<div dir="ltr">Dear Jennifer,<br> <br>Thank you very much for your detailed answer.<br>‪<br>As for SNOMED, I am having a similar line of inquiry with respect to SNOMED. I am not 100% if SNOMED is transformed/imported in Bioportal from UMLS; or if you at Bioportal take SNOMED from somewhere else (where).<br><br>thanks,<br><br>Olga</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jan 10, 2017 at 3:13 PM, Jennifer Leigh Vendetti <span dir="ltr"><<a href="mailto:vendetti@stanford.edu" target="_blank">vendetti@stanford.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div style="word-wrap:break-word">
Hello Olga,
<div><br>
</div>
<div><br>
<div><span class="">
<blockquote type="cite">
<div>On Jan 9, 2017, at 8:38 PM, Olga Ximena Giraldo <<a href="mailto:oxgiraldo@gmail.com" target="_blank">oxgiraldo@gmail.com</a>> wrote:</div>
<br class="m_846008193772296897Apple-interchange-newline">
<div>
<div dir="ltr">
<p class="MsoNormal">If I understand correctly you do not take care of converting (transforming) the original WHO ATC vocabulary into an RDF file. Instead, you just take whatever UMLS has and that is what you transform to RDF. Right?</p>
<div><br>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
</span><div>Yes, that’s correct.</div><span class="">
<br>
<blockquote type="cite">
<div>
<div dir="ltr">
<p class="MsoNormal"><span></span></p>
<div><span> </span><br class="m_846008193772296897webkit-block-placeholder">
</div>
<p class="MsoNormal">The original WHO ATC, as available at [1]  does not have the classes “Ergot alkaloid oxytocics” and “Porstaglandins, Oxytocics”  
<span></span></p>
<p class="MsoNormal">while the one in bioportal does have these two classes [2], [3].</p>
<div><br>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
</span><div>You are seeing those classes because they are present in the UMLS distribution of ATC that we imported into BioPortal (UMLS version 2016AA).  I’ve included a couple of screenshots below from the UMLS Metathesaurus Browser where you can execute searches
 restricted by source ontology and release version.</div><span class="">
<div><br>
</div>
<br>
<blockquote type="cite">
<div>
<div dir="ltr">
<div><span> </span><br class="m_846008193772296897webkit-block-placeholder">
</div>
<p class="MsoNormal">I would like to know what other differences in the hierarchy are there between the original WHO ATC (14 main groups) and that in bioportal (17 main groups) [4]. </p>
</div>
</div>
</blockquote>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
</span><div>The version of ATC contained in the UMLS has 17 root classes - that’s why you see the same in BioPortal (another screenshot below of the ATC hierarchy from the UMLS Browser).  We don’t modify the contents of the ontology when we do the import.</div>
<div><br>
</div>
<div>I’m assuming the website you mention below (<a href="https://www.whocc.no/atc_ddd_index/" target="_blank">https://www.whocc.no/atc_ddd_<wbr>index/</a>) offers the most current version of ATC (although I didn’t see a version number anywhere)?  If you’re seeing differences
 between the canonical distribution from the WHO and BioPortal content, it’s likely because BioPortal has an older version.  According to UMLS documentation, ATC is only updated in their system once annually:</div>
<div><br>
</div>
<div><a href="https://www.nlm.nih.gov/research/umls/sourcereleasedocs/current/ATC/index.html" target="_blank">https://www.nlm.nih.gov/<wbr>research/umls/<wbr>sourcereleasedocs/current/ATC/<wbr>index.html</a></div>
<div><br>
</div>
<div>Kind regards,</div>
<div>Jennifer</div><span class="">
<br>
<blockquote type="cite">
<div>
<div dir="ltr">
<p class="MsoNormal"><span></span></p>
<p class="MsoNormal"><br>
</p>
<p class="MsoNormal">thanks in advance,</p>
<p class="MsoNormal"><br>
</p>
<p class="MsoNormal">[1] <span style="color:windowtext;text-decoration:none">
<a href="https://www.whocc.no/atc_ddd_index/" target="_blank">https://www.whocc.no/atc_ddd_<wbr>index/</a></span></p>
<p class="MsoNormal">[2] <span style="color:windowtext;text-decoration:none">
<a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/ATC/?p=classes&conceptid=http%3A%2F%2Fpurl.bioontology.org%2Fontology%2FUATC%2FG02AB" target="_blank">http://bioportal.bioontology.<wbr>org/ontologies/ATC/?p=classes&<wbr>conceptid=http%3A%2F%2Fpurl.<wbr>bioontology.org%2Fontology%<wbr>2FUATC%2FG02AB</a></span></p>
<p class="MsoNormal">[3] <span style="color:windowtext;text-decoration:none"><a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/ATC/?p=classes&conceptid=http%3A%2F%2Fpurl.bioontology.org%2Fontology%2FUATC%2FG02AD" target="_blank">http://bioportal.<wbr>bioontology.org/ontologies/<wbr>ATC/?p=classes&conceptid=http%<wbr>3A%2F%2Fpurl.bioontology.org%<wbr>2Fontology%2FUATC%2FG02AD</a></span></p>
<p class="MsoNormal">[4] <a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/ATC?p=classes&conceptid=root" target="_blank">
http://bioportal.bioontology.<wbr>org/ontologies/ATC?p=classes&<wbr>conceptid=root</a></p>
<div><br>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<br>
</span></div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><img id="m_846008193772296897D26540D9-6CA3-4EBF-94EF-5EE51C32CA85" src="cid:A561D471-A6B8-48D8-9E14-1967F693FE41@stanford.edu"></div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><img id="m_8460081937722968976554DC1F-B097-45DB-9E0C-3C624AC3E7B0" src="cid:0D699B86-F474-4990-A1FD-C14AC81F1E11@stanford.edu"></div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><img id="m_846008193772296897A2CF605F-B1E3-45FB-99E9-13A452C7D040" src="cid:D39520D9-219E-408F-9DAA-095811B9DBDC@stanford.edu"></div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<br>
</div>
</div>

</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr">Olga Ximena Giraldo<br><div><a href="http://oxgiraldo.wordpress.com" target="_blank">http://oxgiraldo.wordpress.com</a></div><div><br></div></div></div>
</div>