<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Hello Bernard,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">The first 3 ontologies you list below are fully parsed and available in BioPortal now.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I should have the 4th one (OntoVIP) done by tomorrow.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Kind regards,</div>
<div class="">Jennifer</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
<div>
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Jan 31, 2017, at 4:40 AM, bernard gibaud <<a href="mailto:bernard.gibaud@univ-rennes1.fr" class="">bernard.gibaud@univ-rennes1.fr</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000" class="">
<div class="moz-cite-prefix">Hello Jennifer,<br class="">
<br class="">
The problem reported below was fixed.<br class="">
<br class="">
Is it possible to reload the following ontologies in the BioPortal:<br class="">
<a class="moz-txt-link-freetext" href="https://bioportal.bioontology.org/ontologies/ONL-DP">https://bioportal.bioontology.org/ontologies/ONL-DP</a><br class="">
<a class="moz-txt-link-freetext" href="https://bioportal.bioontology.org/ontologies/ONL-MSA">https://bioportal.bioontology.org/ontologies/ONL-MSA</a><br class="">
<a class="moz-txt-link-freetext" href="https://bioportal.bioontology.org/ontologies/ONL-MR-DA">https://bioportal.bioontology.org/ontologies/ONL-MR-DA</a><br class="">
<a class="moz-txt-link-freetext" href="https://bioportal.bioontology.org/ontologies/OntoVIP">https://bioportal.bioontology.org/ontologies/OntoVIP</a><br class="">
<br class="">
Actually they all imported the same file 'ontoneurolog-extension-of-dolce.owl', thus leading to the same error.<br class="">
<br class="">
Best regards,<br class="">
<br class="">
Bernard Gibaud<br class="">
<br class="">
<br class="">
<br class="">
Le 23/11/2016 à 08:26, bernard gibaud a écrit :<br class="">
</div>
<blockquote cite="mid:5bbaaaa9-b6d8-9896-d428-a02e49c4bca7@univ-rennes1.fr" type="cite" class="">
<div class="moz-cite-prefix">Hello Christine, Jennifer<br class="">
<br class="">
I will try to fix this problem. Actually this problem did not cause any errors at the time the ontology was shared.<br class="">
<br class="">
Best regards,<br class="">
<br class="">
Bernard Gibaud<br class="">
<br class="">
Le 22/11/2016 à 01:00, Jennifer Leigh Vendetti a écrit :<br class="">
</div>
<blockquote cite="mid:D818CA1C-BFD2-494B-9F05-B2F29770C9BF@stanford.edu" type="cite" class="">
<div class="">Hello Christine,</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">The reason for the 404 (“something has gone wrong") error is that the PURL you list below resolves to what is supposed to be the page that displays the classes for the Mental State Assessment ontology [1].  The classes page is absent because the
 ontology source file that was submitted to BioPortal has invalid syntax and is unable to be parsed.  This is indicated by the “Error Rdf” status listed on the ontology summary page (<a moz-do-not-send="true" href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/ONL-MSA" class="">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/ONL-MSA</a>).</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Normally if someone submits an ontology with syntax errors, we try our best to fix them and re-parse the ontology to make it available to end-users.  However, this particular ontology imports several other ontologies from a web URL that we don’t
 host here at Stanford, and the error is in one of the imports.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I’m listing the syntax error and suggested fix below, and I’ve cc’ed the ontology contact person in the event that Bernard is willing to submit a corrected version.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">The error is on line 800 of the ontoneurolog-extension-of-dolce.owl ontology file (hosted at <a moz-do-not-send="true" href="http://neurolog.unice.fr/ontoneurolog/v3.0/ontoneurolog-extension-of-dolce.owl" class="">http://neurolog.unice.fr/ontoneurolog/v3.0/ontoneurolog-extension-of-dolce.owl</a>).
  The rdfs:comment is declared as datatype XMLLiteral, but the content of the comment doesn’t contain the required opening and closing XML tags that are expected for this particular datatype:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">
<div class=""><rdfs:comment rdf:datatype="&rdf;XMLLiteral">[DEF] ACTION A is generated, or is produced, by ACTION B when A is done by doing B: “doing A by doing B”.</div>
<div class="">[CIT] (Pacherie, 2008, p. 198): “At least three cases [of productions] must be distinguished. The first is indeed causal generation. Doing A by doing B counts as an instance of causal generation when the production of B causes the production of
 A. For instance, turning the light by flipping a switch or breaking the glass by dropping it on a hard surface count as instances of causal generation. The second case is conventional generation, where doing B (in circumstances C) counts as doing A in virtue
 of a rule or convention that stipulates that is so counts. Thus, signalling a left turn by extending one’s left arm or voting in favour of the motion by raising one’s hand are instances of conventional generation. The third case is circumstantial generation,
 where doing B counts as doing A only if certain circumstances obtain. For instance, one breaks the world record for in the 100 m for men by running it in 9,77 s only in circumstances where no one has yet run this distance in 9,77 a or less.”</rdfs:comment></div>
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Possible fixes are a) remove the XMLLiteral datatype declaration, e.g.:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><rdfs:comment>[DEF] ACTION A is generated…</rdfs:comment></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">… or b) add the desired start and end tags to the comment, e.g.:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">
<div class=""><rdfs:comment rdf:datatype="&rdf;XMLLiteral”><b class=""><p></b>[DEF] ACTION A is generated…<b class=""></p></b></rdfs:comment></div>
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Kind regards,</div>
<div class="">Jennifer</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">[1] <a moz-do-not-send="true" href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/ONL-MSA?p=classes&conceptid=root" class="">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/ONL-MSA?p=classes&conceptid=root</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Screen shot of the syntax error as seen in the Protege ontology editing environment:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><span id="cid:part4.5FD2EE15.364461DC@univ-rennes1.fr"><Mail Attachment.png></span></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<br class="">
<div class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Nov 21, 2016, at 8:59 AM, <a moz-do-not-send="true" href="mailto:support@bioontology.org" class="">
support@bioontology.org</a> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="">
<p class="">Name: Christine Girges </p>
<p class="">Email: <a moz-do-not-send="true" href="mailto:c.girges@ucl.ac.uk" class="">
c.girges@ucl.ac.uk</a> </p>
<p class="">Location: <a moz-do-not-send="true" href="https://bioportal.bioontology.org/ontologies/ONL-MSA" class="">
https://bioportal.bioontology.org/ontologies/ONL-MSA</a> </p>
<p class=""><br class="">
<strong class="">Feedback:</strong> </p>
<p class="">The following link does not work:</p>
<p class=""><a moz-do-not-send="true" href="http://purl.bioontology.org/ontology/ONL-MSA" class="">http://purl.bioontology.org/ontology/ONL-MSA</a></p>
<p class="">I receive this error message:</p>
<p class="">We're sorry but something has gone wrong. We have been notified of this error.</p>
<div class=""><br class="webkit-block-placeholder">
</div>
</div>
_______________________________________________<br class="">
bioontology-support mailing list<br class="">
<a moz-do-not-send="true" href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br class="">
<a moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-freetext" href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a><br class="">
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</blockquote>
<br class="">
<p class=""><br class="">
</p>
<pre class="moz-signature" cols="72">-- 
Bernard Gibaud
Equipe INSERM MediCIS 
Unite U1099 LTSI, Universite de Rennes 1
Faculte de Medecine
2, Avenue du Pr. Leon Bernard
CS 34317
35043 Rennes Cedex, France
France
Tel +33 (0) 2 23 23 45 90 ou +33 (0) 2 23 23 47 18 (secr)
email: <a moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:bernard.gibaud@univ-rennes1.fr">bernard.gibaud@univ-rennes1.fr</a>
page web: <a moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-freetext" href="https://medicis.univ-rennes1.fr/members/bernard.gibaud/index">https://medicis.univ-rennes1.fr/members/bernard.gibaud/index</a>

</pre>
</blockquote>
<br class="">
<p class=""><br class="">
</p>
<pre class="moz-signature" cols="72">-- 
Bernard Gibaud
Equipe INSERM MediCIS 
Unite U1099 LTSI, Universite de Rennes 1
Faculte de Medecine
2, Avenue du Pr. Leon Bernard
CS 34317
35043 Rennes Cedex, France
France
Tel +33 (0) 2 23 23 45 90 ou +33 (0) 2 23 23 47 18 (secr)
email: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:bernard.gibaud@univ-rennes1.fr">bernard.gibaud@univ-rennes1.fr</a>
page web: <a class="moz-txt-link-freetext" href="https://medicis.univ-rennes1.fr/members/bernard.gibaud/index">https://medicis.univ-rennes1.fr/members/bernard.gibaud/index</a>

</pre>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</body>
</html>