<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Hi team!
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I have question about using the NCBO Annotator and restricting annotations to specific UMLS semantic types: is it possible to return the semantic type of each annotation? When I try out an example annotation at <a href="https://bioportal.bioontology.org/annotator" class="">https://bioportal.bioontology.org/annotator</a>,
 the result set has a column for semantic type, but it is empty (see attached screenshot).</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">The corresponding REST service call for this example is:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="http://data.bioontology.org/annotator?apikey=ee724711-0705-4c6c-82f6-c0cfc439b16e&text=Multidrug" class="">http://data.bioontology.org/annotator?apikey=ee724711-0705-4c6c-82f6-c0cfc439b16e&text=Multidrug</a> resistance-associated protein
 1 (MRP-1) is a ubiquitously expressed member of the ATP-binding cassette transporter family. MRP-1 is one of the primary transporters of glutathione and glutathione conjugates. This protein also transports antiretroviral therapeutics, such as HIV-1 protease
 inhibitors (PI). We hypothesized that inflammatory mediators that activate macrophages would modify the expression and activity of MRP-1 in macrophages. Real-time PCR assays, western blots, and calcein efflux assays were used to show that exposure of macrophage
 cell line RAW 264.7 to lipopolysaccharide (LPS) increased expression of MRP-1 at the levels of mRNA, protein, and functional activity. Treatment of macrophages with LPS resulted in 2-fold increases of MRP-1 expression or functional activity. LPS-mediated increases
 in calcein efflux were repressed by the MRP-specific inhibitor MK-571. These results suggest that the effectiveness of HIV-1 PI therapy may be compromised by the presence of opportunistic infections. &longest_only=true&exclude_numbers=true&whole_word_only=true&exclude_synonyms=false&mappings=all&semantic_types=T017,T008,T038,T043,T047,T028,T001 </div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Thanks!</div>
<div class="">Alison</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div class="">--</div>
<div class="">Alison Callahan, PhD</div>
<div class="">Research scientist - Shah Lab</div>
<div class="">Stanford Center for Biomedical Informatics Research</div>
<div class="">Stanford University</div>
</div>
</div>
</div>
<div class=""><br class="webkit-block-placeholder">
</div>
<div class=""><img apple-inline="yes" id="B3DB1F14-1CE5-4320-A592-2F617FE0F921" src="cid:568B89ED-B05E-4329-8816-4A321281967D@stanford.edu" class=""></div>
<br class="">
</div>
</body>
</html>