<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Hi Koray,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Thank you for contacting us. I’m not sure whether I understood you entirely, but BioPortal allows searching by the full term id, and you can always limit the search by the ontology acronym (to eliminate instances of the same term in other ontologies:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="http://bioportal.bioontology.org/search?q=http://bhi.washington.edu/OPB#OPB_00340&ontologies=OPB" class="">http://bioportal.bioontology.org/search?q=http%3A%2F%2Fbhi.washington.edu%2FOPB%23OPB_00340&ontologies=OPB</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">The equivalent API search is (you’ll need to add your apikey parameter): </div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">
<div class=""><a href="http://data.bioontology.org/search?q=http://bhi.washington.edu/OPB#OPB_00340&ontologies=OPB" class="">http://data.bioontology.org/search?q=http%3A%2F%2Fbhi.washington.edu%2FOPB%23OPB_00340&ontologies=OPB</a></div>
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">At the moment we don’t allow searches by the short IDs (i.e. OPB_00340).</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Thanks!</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Michael</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
<div>
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Feb 27, 2017, at 7:21 PM, Koray Atalag <<a href="mailto:k.atalag@auckland.ac.nz" class="">k.atalag@auckland.ac.nz</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="WordSection1" style="page: WordSection1; font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Hi,<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
I’m trying to get prefLabel based on ontology identifier (e.g. in the form of<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="http://identifier.org/" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;" class="">identifier.org</a><span class="Apple-converted-space"> </span>URIs)<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
I reckon you allow for searching by terms but not ontology codes – is there a way to do this?<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Let’s say I have this URI:<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="http://identifiers.org/opb/OPB_00340" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;" class="">http://identifiers.org/opb/OPB_00340</a><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
So given I know I’m looking into OPB and code: 00340 I want to access the bioportal record and get prefLabel<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
For example using web interface I can get:<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/OPB?p=classes&conceptid=http%3A%2F%2Fbhi.washington.edu%2FOPB%23OPB_00340" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;" class="">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/OPB?p=classes&conceptid=http%3A%2F%2Fbhi.washington.edu%2FOPB%23OPB_00340</a><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Many thanks in advance<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class="">Cheers,<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><o:p class=""> </o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class="">-koray<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<span style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; float: none; display: inline !important;" class="">_______________________________________________</span><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
<span style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; float: none; display: inline !important;" class="">bioontology-support
 mailing list</span><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline; font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
<a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline; font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a></div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</body>
</html>