<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Hi Stephanie,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">You can't get a table exactly, but the call documentated at <a href="http://data.bioontology.org/documentation#Mapping" class="">http://data.bioontology.org/documentation#Mapping</a> should do what you want, returning JSON:</div>
<div class=""> <a href="http://data.bioontology.org/mappings?ontologies=MEDDRA,EFO" class="">http://data.bioontology.org/mappings?ontologies=MEDDRA,EFO</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">This returns each mapped pair as an array of JSON objects. [1]</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">John</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">[1] The @id: values contain the two class IDs that are mapped.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><span class="prop" style="font-weight: bold; font-family: monospace; font-size: 14.3px; orphans: 2; white-space: pre-wrap; widows: 2;">classes<span class="q" style="display: inline-block; width: 0px; color: transparent;">"</span></span><span style="font-family: monospace; font-size: 14.3px; orphans: 2; white-space: pre-wrap; widows: 2;" class="">:
 [</span>
<ul class="array collapsible" style="list-style: none; margin: 0px 0px 0px 2em; padding: 0px; font-family: monospace; font-size: 14.3px; orphans: 2; white-space: pre-wrap; widows: 2;">
<li style="position: relative;" class="">
<div class="collapser" style="position: absolute; left: -1em; cursor: pointer;">-</div>
{
<ul class="obj collapsible" style="list-style: none; margin: 0px 0px 0px 2em; padding: 0px;">
<li style="position: relative;" class=""><span class="prop" style="font-weight: bold;"><span class="q" style="display: inline-block; width: 0px; color: transparent;">"</span>@id<span class="q" style="display: inline-block; width: 0px; color: transparent;">"</span></span>:
<a href="http://www.ebi.ac.uk/efo/EFO_0000197" class=""><span class="q" style="display: inline-block; width: 0px; color: transparent;">"</span>http://www.ebi.ac.uk/efo/EFO_0000197<span class="q" style="display: inline-block; width: 0px; color: transparent;">"</span></a>,</li><li style="position: relative;" class=""><span class="prop" style="font-weight: bold;"><span class="q" style="display: inline-block; width: 0px; color: transparent;">"</span>@type<span class="q" style="display: inline-block; width: 0px; color: transparent;">"</span></span>:
<a href="http://www.w3.org/2002/07/owl#Class" class=""><span class="q" style="display: inline-block; width: 0px; color: transparent;">"</span>http://www.w3.org/2002/07/owl#Class<span class="q" style="display: inline-block; width: 0px; color: transparent;">"</span></a>,</li><li style="position: relative;" class="">
<div class="collapser" style="position: absolute; left: -1em; cursor: pointer;">+</div>
<span class="prop" style="font-weight: bold;"><span class="q" style="display: inline-block; width: 0px; color: transparent;">"</span>links<span class="q" style="display: inline-block; width: 0px; color: transparent;">"</span></span>: {<span class="ellipsis">
 … </span>},</li><li style="position: relative;" class="">
<div class="collapser" style="position: absolute; left: -1em; cursor: pointer;">-</div>
<span class="prop" style="font-weight: bold;"><span class="q" style="display: inline-block; width: 0px; color: transparent;">"</span>@context<span class="q" style="display: inline-block; width: 0px; color: transparent;">"</span></span>: {
<ul class="obj collapsible" style="list-style: none; margin: 0px 0px 0px 2em; padding: 0px;">
<li style="position: relative;" class=""><span class="prop" style="font-weight: bold;"><span class="q" style="display: inline-block; width: 0px; color: transparent;">"</span>@vocab<span class="q" style="display: inline-block; width: 0px; color: transparent;">"</span></span>:
<a href="http://data.bioontology.org/metadata/" class=""><span class="q" style="display: inline-block; width: 0px; color: transparent;">"</span>http://data.bioontology.org/metadata/<span class="q" style="display: inline-block; width: 0px; color: transparent;">"</span></a></li></ul>
}</li></ul>
},</li><li style="position: relative;" class="">
<div class="collapser" style="position: absolute; left: -1em; cursor: pointer;">-</div>
{
<ul class="obj collapsible" style="list-style: none; margin: 0px 0px 0px 2em; padding: 0px;">
<li style="position: relative;" class=""><span class="prop" style="font-weight: bold;"><span class="q" style="display: inline-block; width: 0px; color: transparent;">"</span>@id<span class="q" style="display: inline-block; width: 0px; color: transparent;">"</span></span>:
<a href="http://purl.bioontology.org/ontology/MEDDRA/10061564" class=""><span class="q" style="display: inline-block; width: 0px; color: transparent;">"</span>http://purl.bioontology.org/ontology/MEDDRA/10061564<span class="q" style="display: inline-block; width: 0px; color: transparent;">"</span></a>,</li><li style="position: relative;" class=""><span class="prop" style="font-weight: bold;"><span class="q" style="display: inline-block; width: 0px; color: transparent;">"</span>@type<span class="q" style="display: inline-block; width: 0px; color: transparent;">"</span></span>:
<a href="http://www.w3.org/2002/07/owl#Class" class=""><span class="q" style="display: inline-block; width: 0px; color: transparent;">"</span>http://www.w3.org/2002/07/owl#Class<span class="q" style="display: inline-block; width: 0px; color: transparent;">"</span></a>,</li><li style="position: relative;" class="">
<div class="collapser" style="position: absolute; left: -1em; cursor: pointer;">+</div>
<span class="prop" style="font-weight: bold;"><span class="q" style="display: inline-block; width: 0px; color: transparent;">"</span>links<span class="q" style="display: inline-block; width: 0px; color: transparent;">"</span></span>: {<span class="ellipsis">
 … </span>},</li><li style="position: relative;" class="">
<div class="collapser" style="position: absolute; left: -1em; cursor: pointer;">-</div>
<span class="prop" style="font-weight: bold;"><span class="q" style="display: inline-block; width: 0px; color: transparent;">"</span>@context<span class="q" style="display: inline-block; width: 0px; color: transparent;">"</span></span>: {
<ul class="obj collapsible" style="list-style: none; margin: 0px 0px 0px 2em; padding: 0px;">
<li style="position: relative;" class=""><span class="prop" style="font-weight: bold;"><span class="q" style="display: inline-block; width: 0px; color: transparent;">"</span>@vocab<span class="q" style="display: inline-block; width: 0px; color: transparent;">"</span></span>:
<a href="http://data.bioontology.org/metadata/" class=""><span class="q" style="display: inline-block; width: 0px; color: transparent;">"</span>http://data.bioontology.org/metadata/<span class="q" style="display: inline-block; width: 0px; color: transparent;">"</span></a></li></ul>
}</li></ul>
}</li></ul>
<span style="font-family: monospace; font-size: 14.3px; orphans: 2; white-space: pre-wrap; widows: 2;" class="">],</span></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""> </div>
<div class="">
<div>
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Feb 2, 2017, at 10:57 AM, Prinz, Stephanie J., Ph.D. <<a href="mailto:Prinz.Stephanie@mayo.edu" class="">Prinz.Stephanie@mayo.edu</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="WordSection1" style="page: WordSection1; font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Hello,<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
The NCBO Bioportal is a great tool to browse ontologies and their mappings. I would like to download a table (csv or whatever format) of a mapping (from MedDRA to EFO), is that possible?<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Thank you and best regards,<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Stephanie<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<span style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; float: none; display: inline !important;" class="">_______________________________________________</span><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
<span style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; float: none; display: inline !important;" class="">bioontology-support
 mailing list</span><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" style="color: purple; text-decoration: underline; font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
<a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" style="color: purple; text-decoration: underline; font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a></div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
<div class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
========================
<div class="">John Graybeal</div>
<div class="">Technical Program Manager</div>
<div class="">Center for Expanded Data Annotation and Retrieval /+/ NCBO BioPortal</div>
<div class="">Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br class="">
650-736-1632  <br class="">
skype: graybealski<br class="">
<br class="">
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<br class="">
</div>
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