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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Hello,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">It appears the following is not currently working:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/HP/classes/"><span style="color:windowtext">http://data.bioontology.org/ontologies/HP/classes/</span></a> (Internal
 Server Error)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">FYI, this seems to be a re-occurring issue...<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Could you please let me know once the service is working again?<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Regards,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Steve<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> Michael Dorf [mailto:mdorf@stanford.edu]
<br>
<b>Sent:</b> 23 March 2016 21:55<br>
<b>To:</b> Steve Deharo<br>
<b>Cc:</b> support@bioontology.org<br>
<b>Subject:</b> Re: [bioontology-support] bioportal API issue<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p><strong><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#C00000">EXTERNAL</span></strong><o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Hi Steve,<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Thank you for reporting this issue. One of our recent releases introduced a change that required ontology metrics to be present before the ontology could be considered in a "READY" state. This changes was among the myriad of other changes
 designed to improve the performance of our REST services (using metrics for class counts avoids making expensive backend calls). Metrics are usually calculated at the ontology processing time, and most ontologies do have them calculated.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Unfortunately (for reasons unknown), this wasn't the case with MESH ontology. I've now corrected it, and the classes endpoint should be operational. I don't expect this issue to reoccur. <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/MESH/classes">http://data.bioontology.org/ontologies/MESH/classes</a> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Thank you again for your patience with this!<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Michael<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<div>
<p class="MsoNormal">On Mar 23, 2016, at 10:59, Steve Deharo <<a href="mailto:steve.x.deharo@gsk.com">steve.x.deharo@gsk.com</a>> wrote:<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Hello,</span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif""><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif""><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">I have been in touch a few weeks ago about an issue with the API access. Please see the issue in the forwarded email below. The issue was resolved previously
 but has reoccurred e.g.<span class="apple-converted-space"> </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/MESH/classes"><span style="color:purple">http://data.bioontology.org/ontologies/MESH/classes</span></a><span class="apple-converted-space"> </span>has
 no data, although it can be browsed here</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Segoe UI","sans-serif""><a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/MESH?p=classes&conceptid=root"><span style="color:purple">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/MESH?p=classes&conceptid=root</span></a></span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif""><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif""><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Would you be able to answer the following questions:</span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif""><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div style="margin-left:20.25pt">
<p class="MsoNormal" style="text-indent:-18.0pt"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">-</span><span style="font-size:7.0pt;color:#1F497D">         <span class="apple-converted-space"> </span></span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Can
 this be fixed?</span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif""><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div style="margin-left:20.25pt">
<p class="MsoNormal" style="text-indent:-18.0pt"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">-</span><span style="font-size:7.0pt;color:#1F497D">         <span class="apple-converted-space"> </span></span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Is
 there a long term plan to prevent this issue reoccurring?</span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif""><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif""><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Regards,</span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif""><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Steve</span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif""><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif""><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<div>
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span class="apple-converted-space"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> </span></span><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">Steve
 Deharo<span class="apple-converted-space"> </span><br>
<b>Sent:</b><span class="apple-converted-space"> </span>25 February 2016 12:03<br>
<b>To:</b><span class="apple-converted-space"> </span>'<a href="mailto:support@bioontology.org"><span style="color:purple">support@bioontology.org</span></a>'<br>
<b>Subject:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Internal server error</span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif""><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif""> <o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"">Hello,<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif""> <o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"">I am trying to download the mapping between MeSH and EFO. The following call returns an error:<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif""><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/EFO/classes/?apikey=d072f18c-fcad-418e-8de2-913613bc8d05"><span style="color:purple">http://data.bioontology.org/ontologies/EFO/classes/?apikey=</span></a>[my_key_here]<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"">This worked last month.<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif""> <o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"">The error is “Internal Server Error”.<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif""> <o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"">I have tried the following:<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif""><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/EFO/notes"><span style="color:purple">http://data.bioontology.org/ontologies/EFO/notes</span></a><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif""><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/EFO/classes"><span style="color:purple">http://data.bioontology.org/ontologies/EFO/classes</span></a><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"">Both give the same error. However other links from<span class="apple-converted-space"> </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/EFO/"><span style="color:purple">http://data.bioontology.org/ontologies/EFO/</span></a><span class="apple-converted-space"> </span>work
 eg:<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span class="MsoHyperlink"><u><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:blue"><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/EFO/properties"><span style="color:purple">http://data.bioontology.org/ontologies/EFO/properties"</span></a></span></u></span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif""><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span class="MsoHyperlink"><u><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:blue"><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/EFO/views"><span style="color:purple">http://data.bioontology.org/ontologies/EFO/views</span></a></span></u></span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif""><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif""> <o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"">According to<span class="apple-converted-space"> </span><a href="http://bioportal.bioontology.org/mappings"><u><span style="color:purple">http://bioportal.bioontology.org/mappings</span></u></a><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"">2360 MeSH terms are mapped to EFO. The html table is accessible.<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif""> <o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"">Could you please look into this?<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif""> <o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"">Thanks,<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"">Steve<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif""> <o:p></o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center">
<hr size="2" width="100%" align="center">
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:gray"><br>
This e-mail was sent by GlaxoSmithKline Services Unlimited<br>
(registered in England and Wales No. 1047315), which is a<br>
member of the GlaxoSmithKline group of companies. The<br>
registered address of GlaxoSmithKline Services Unlimited<br>
is 980 Great West Road, Brentford, Middlesex TW8 9GS.<br>
</span><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif"">_______________________________________________<br>
bioontology-support mailing list<br>
</span><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu"><u><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:purple">bioontology-support@lists.stanford.edu</span></u></a><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif""><br>
</span><a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support"><u><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";color:purple">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</span></u></a><o:p></o:p></p>
</div>
</blockquote>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
</div>
<br>
<hr>
<font face="Arial" color="Gray" size="1"><br>
This e-mail was sent by GlaxoSmithKline Services Unlimited<br>
(registered in England and Wales No. 1047315), which is a<br>
member of the GlaxoSmithKline group of companies. The<br>
registered address of GlaxoSmithKline Services Unlimited<br>
is 980 Great West Road, Brentford, Middlesex TW8 9GS.<br>
</font>
<p><span style="color: #000000;"><strong>GSK monitors email communications sent to and from GSK in order to protect GSK, our employees, customers, suppliers and business partners, from cyber threats and loss of GSK Information. GSK monitoring is conducted with
 appropriate confidentiality controls and in accordance with local laws and after appropriate consultation.</strong></span></p>
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</html>