy7onjNrh5YHRoY2-3e4&e=" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">https://bioportal.bioontology.org/search</a><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman';" class="">
<br class="">
<strong class="">Feedback:</strong><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman';" class="">
It seems that the BTO ontology is not working. For any search I am not able to get any data out of it. Load the following url and click search to see the no results<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman';" class="">
URL:<span class="Apple-converted-space"> </span><br class="">
<a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=https-3A__bioportal.bioontology.org_search-3Fq-3Dskin-26ontologies-3DBTO-26include-5Fproperties-3Dfalse-26include-5Fviews-3Dfalse-26includeObsolete-3Dfalse-26require-5Fdefinition-3Dfalse-26exact-5Fmatch-3Dfalse-26categories-3D&d=CwMFAg&c=P0c35rBvlN7D8BNx7kSJTg&r=pWDnieq-OzyjZChNAbXt8FBGr2Wn-Y79NGiLV0nxfrM&m=3G7uderVF9dw_ozXl8MOZ_ay6A6ibU-AD_jVAU8554Y&s=U9LXjcAybfQxIHXHEJH0JRO116gcKglSt5sNGO-f0RY&e=" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">https://bioportal.bioontology.org/search?q=skin&ontologies=BTO&include_properties=false&include_views=false&includeObsolete=false&require_definition=false&exact_match=false&categories=</a><o:p class=""></o:p></div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman';" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
</div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman';" class="">
_______________________________________________<br class="">
bioontology-support mailing list<br class="">
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br class="">
<a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" class="">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a><o:p class=""></o:p></div>
</div>
</blockquote>
</div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman';" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman';" class="">
<span style="" class="">========================<span class="Apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></span></div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman';" class="">
<span style="" class="">John Graybeal<o:p class=""></o:p></span></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman';" class="">
<span style="" class="">Technical Program Manager<o:p class=""></o:p></span></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman';" class="">
<span style="" class="">Center for Expanded Data Annotation and Retrieval /+/ NCBO BioPortal<o:p class=""></o:p></span></div>
</div>
<div class="">
<p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 12pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman';">
<span style="" class="">Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br class="">
650-736-1632  <br class="">
skype: graybealski<o:p class=""></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman';" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<span style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); float: none; display: inline !important;" class="">_______________________________________________</span><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255);" class="">
<span style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); float: none; display: inline !important;" class="">bioontology-support
 mailing list</span><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255);" class="">
<span style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); float: none; display: inline !important;" class=""><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a></span><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255);" class="">
<span style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); float: none; display: inline !important;" class=""><a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" class="">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a></span><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255);" class="">
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
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