<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40"><head><meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1"><meta name=Generator content="Microsoft Word 15 (filtered medium)"><!--[if !mso]><style>v\:* {behavior:url(#default#VML);}
o\:* {behavior:url(#default#VML);}
w\:* {behavior:url(#default#VML);}
.shape {behavior:url(#default#VML);}
</style><![endif]--><style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman",serif;}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri",sans-serif;
        color:#1F497D;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-size:10.0pt;}
@page WordSection1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:70.85pt 70.85pt 70.85pt 70.85pt;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]--></head><body lang=EN-US link=blue vlink=purple><div class=WordSection1><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>Dear Alison, <o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>The semantic type information is in the class information, which means that for each annotatedClass you need to follow the annotatedClass.links.self field and access the .semanticType field in the resulting JSON.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>For instance (first annotation of your example): <o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/OMIM/classes/http%3A%2F%2Fpurl.bioontology.org%2Fontology%2FOMIM%2F158343">http://data.bioontology.org/ontologies/OMIM/classes/http%3A%2F%2Fpurl.bioontology.org%2Fontology%2FOMIM%2F158343</a> <o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>Another alternative for you if you don’t want to do this and you’re setting a routine with multiple call to the annotator is to call the Annotator only with one semanticType restrictions, then you will now that each returned annotatedClass will have either that semanticType or a semantic Type that is a direct descendent in the SNN hierarchy… <o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>(attention: NCBO is currently fixing a bug to make this transitive to all the descendants of a given semantic type)<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>Best regards<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>Clement<o:p></o:p></span></p><div style='mso-element:para-border-div;border:none;border-bottom:solid windowtext 1.0pt;padding:0cm 0cm 1.0pt 0cm'><p class=MsoNormal style='border:none;padding:0cm'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p></div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>Dr. <b>Clement JONQUET</b>  -  <i>PhD in Informatics  -  Assistant Professor<br>University of Montpellier<o:p></o:p></i></span></p><p class=MsoNormal><i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>Coordinator of the <a href="http://www.lirmm.fr/sifr/">SIFR</a> and <a href="http://agroportal.lirmm.fr/">AgroPortal</a> projects<o:p></o:p></span></i></p><p class=MsoNormal><i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>Visiting scholar, Stanford University (EU Marie Curie fellow)<o:p></o:p></span></i></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'><a href="mailto:jonquet@lirmm.fr">jonquet@lirmm.fr</a><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'><a href="http://www.lirmm.fr/~jonquet">http://www.lirmm.fr/~jonquet</a> <o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>@Montpellier</span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'> : +33/4 67 14 97 43<o:p></o:p></span></p><div style='mso-element:para-border-div;border:none;border-bottom:solid windowtext 1.0pt;padding:0cm 0cm 1.0pt 0cm'><p class=MsoNormal style='border:none;padding:0cm'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>@Stanford       : +1 650 723 6725<b><o:p></o:p></b></span></p></div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><div><div style='border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm'><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif'>De :</span></b><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif'> bioontology-support [mailto:bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu] <b>De la part de</b> Alison Victoria Callahan<br><b>Envoyé :</b> mercredi 11 janvier 2017 11:36<br><b>À :</b> support@bioontology.org<br><b>Objet :</b> [bioontology-support] getting UMLS Semantic Type when using the NCBO Annotator<o:p></o:p></span></p></div></div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal>Hi team! <o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>I have question about using the NCBO Annotator and restricting annotations to specific UMLS semantic types: is it possible to return the semantic type of each annotation? When I try out an example annotation at <a href="https://bioportal.bioontology.org/annotator">https://bioportal.bioontology.org/annotator</a>, the result set has a column for semantic type, but it is empty (see attached screenshot).<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>The corresponding REST service call for this example is:<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><a href="http://data.bioontology.org/annotator?apikey=ee724711-0705-4c6c-82f6-c0cfc439b16e&text=Multidrug">http://data.bioontology.org/annotator?apikey=ee724711-0705-4c6c-82f6-c0cfc439b16e&text=Multidrug</a> resistance-associated protein 1 (MRP-1) is a ubiquitously expressed member of the ATP-binding cassette transporter family. MRP-1 is one of the primary transporters of glutathione and glutathione conjugates. This protein also transports antiretroviral therapeutics, such as HIV-1 protease inhibitors (PI). We hypothesized that inflammatory mediators that activate macrophages would modify the expression and activity of MRP-1 in macrophages. Real-time PCR assays, western blots, and calcein efflux assays were used to show that exposure of macrophage cell line RAW 264.7 to lipopolysaccharide (LPS) increased expression of MRP-1 at the levels of mRNA, protein, and functional activity. Treatment of macrophages with LPS resulted in 2-fold increases of MRP-1 expression or functional activity. LPS-mediated increases in calcein efflux were repressed by the MRP-specific inhibitor MK-571. These results suggest that the effectiveness of HIV-1 PI therapy may be compromised by the presence of opportunistic infections. &longest_only=true&exclude_numbers=true&whole_word_only=true&exclude_synonyms=false&mappings=all&semantic_types=T017,T008,T038,T043,T047,T028,T001 <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>Thanks!<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>Alison<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div><div><div><div><div><div><p class=MsoNormal><span style='color:black'>--<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='color:black'>Alison Callahan, PhD<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='color:black'>Research scientist - Shah Lab<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='color:black'>Stanford Center for Biomedical Informatics Research<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='color:black'>Stanford University<o:p></o:p></span></p></div></div></div></div><div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><img border=0 width=1861 height=1091 id=B3DB1F14-1CE5-4320-A592-2F617FE0F921 src="cid:image001.png@01D26CF8.EE6D5EC0"><o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div></div></body></html>