<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Hello Olga,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
<div>
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Jan 9, 2017, at 8:38 PM, Olga Ximena Giraldo <<a href="mailto:oxgiraldo@gmail.com" class="">oxgiraldo@gmail.com</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div dir="ltr" class="">
<p class="MsoNormal">If I understand correctly you do not take care of converting (transforming) the original WHO ATC vocabulary into an RDF file. Instead, you just take whatever UMLS has and that is what you transform to RDF. Right?</p>
<div class=""><br class="">
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<div>Yes, that’s correct.</div>
<br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">
<div dir="ltr" class="">
<p class="MsoNormal"><span class=""></span></p>
<div class=""><span class=""> </span><br class="webkit-block-placeholder">
</div>
<p class="MsoNormal">The original WHO ATC, as available at [1]  does not have the classes “Ergot alkaloid oxytocics” and “Porstaglandins, Oxytocics”  
<span class=""></span></p>
<p class="MsoNormal">while the one in bioportal does have these two classes [2], [3].</p>
<div class=""><br class="">
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<div>You are seeing those classes because they are present in the UMLS distribution of ATC that we imported into BioPortal (UMLS version 2016AA).  I’ve included a couple of screenshots below from the UMLS Metathesaurus Browser where you can execute searches
 restricted by source ontology and release version.</div>
<div><br class="">
</div>
<br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">
<div dir="ltr" class="">
<div class=""><span class=""> </span><br class="webkit-block-placeholder">
</div>
<p class="MsoNormal">I would like to know what other differences in the hierarchy are there between the original WHO ATC (14 main groups) and that in bioportal (17 main groups) [4]. </p>
</div>
</div>
</blockquote>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<div>The version of ATC contained in the UMLS has 17 root classes - that’s why you see the same in BioPortal (another screenshot below of the ATC hierarchy from the UMLS Browser).  We don’t modify the contents of the ontology when we do the import.</div>
<div><br class="">
</div>
<div>I’m assuming the website you mention below (<a href="https://www.whocc.no/atc_ddd_index/" class="">https://www.whocc.no/atc_ddd_index/</a>) offers the most current version of ATC (although I didn’t see a version number anywhere)?  If you’re seeing differences
 between the canonical distribution from the WHO and BioPortal content, it’s likely because BioPortal has an older version.  According to UMLS documentation, ATC is only updated in their system once annually:</div>
<div><br class="">
</div>
<div><a href="https://www.nlm.nih.gov/research/umls/sourcereleasedocs/current/ATC/index.html" class="">https://www.nlm.nih.gov/research/umls/sourcereleasedocs/current/ATC/index.html</a></div>
<div><br class="">
</div>
<div>Kind regards,</div>
<div>Jennifer</div>
<br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">
<div dir="ltr" class="">
<p class="MsoNormal"><span class=""></span></p>
<p class="MsoNormal"><br class="">
</p>
<p class="MsoNormal">thanks in advance,</p>
<p class="MsoNormal"><br class="">
</p>
<p class="MsoNormal">[1] <span style="color:windowtext;text-decoration:none" class="">
<a href="https://www.whocc.no/atc_ddd_index/" class="">https://www.whocc.no/atc_ddd_index/</a></span></p>
<p class="MsoNormal">[2] <span style="color:windowtext;text-decoration:none" class="">
<a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/ATC/?p=classes&conceptid=http%3A%2F%2Fpurl.bioontology.org%2Fontology%2FUATC%2FG02AB" class="">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/ATC/?p=classes&conceptid=http%3A%2F%2Fpurl.bioontology.org%2Fontology%2FUATC%2FG02AB</a></span></p>
<p class="MsoNormal">[3] <span style="color:windowtext;text-decoration:none" class=""><a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/ATC/?p=classes&conceptid=http%3A%2F%2Fpurl.bioontology.org%2Fontology%2FUATC%2FG02AD" class="">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/ATC/?p=classes&conceptid=http%3A%2F%2Fpurl.bioontology.org%2Fontology%2FUATC%2FG02AD</a></span></p>
<p class="MsoNormal">[4] <a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/ATC?p=classes&conceptid=root" class="">
http://bioportal.bioontology.org/ontologies/ATC?p=classes&conceptid=root</a></p>
<div class=""><br class="">
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<div><img apple-inline="yes" id="D26540D9-6CA3-4EBF-94EF-5EE51C32CA85" src="cid:A561D471-A6B8-48D8-9E14-1967F693FE41@stanford.edu" class=""></div>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<div><img apple-inline="yes" id="6554DC1F-B097-45DB-9E0C-3C624AC3E7B0" src="cid:0D699B86-F474-4990-A1FD-C14AC81F1E11@stanford.edu" class=""></div>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<div><img apple-inline="yes" id="A2CF605F-B1E3-45FB-99E9-13A452C7D040" src="cid:D39520D9-219E-408F-9DAA-095811B9DBDC@stanford.edu" class=""></div>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<br class="">
</div>
</body>
</html>