<div dir="ltr"><div><div>Hi Vance,<br></div>    The version of nif in bioportal is extremely old and outdated. I'm trying to get a 3.0 release of NIF out in time for SfN in mid-November. We are in the process of transitioning our species/taxonomy portion to use NCBI Taxonomy identifiers from the <a href="https://github.com/obophenotype/ncbitaxon">taxslim</a> provided by obo. You can see development version of nifstd here: <a href="https://github.com/SciCrunch/NIF-Ontology/blob/master/ttl/nif.ttl">https://github.com/SciCrunch/NIF-Ontology/blob/master/ttl/nif.ttl</a>. There are a number of things in flux, and if you have a list of issues that you are encountering please let me know so that I can fix them, or submit them to the <a href="https://github.com/SciCrunch/NIF-Ontology/issues">github bug tracker</a> for nifstd. Thanks!<br></div>Tom<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Oct 13, 2016 at 12:10 PM, Maryann Martone <span dir="ltr"><<a href="mailto:maryann@ncmir.ucsd.edu" target="_blank">maryann@ncmir.ucsd.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Vance:<br>
<br>
Thanks for contacting us.  Indeed, it is a mess and we are looking into it.  It is an old version, but we always had trouble with the imports because of the way it was initially constructed.  Stand by.<br>
<br>
Maryann<br>
<br>
> On Oct 13, 2016, at 10:37 AM, Lemmon, Vance, Ph.D. <<a href="mailto:VLemmon@med.miami.edu">VLemmon@med.miami.edu</a>> wrote:<br>
><br>
> lots of duplications, in fact at species levels there are sometimes 4 of one species<br>
><br>
> we were trying to use it with the cedar annotation tool and it is kind of a mess<br>
><br>
> <Screen Shot 2016-10-13 at 1.32.57 PM.png><Screen Shot 2016-10-13 at 1.34.34 PM.png><br>
<br>
</blockquote></div><br></div>