<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Hello again Jacek,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Both of your ontologies are now parsed and available in BioPortal:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/ADALAB" class="">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/ADALAB</a></div>
<div class=""><a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/ADALAB-META" class="">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/ADALAB-META</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Apologies that it took some time to track down the issue of why neither of them parsed in our system upon initial submission.  It turns out that some of the values entered for the submission information created problems deep in the stack.  We
 don’t support the use of “local:” syntax when specifying alternatives to the property defaults:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><img apple-inline="yes" id="A3823E20-DC75-4F5E-B1E7-195D6590B54C" src="cid:8320829F-B8A9-4E2D-9AE7-81C765231C8F@stanford.edu" class=""></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">These field values must be full URLs.  Our system should validate the contents of these fields on save, but currently doesn’t.  I’ll enter an issue in our tracker for this.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I changed the values of these fields back to the defaults for both of your ontologies, and re-parsed them.  The only reason to modify the defaults here would be adjust the way BioPortal displays your ontology content in our UI, e.g., on the classes
 tab:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/ADALAB?p=classes" class="">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/ADALAB?p=classes</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Although SKOS properties are listed as the defaults, the system also checks in other common locations for things like preferred name (e.g., rdfs:label).</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">On another note, I removed the view from the AdaLab ontology as requested via private email.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Kind regards,</div>
<div class="">Jennifer</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
<div>
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Jan 11, 2017, at 1:30 PM, Jennifer Leigh Vendetti <<a href="mailto:vendetti@stanford.edu" class="">vendetti@stanford.edu</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="">Hello Jacek,<br class="">
<br class="">
The use of imports is accepted.<br class="">
<br class="">
I’m starting to look at the parsing errors in our log files for both of your ontology submissions.  <br class="">
<br class="">
In regard to your AdaLab-meta.owl file, I noticed that one of the import statements:<br class="">
<br class="">
<Import><a href="http://purl.org/dc/terms/dc_import.owl</Import>" class="">http://purl.org/dc/terms/dc_import.owl</Import></a><br class="">
<br class="">
… contains a URL that resolves to an HTML page instead of an OWL file:<br class="">
<br class="">
<a href="http://dublincore.org/documents/2012/06/14/dcmi-terms/?v=terms#dc_import.owl" class="">http://dublincore.org/documents/2012/06/14/dcmi-terms/?v=terms#dc_import.owl</a><br class="">
<br class="">
… which results in a missing import error in our log file.  Do you know what the direct link is to this dc_import.owl file?  I could edit your ontology file with the correct URL and try re-parsing.<br class="">
<br class="">
I’ll need to follow up in a separate email about your other ontology, which I’m still investigating.<br class="">
<br class="">
Kind regards,<br class="">
Jennifer<br class="">
<br class="">
<br class="">
<br class="">
<blockquote type="cite" class="">On Jan 11, 2017, at 6:20 AM, Jacek Grzebyta <grzebyta.dev@gmail.com> wrote:<br class="">
<br class="">
Dear Bioontology Team.<br class="">
<br class="">
I have just submitted two ontologies which imports lot of classes using uses owl:Import property (ADALAB and ADALAB-META).<br class="">
<br class="">
To make the ontologies pars-able by your engine do you want me either merge all imported ontologies in one file or using owl:Import is accepted.
<br class="">
<br class="">
best regards,<br class="">
Jacek Grzebyta<br class="">
_______________________________________________<br class="">
bioontology-support mailing list<br class="">
bioontology-support@lists.stanford.edu<br class="">
https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support<br class="">
</blockquote>
<br class="">
_______________________________________________<br class="">
bioontology-support mailing list<br class="">
bioontology-support@lists.stanford.edu<br class="">
https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support<br class="">
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</body>
</html>