<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Hello Chao-Kung,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
<div>
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Feb 16, 2017, at 4:21 AM, Chao-Kung Chen <<a href="mailto:ckchen@ebi.ac.uk" class="">ckchen@ebi.ac.uk</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000" class="">
<p class="">Hi Jennifer:</p>
<p class="">Thank you very much indeed for your help.</p>
<p class="">After obtaining the api key, I can now access the page:<br class="">
</p>
<p class=""><a moz-do-not-send="true" href="http://data.bioontology.org/mappings?ontologies=MESH,MP" class="">http://data.bioontology.org/mappings?ontologies=MESH,MP</a></p>
and when the page is loaded, it says on top
<li class=""><span class="prop">page<span class="q">"</span></span>: <span class="num">
1</span>, </li><li class=""><span class="prop"><span class="q">"</span>pageCount<span class="q">"</span></span>:
<span class="num">27</span> <br class="">
So I guess I would expect 27 pages of mappings.<br class="">
But starting from page 8, it becomes empty. Would you explain what this means?<br class="">
</li></div>
</div>
</blockquote>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<div>This appears to be a bug in our system.  Apologies for this inconvenience.  I’ve entered an issue in our public issue tracker.  You can follow the progress here if you’d like:</div>
<div><br class="">
</div>
<div><a href="https://github.com/ncbo/ontologies_linked_data/issues/66" class="">https://github.com/ncbo/ontologies_linked_data/issues/66</a></div>
<div><br class="">
</div>
<br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">
<div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000" class=""><br class="">
<br class="">
What I try to achieve is for each Mesh term I get from pubmed for a paper, I want to convert it to an MP, if available.<br class="">
Do you think this url is the best way to achieve this?<br class="">
</div>
</div>
</blockquote>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<div>There are a lot of different ways to retrieve mappings in BioPortal.  Given a particular MESH term (e.g.: “Myopia"), you can use a REST call to get all the mappings for that term:</div>
<div><br class="">
</div>
<div><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/MESH/classes/http://purl.bioontology.org/ontology/MESH/D009216/mappings" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/MESH/classes/http%3A%2F%2Fpurl.bioontology.org%2Fontology%2FMESH%2FD009216/mappings</a></div>
<div><br class="">
</div>
<div>You could iterate through the result set and select only those mappings from the MP ontology.</div>
<div><br class="">
</div>
<div>The various ways to retrieve mappings are detailed on the documentation page:</div>
<div><br class="">
</div>
<div><a href="http://data.bioontology.org/documentation#Mapping" class="">http://data.bioontology.org/documentation#Mapping</a></div>
<div><br class="">
</div>
<br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">
<div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000" class="">I am also not sure the best way to traverse the tree to obtain the mapping for the Mesh terms not in the given url above?<br class="">
</div>
</div>
</blockquote>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<div>As I mentioned above, this looks like a bug in our system that we’ll need to investigate and fix.</div>
<div><br class="">
</div>
<div>Kind regards,</div>
<div>Jennifer</div>
<div><br class="">
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>