<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Hello Alejandra,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">The first two searches that you describe -- using the BioPortal interface and the REST API to look for all terms in BioPortal matching a certain expression -- will not return all terms in BioPortal. Given the large number of ontologies and terms,
 the complete list would often have thousands of terms or more.  </div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Instead, by design those searches return what BioPortal considers the "best match" in each ontology. It is expected that the user may want to explore some of those ontologies further, depending on how good a match was returned.   Unfortunately,
 this behavior is not clear from the user interface itself.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">On the other hand, when searching a specific ontology in either the UI or the REST API, all matching terms are returned. </div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I have been looking for documentation of this information, but could not find it with a quick search. Will look further and/or add it as needed to make this more clear. </div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">John</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
<div>
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Aug 24, 2016, at 3:44 AM, Alejandra Gonzalez-Beltran <<a href="mailto:alejandra.gonzalez.beltran@gmail.com" class="">alejandra.gonzalez.beltran@gmail.com</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div dir="ltr" class="">
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div class="">Hello Bioportal Team,<br class="">
<br class="">
</div>
I have noticed that searching for "design" in both the BioPortal interface and the REST API, the terms from the OBI ontology are not retrieved.<br class="">
<br class="">
<a href="http://bioportal.bioontology.org/search?utf8=%E2%9C%93&query=design&commit=Search" class="">http://bioportal.bioontology.org/search?utf8=%E2%9C%93&query=design&commit=Search</a><br class="">
<br class="">
<a href="http://data.bioontology.org/search?q=design" class="">http://data.bioontology.org/search?q=design</a><br class="">
<br class="">
</div>
While they do show when searching OBI specifically:<br class="">
<br class="">
<a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/OBI?p=classes&conceptid=root" class="">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/OBI?p=classes&conceptid=root</a><br class="">
<br class="">
</div>
Having experienced the same issue reported recently about NCBITaxon:homo sapiens, I noticed that searching for "sapiens" retrieves "homo sapiens' as well as "macrobiotus sapiens" in both the API and the interface. But when searching in NCBITaxon directly, it
 retrieves more terms (e.g. <span class="">Homo sapiens/Mus musculus xenograft -->
</span><a href="http://purl.bioontology.org/ontology/NCBITAXON/1383439" class="">http://purl.bioontology.org/ontology/NCBITAXON/1383439</a>).<br class="">
<br class="">
</div>
<div class="">Given that in the API the default is for the query not to be exact_match, shouldn't all the terms be retrieved?<br class="">
<br class="">
</div>
Many thanks,<br class="">
<br class="">
</div>
Alejandra<br class="">
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div class=""><br class="">
<br class="">
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
_______________________________________________<br class="">
bioontology-support mailing list<br class="">
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br class="">
https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support<br class="">
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
<div class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
========================
<div class="">John Graybeal</div>
<div class="">Technical Program Manager</div>
<div class="">Center for Expanded Data Annotation and Retrieval /+/ NCBO BioPortal</div>
<div class="">Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br class="">
650-736-1632  <br class="">
skype: graybealski<br class="">
<br class="">
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<br class="">
</div>
</body>
</html>